Les enseignants-chercheurs titulaires en position d'activité régis par le présent décret peuvent bénéficier d'un congé pour recherches ou conversions thématiques, d'une durée de six mois par période de trois ans passée en position d'activité ou de détachement, ou douze mois par période de six ans passée en position d'activité ou de détachement. Toutefois, les enseignants-chercheurs nommés depuis au moins trois ans peuvent bénéficier d'un premier congé de douze mois. Un congé pour recherches ou conversions thématiques, d'une durée de six mois, peut être accordé après un congé maternité ou un congé parental, à la demande de l'enseignant-chercheur. 
La périodicité entre chaque congé intervient par intervalles de trois années à l'échéance d'un congé de six mois et par intervalles de six années à l'échéance d'un congé de douze mois. 
Les bénéficiaires de ce congé demeurent en position d'activité. Ils conservent la rémunération correspondant à leur grade. Par dérogation aux dispositions du décret n° 2007-658 du 2 mai 2007 relatif au cumul d'activités des fonctionnaires, des agents non titulaires de droit public et des ouvriers des établissements industriels de l'Etat, ils ne peuvent cumuler cette rémunération avec une rémunération publique ou privée. 
Le congé pour recherches ou conversions thématiques est accordé par le président ou le directeur de l'établissement, au vu d'un projet présenté par le candidat, après avis du conseil académique ou de l'organe compétent pour exercer les attributions mentionnées au IV de l'article L. 712-6-1. L'avis du conseil académique ou de l'organe compétent est émis en formation restreinte aux enseignants-chercheurs et personnels assimilés d'un rang au moins égal à celui détenu par l'intéressé. 
Des congés pour recherches ou conversions thématiques sont également accordés par le président ou le directeur de l'établissement, sur proposition des sections compétentes du Conseil national des universités dont relève l'enseignant-chercheur ou, dans les disciplines pharmaceutiques, sur proposition des sections compétentes du Conseil national des universités pour les disciplines médicales, odontologiques et pharmaceutiques, dans le cadre d'un contingent annuel fixé par arrêté. Ce contingent représente 40 % du nombre de congés accordés par les établissements l'année précédente. 
Une fraction des congés pour recherches ou conversion thématique est attribuée en priorité aux enseignants-chercheurs qui ont effectué pendant au moins quatre ans des tâches d'intérêt général ou qui ont conçu ou développé des enseignements nouveaux ou des pratiques pédagogiques innovantes. 
Les enseignants-chercheurs qui ont exercé les fonctions de président ou de directeur d'établissement public d'enseignement supérieur ou de recteur d'académie bénéficient à l'issue de leur mandat, sur leur demande, d'un congé pour recherches ou conversions thématiques d'une durée d'un an au plus. 
Lorsqu'un enseignant-chercheur effectue ses activités de recherche au sein d'un établissement autre que son établissement d'affectation, l'avis prévu au quatrième alinéa est rendu par le conseil académique ou par l'organe compétent pour exercer les attributions mentionnées au IV de l'article L. 712-6-1 de l'établissement au sein duquel sont effectuées les activités de recherche. Les modalités de déroulement du congé sont fixées dans le cadre d'une convention entre les deux établissements. 
A l'issue du congé, le bénéficiaire adresse au président ou au directeur de son établissement un rapport sur ses activités pendant cette période. Le rapport est transmis au conseil académique ou à l'organe compétent pour exercer les attributions mentionnées au IV de l'article L. 712-6-1 de l'établissement.