Le conseil d'administration de l'établissement est composé :

1° De représentants de l'Etat et de l'Agence nationale de la cohésion des territoires ;

2° D'élus représentant les collectivités territoriales ;

3° De personnalités qualifiées extérieures à l'établissement choisies en raison de leur compétence, parmi lesquelles des personnes issues du monde des associations d'usagers et de protection de l'environnement ;

4° De représentants élus du personnel de l'établissement.

Le président du conseil d'administration est élu par les membres du conseil d'administration.

Le directeur général est nommé par décret, sur proposition des ministres chargés du développement durable, des transports et de l'urbanisme.

L'établissement est doté d'un conseil stratégique, qui prépare les travaux du conseil d'administration en matière de stratégie de l'établissement. Le conseil stratégique comprend, à parts égales, des représentants de l'Etat et des élus représentant les collectivités territoriales.

Des comités d'orientation thématiques nationaux et territoriaux sont créés. Ces comités proposent des orientations relatives aux grands enjeux de société et des programmes d'actions territoriaux. Ces instances prennent en compte les besoins des services déconcentrés de l'Etat en région ou dans les départements, des collectivités territoriales et des autres bénéficiaires des productions de l'établissement. La synthèse des propositions est soumise à la validation du conseil d'administration.