فلسفة ابن طفيل الباقية لنا موجودة في كتابه الوحيد الذي سماه أسرار الحكمة المشرقية وهو بنفسه رسالة حي بن يقظان ويظن الذين اطلعوا عليها أن ابن طفيل استخلصها من فلسفة ابن سينا وهذا خطأ لأنها فلسفة قائمة بذاتها، وقد فرغنا فيما ترجمنا له من عرض آرائه في فلسفة الأئمة السابقين كالفارابي والغزالي وابن سينا وابن باجه ورأينا هذا الفيلسوف الأندلسي يختط لنفسه خطة قائمة بذاتها مستقلة عن أفكار الجميع، وقد مهد لها بتمهيد بليغ أقر فيه بأنه وقف على آراء الجميع واستخلص لنفسه مذهبا وهو أول فيلسوف إسلامي صب فلسفته في قالب قصصي وجعل بطل قصته شخصا متوحدا يكون نفسه وأفكاره بالاحتكاك بالطبيعة وبالكائنات التي هي أقل منه درجات من جماد ونبات وحيوان إلى أن يصل إلى نقطة الإدراك والاتصال