Sin duda, ya en Amsterdam, y en vida de su padre, había seguido cursos en la escuela de Van den Ende, frecuentada por muchos jóvenes judíos que aprendían en ella el latín, los elementos de la filosofía y la ciencia cartesianas, matemáticas y física; antiguo jesuita, Francis Van den Ende adquirió rápidamente una reputación no sólo de cartesiano, sino de librepensador y ateo, y hasta de agitador político (será ejecutado en Francia en 1674, inmediatamente después de la rebelión del caballero de Rohan).[3] Sin duda también Spinoza tuvo trato con cristianos liberales y anticlericales, inspirados por cierto panteísmo y un comunismo pacifista. Spinoza iba a reencontrarlos en Rijnsburg, que era uno de sus centros: conecta con Jarig Jelles, Pieter Balling, Simón de Vries y el editor «progresista» Jan Rieuwertz (una carta de Spinoza a Oldenburg, en 1665, da pruebas de pacifismo, así como otra a Jelles, de 1671, del tema comunitario). 