En cas de désaccord ou de difficultés non réglées au niveau local, organique ou central, l'inspection du travail dans les armées peut être saisie directement par un agent, par le chef d'organisme, par le médecin du travail ou par la direction centrale du service de santé des armées.
Après avis de l'inspecteur de la médecine de prévention dans les armées, elle adresse ses recommandations aux autorités d'emploi et médecins du travail concernés, ainsi qu'à la direction centrale du service de santé des armées.