Las normas de estos estudios estaban minuciosamente establecidas en órdenes y estatutos de la Compañía... «Cuiden muy bien los maestros de no apartarse de Aristóteles, a no ser en lo que haya de contrario a la fe o a las doctrinas universalmente recibidas... Nada se defienda ni se enseñe que sea contrario, distinto o poco favorable a la fe, tanto en filosofía como en teología.Nada se defienda que vaya contra los axiomas recibidos por los filósofos, como son que sólo hay cuatro géneros de causas, que sólo hay cuatro elementos, etc., etc.». [1] Semejante enseñanza filosófica no podía por menos de despertar el anhelo de la libertad en un espíritu de suyo deseoso de regirse por propias convicciones. Descartes, en el Discurso del método, nos da claramente la sensación de que ya en el colegio sus trabajos filosóficos no iban sin ciertas e íntimas reservas mentales. Su juicio sobre la filosofía escolástica, que aprendió, como se ha visto, en toda su pureza y rigidez, es por una parte benévolo y por otra radicalmente condenatorio. 