Dans chaque ministère est mis en place un dispositif de contrôle interne budgétaire et de contrôle interne comptable.
 Le contrôle interne budgétaire a pour objet de maîtriser les risques afférents à la poursuite des objectifs de qualité de la comptabilité budgétaire tenue et de soutenabilité de la programmation et de son exécution.
 Le contrôle interne comptable a pour objet la maîtrise des risques afférents à la poursuite des objectifs de qualité des comptes depuis le fait générateur d'une opération jusqu'à son dénouement comptable.
 Le ministre chargé du budget définit le cadre de référence interministériel des contrôles internes budgétaire et comptable et veille à leur mise en œuvre. Ce référentiel précise les conditions dans lesquelles est assuré le contrôle du respect des critères de réalité, de justification, de présentation et bonne information, de sincérité, d'exactitude, de totalité, de non-compensation, d'imputation et de rattachement à la bonne période comptable et au bon exercice.