b'\n_START_ARTICLE_\nHomologinis modeliavimas\n_START_SECTION_\nPalyginio koregavimas\n_START_PARAGRAPH_\nPaie\xc5\xa1kos metodai skirti tolimiems ry\xc5\xa1iams rasti, o ne generuoti optimalius palyginius, tod\xc4\x97l, parinkus \xc5\xa1ablonus, reikalingi special\xc5\xabs metodai jiems palyginti su \xe2\x80\x9etaikinio\xe2\x80\x9c seka. Konstruojant model\xc4\xaf, visos homologinio modeliavimo programos nustato strukt\xc5\xabrinius atitikimus tarp \xe2\x80\x9etaikinio\xe2\x80\x9c ir \xc5\xa1ablono aminor\xc5\xabg\xc5\xa1\xc4\x8di\xc5\xb3 liekan\xc5\xb3. Tai atliekama palyginant \xe2\x80\x9etaikinio\xe2\x80\x9c ir \xc5\xa1ablono sekas. Kai sek\xc5\xb3 identi\xc5\xa1kumas >40\xc2\xa0%, standartiniai automatiniai sekos-sekos palyginimo metodai generuoja tikslius palyginius.  Kai sek\xc5\xb3 identi\xc5\xa1kumas <40\xc2\xa0%, palyginyje atsiranda tarpeli\xc5\xb3 ir klaiding\xc5\xb3 sulyginim\xc5\xb3, kuriuos reikia minimizuoti rankiniu b\xc5\xabdu. Taip pat galima panaudoti homologi\xc5\xa1k\xc5\xb3 baltym\xc5\xb3 sekas, kurios vienodai gerai sulyginamos su abiem pradin\xc4\x97mis sekomis \xe2\x80\x93 \xe2\x80\x9etaikinio\xe2\x80\x9c ir \xc5\xa1ablono. Tai daugybinis sek\xc5\xb3 palyginimas (angl. multiple sequence alignment). Yra nema\xc5\xbeai tam skirt\xc5\xb3 program\xc5\xb3 (pvz., Mummals, MAFFT, Muscle, T-Coffee, Kalign, CLUSTALW2._NEWLINE_Kai sek\xc5\xb3 identi\xc5\xa1kumas nedidelis, tikslus palyginys yra svarbiausias faktorius, nulemiantis modelio kokyb\xc4\x99. Palygin\xc4\xaf galima patobulinti panaudojant strukt\xc5\xabrin\xc4\x99 \xc5\xa1ablono informacij\xc4\x85. Reikia vengti tarpeli\xc5\xb3 antrin\xc4\x97s strukt\xc5\xabros elementuose (-spiral\xc4\x97se ir -juostose), pasl\xc4\x97ptuose regionuose. Kai kurie palygini\xc5\xb3 sudarymo metodai atsi\xc5\xbevelgia \xc4\xaf \xc5\xa1iuos kriterijus, ta\xc4\x8diau svarbu modeliuotojui pa\xc4\x8diam patikrinti palygin\xc4\xaf.  Blogas vienos liekanos pozicijos sulyginimas gali lemti 4 \xc3\x85 dyd\xc5\xbeio paklaid\xc4\x85 modelyje, nes esami modeliavimo metodai negali i\xc5\xa1taisyti palyginyje padaryt\xc5\xb3 klaid\xc5\xb3._NEWLINE_Detali \xe2\x80\x9etaikinio\xe2\x80\x9c ir \xc5\xa1ablono \xc5\xa1eim\xc5\xb3 sek\xc5\xb3 analiz\xc4\x97, charaktering\xc5\xb3 sanklodos savybi\xc5\xb3 i\xc5\xa1tyrimas bei literat\xc5\xabros ir bet koki\xc5\xb3 prieinam\xc5\xb3 biochemini\xc5\xb3 \xc5\xbeini\xc5\xb3 (mutacij\xc5\xb3, katalitini\xc5\xb3 liekan\xc5\xb3 ir t. t.) panaudojimas yra b\xc5\xabtinas, nes net ma\xc5\xbeiausios detal\xc4\x97s gali pad\xc4\x97ti sudaryti teising\xc4\x85 seka-strukt\xc5\xabra palygin\xc4\xaf neai\xc5\xa1kiose dalyse. Taip pat labai patartina padalinti \xe2\x80\x9etaikinio\xe2\x80\x9c sek\xc4\x85 \xc4\xaf atskirus domenus, pa\xc5\xa1alinti ilgus intarpus i\xc5\xa1 sanklodos \xc5\xa1erdies ir pakartotinai pateikti u\xc5\xbeklausas nusp\xc4\x97jimo serveriams.\n_START_SECTION_\nKarkaso generavimas\n_START_PARAGRAPH_\nTurint palygin\xc4\xaf, pradedamas modeliavimas nukopijuojant t\xc5\xb3 \xc5\xa1ablono aminor\xc5\xabg\xc5\xa1\xc4\x8di\xc5\xb3 koordinates, kurios sutampa su \xe2\x80\x9etaikinio\xe2\x80\x9c seka palyginyje. Jei sulygintos aminor\xc5\xabg\xc5\xa1tys skiriasi, kopijuojamos tik karkaso koordinat\xc4\x97s (N, C, C ir O). Jei sutampa, gali b\xc5\xabti \xc4\xafjungiamos ir \xc5\xa1onin\xc4\x97s grandin\xc4\x97s._NEWLINE_Eksperimenti\xc5\xa1kai nustatytos baltym\xc5\xb3 strukt\xc5\xabros turi paklaidas, tod\xc4\x97l s\xc4\x97kmingo modelio sudarymas priklauso nuo tiksliausio \xc5\xa1ablono  pasirinkimo. Pad\xc4\x97ti gali PDBREPORT duomen\xc5\xb3 baz\xc4\x97. Turint du \xc5\xa1ablonus su blogiau apibr\xc4\x97\xc5\xbetais, bet nesutampan\xc4\x8diais regionais, galima panaudoti abej\xc5\xb3 \xc5\xa1ablon\xc5\xb3 ger\xc4\x85sias dalis. Toks modeliavimas vadinamas daugybini\xc5\xb3 \xc5\xa1ablon\xc5\xb3 modeliavimu (angl. multiple template modeling). Jis taip pat taikomas, kai palyginys tarp \xe2\x80\x9etaikinio\xe2\x80\x9c ir \xc5\xa1ablon\xc5\xb3 gerai sutampa skirtinguose regionuose.\n_START_SECTION_\nModelio optimizavimas\n_START_PARAGRAPH_\nNatyvioje b\xc5\xabsenoje baltymo laisvoji energija yra minimume. Energijos minimizavim\xc4\x85 ir molekulin\xc4\x97s dinamikos modeliavim\xc4\x85 galima atlikti po lengvai aptinkam\xc5\xb3 klaid\xc5\xb3 i\xc5\xa1taisymo. Optimizuojant vis\xc4\x85 baltymo strukt\xc5\xabr\xc4\x85, b\xc5\xabtina atsargiai naudoti energijos minimizavim\xc4\x85. Kiekvienos minimizavimo stadijos metu pa\xc5\xa1alinama keletas dideli\xc5\xb3 klaid\xc5\xb3 (toki\xc5\xb3, kaip \xe2\x80\x9esusid\xc5\xabrimai\xe2\x80\x9c \xe2\x80\x93 per trumpi atstumai tarp atom\xc5\xb3), bet \xc4\xafvedama daug smulki\xc5\xb3. Kai dideli\xc5\xb3 klaid\xc5\xb3 neb\xc4\x97ra, pradeda kauptis smulkiosios ir modelis tolsta nuo \xe2\x80\x9etaikinio\xe2\x80\x9c. \xc5\xa0iuolaikin\xc4\x97s modeliavimo programos arba apriboja atom\xc5\xb3 pozicijas ir/arba pritaiko tik kelet\xc4\x85 energijos minimizavimo stadij\xc5\xb3. Modelio optimizavimui reikia tiksli\xc5\xb3 energijos funkcij\xc5\xb3 (j\xc4\x97g\xc5\xb3 lauk\xc5\xb3)._NEWLINE_Model\xc4\xaf optimizuoti galima paleid\xc5\xbeiant modelio molekulin\xc4\x97s dinamikos modeliavim\xc4\x85. Toks modeliavimas seka baltymo judesius femtosekund\xc4\x97mis (10\xe2\x81\xbb\xc2\xb9\xe2\x81\xb5 s) ir pam\xc4\x97g\xc5\xbeioja tikr\xc4\x85 susivyniojimo proces\xc4\x85. Tikimasi, kad modeliavimo metu modelis susivynios \xc4\xaf galutin\xc4\x99 tikr\xc4\x85 strukt\xc5\xabr\xc4\x85. Privalumas tas, kad molekulin\xc4\x97s dinamikos modeliavimas \xc4\xaftraukia entropinius efektus, kuriuos kitu b\xc5\xabdu sunku suvaldyti. Tr\xc5\xabkumas tas, kad j\xc4\x97gos laukai nepakankamai tiksl\xc5\xabs. I\xc5\xa1lieka didel\xc4\x97 tikimyb\xc4\x97, kad modeliavimo metu modelis bus sujauktas, jo kokyb\xc4\x97 \xc5\xbeymiai pablog\xc4\x97s. \xc5\xa0iuos modeliavimus atlikti galima tik turint solvatuotas molekules. Tam da\xc5\xbenai panaudojamas kristalizacinis vanduo.\n_START_SECTION_\nMetod\xc5\xb3 kokyb\xc4\x97s \xc4\xafvertinimas\n_START_PARAGRAPH_\nKas dvejus metus vyksta tarptautinis homologinio modeliavimo eksperimentas CASP \xe2\x80\x93 Critical Assessment of Technicues for Protein Structure Prediction. Jo metu i\xc5\xa1siai\xc5\xa1kinami naujausi pasiekimai baltym\xc5\xb3 strukt\xc5\xabr\xc5\xb3 nusp\xc4\x97jimo srityje. Yra sukurta duomen\xc5\xb3 baz\xc4\x97 ModBase, talpinanti homologinio modeliavimo pagalba gautas strukt\xc5\xabras. Taip pat kuriama duomen\xc5\xb3 baz\xc4\x97 3Dcrunch, skirta talpinti strukt\xc5\xabras, generuotas naudojant Swiss-Model programin\xc4\x99 \xc4\xafrang\xc4\x85.'