什麼是比較基因組學？
比較基因組分析的核心是建立不同生物體中基因（直系同源分析）或其他基因組特徵之間的對應關係。正是這些基因組間圖譜使得追蹤導致兩個基因組分歧的進化過程成為可能。在不同組織層面發揮作用的大量進化事件塑造了基因組進化。在最低水平上，點突變影響單個核苷酸。在更高的水平上，大的染色體片段經歷複製、橫向轉移、倒位、轉座、刪除和插入。最終，整個基因組參與雜交、多倍化和內共生過程，通常導致快速物種形成。基因組進化的複雜性給數學模型和演算法的開發人員帶來了許多令人興奮的挑戰，他們求助於一系列演算法、統計和數學技術，從基於簡約模型的問題的精確演算法、啟發式演算法、固定引數演算法和近似演算法到馬爾可夫演算法基於機率模型的問題貝葉斯分析鏈蒙特卡羅演算法。

許多這些研究都是基於序列同源性的檢測來將序列分配給蛋白質家族。