بقيت العلاقات بين تركيا ومصر تراوح مكانها حتى فوز حزب العدالة والتنمية في تركيا في عام  حيث بقيت الحكومة المصرية تنظر بعين الشك إلى هذه الحكومة التي كانت مؤيدة عموما للاتجاهات الإسلامية وحركة الإخوان المسلمين