Hay otra idea que no debe ser tolerada, el ateísmo, pues al no creer en Dios se carece de principios morales, pero "ni los paganos, ni los mahometanos, ni los judíos deberían ser excluidos de los derechos civiles del Estado a causa de su religión".Locke sugiere que puede haber más de una iglesia "verdadera". Considera irracional castigar a la gente por lo que cree, y por lo tanto el Estado no tiene por qué interferir con las creencias. Esta era una doctrina muy radicalizada en la época, por los íntimos contactos que los Estados, católicos o protestantes, tenían con las autoridades eclesiásticas. Pese a algunas limitaciones, la Carta sobre la tole – rancia implicó una fuerte condena a la intolerancia y la consagración de la libertad religiosa, elementos indispensables en el proceso de constitución del Estado democrático liberal. Existe un debate contemporáneo sobre la postura religiosa de Locke. Para unos, su teoría política y social ha de ser considerada como la elaboración de valores sociales calvinistas, ya que su religión era profundamente individualista y no reconocía la autoridad de ninguna comunidad eclesiástica. 