Tuvo que ocultarse y cambiar de nombre y residencia durante un breve período, pues efectivamente había sido un activista involucrado en operaciones revolucionarias y portavoz de un movimiento político.Durante sus cinco años de exilio en Holanda estuvo ocupado en la corrección de su Ensayo sobre el entendimiento humano y la Carta sobre la tolerancia, que tiene sus raíces en el ensayo anterior y fue escrita en 1685, el mismo año en que el católico Jacobo II llega al trono inglés y en que Luis XIV revocó el Edicto de Nantes, razón por la cual los protestantes franceses huyeron a Holanda.Muchos de ellos, pese a la larga tradición hugonote de obediencia al poder secular, argumentaban que tenían derecho a resistir la tiranía de su rey. En este contexto la Carta de Locke se lee como una defensa radical de los derechos de los protestantes franceses, pero desde un contexto holandés sus argumentos contra los católicos, cuáqueros y ateos son francamente intolerantes. Durante la Revolución Gloriosa de 1688-89 Locke volvió a Inglaterra en el mismo barco que la reina María, esposa de Guillermo de Orange. 