Pero Descartes hubo de escribir y solicitar en defensa de sus opiniones, y aunque al fin y al cabo obtuvo reparación y justicia, esta lucha cruel, tan contraria a su modo de ser pacífico y tranquilo, acabó por hastiarle y disponerle a aceptar los ofrecimientos de la reina Cristina de Suecia.Llegó a Estocolmo en 1649. Fue recibido con los mayores honores. La corte toda se reunía en la biblioteca para oírle disertar sobre temas filosóficos de física o de matemáticas. Poco tiempo gozó Descartes de esta brillante y tranquila situación. En 1650, al año de su llegada a Suecia, murió, acaso por no haber podido resistir su delicada constitución los rigores de un clima tan rudo. Tenía cincuenta y tres años. En 1667 sus restos fueron trasladados a París y enterrados en la iglesia de Sainte Geneviéve du Mont. Comenzó entonces una fuerte persecución contra el cartesianismo. El día del entierro se disponía el padre Lallemand, canciller de la Universidad, a pronunciar el elogio fúnebre del filósofo cuando llegó una orden superior prohibiendo que se dijera una palabra. 