Le directeur de l'Ecole supérieure de l'éducation nationale, de l'enseignement supérieur et de la recherche, qui a rang de chef de service, est nommé par arrêté conjoint du ministre chargé de l'éducation nationale et du ministre chargé de l'enseignement supérieur, sur proposition du directeur général des ressources humaines. Il est assisté de quatre adjoints et d'un secrétaire général. Il peut être assisté d'un chargé de mission.