En contraste con su pensamiento anterior, en esta obra consideraba que un súbdito estaba justificado al no obedecer si el poder le ordenaba realizar algo pecaminoso.Desde este período en adelante, Locke sostendrá que lo más importante en la política son los derechos del individuo y no el orden y la seguridad del Estado. En 1668 se convirtió en miembro de la recientemente creada Royal Society of London for the Improvement of Natural Knowledge, lo cual le permitía estar al tanto de los últimos avances científicos. Ese mismo año obtuvo un puesto como secretario de los Lords propietarios de Carolina, una colonia en el norte de América, efectivamente gobernada por Ashley. Escribió una constitución para ella en 48 1669, The Fundamental Constitution of Carolina, en la cual solamente los grandes propietarios tendrían derecho al voto y solamente los ricos el derecho a ser elegidos en el Parlamento, que debería estar totalmente controlado por el consejo de propietarios. A los descendientes liberales demócratas de Locke debe recordárseles aquella cláusula que prohibía a cualquier siervo o su descendencia abandonar la tierra de su señor "hasta el fin de las generaciones". 