Le directeur général de Port autonome de Paris est nommé, sur proposition du ministre chargé des transports, par décret pris après avis du conseil d'administration. 
Il exécute les délibérations du conseil d'administration et exerce les compétences que ce dernier lui délègue. 
Il assure, sur le domaine du port, un rôle de coordination des services publics pour les affaires qui intéressent directement l'exploitation du port. Il délivre les permis de stationnement et de dépôt temporaire sur le domaine géré par l'établissement, dans le respect des dispositions de l'article L. 2124-13 du code général de la propriété des personnes publiques.