En el segundo año se estudiaba la Física y las Matemáticas.En el tercer año se daba la Metafísica de Aristóteles. Las lecciones se dividían en dos partes: primero el maestro dictaba y explicaba Aristóteles o Santo Tomás; luego el maestro proponía ciertas quaestiones sacadas del autor y susceptibles de diferentes interpretaciones. Aislaba la quaestio y la definía claramente, la dividía en partes, y la desenvolvía en un magno silogismo, cuya mayor y menor iba probando sucesivamente. Los ejercicios que hacían los alumnos consistían en argumentaciones o disputas. Al final del año algunos de estos certámenes eran públicos. Sabemos el nombre del profesor de filosofía que tuvo Descartes en La Fleche. Fue el padre Francisco Verón. Pero en realidad, la enseñanza era totalmente objetiva e impersonal. 