Le président du conseil d'administration de l'agence est nommé parmi les personnalités mentionnées au 2° de l'article R. 342-1. Il ne peut exercer plus de deux mandats consécutifs. 
Le conseil d'administration élit pour trois ans un vice-président chargé de suppléer le président en cas d'empêchement de celui-ci ou de vacance. 
Le président et les membres du conseil d'administration ne peuvent prendre ou conserver aucun intérêt, ni occuper aucune fonction dans les organismes soumis au contrôle de l'agence.