Les services de FranceAgriMer effectuent les contrôles sur place préalablement et postérieurement aux opérations de récolte en vert ou de non-récolte, dans les conditions définies à l'article 110 du règlement d'exécution (UE) n° 543/2011 susmentionné. 
En cours ou en fin de campagne, FranceAgriMer peut effectuer, par sondage, des analyses de sols afin de vérifier l'absence de risque d'atteinte à l'environnement. Il vérifie notamment que les méthodes de récolte en vert et de non-récolte mises en œuvre sont conformes au cahier des charges établi par le centre technique interprofessionnel des fruits et légumes.