En Amsterdam, algunos no se contentan con cuestionar el papel de los rabinos y de la tradición, sino hasta el sentido de la Escritura misma: Uriel da Costa será condenado en 1647 por haber negado la inmortalidad del alma y la ley revelada, y no haber reconocido más que la ley natural, y Juan de Prado sobre todo será castigado en 1656, y más tarde excomulgado, acusado de haber sostenido que las almas mueren con los cuerpos, que Dios sólo existe en sentido filosófico y que la fe es inútil.[2] Documentos recientemente publicados atestiguan los estrechos vínculos de Spinoza con Prado: se puede pensar que ambos casos fueron examinados conjuntamente. Si Spinoza fue condenado con mayor severidad y excomulgado ya en 1656, es porque rechazaba la penitencia y buscaba por sí mismo la ruptura. Los rabinos, como en muchos otros casos, parecen haber deseado un compromiso. Pero, en lugar de la penitencia, Spinoza redactó una Apología para justificar su salida de la Sinagoga., o al menos un bosquejo del futuro Tratado teológico-político. 