وأما كتب أرسطوطاليس فقد تكفل الشيخ أبو علي بالتعبير عما فيها وجرى على مذهبه وسلك طريق فلسفته في كتاب الشفاء، وصرح في أول الكتاب بأن الحق عنده غير ذلك وأنه إنما ألف ذلك الكتاب على مذهب المشائين وأن من أراد الحق الذي لا جمة فيه فعليه بكتابه في الفلسفة المشرقية، ومن عني بقراءة كتاب الشفاء وبقراءة كتب أرسطوطاليس ظهر له في أكثر الأمور أنها تتفق وإن كان في كتاب الشفاء أشياء لم تبلغ إلينا عن أرسطو وإذا أخذ جميع ما تعطيه كتب أرسطو وكتاب الشفاء على ظاهره دون أن يتفطن لسره وباطنه لم يصل به إلى الكمال حسبما نبه عليه الشيخ أبو علي في كتاب الشفاء