b'\n_START_ARTICLE_\nNaujos kartos sekoskaita\n_START_SECTION_\nSignalo apdorojimas\n_START_PARAGRAPH_\nSignalo apdorojimas\xc2\xa0\xe2\x80\x93 procesas, kurio metu tikslinis signalas atskiriamas nuo foninio signalo. \xc5\xa0is pirminis \xc5\xbeingsnis, d\xc4\x97l savo technologinio sud\xc4\x97tingumo \xc4\xaftakoja vis\xc4\x85 tolesn\xc4\x99 analiz\xc4\x97s eig\xc4\x85 ir yra pirmin\xc4\x97 klaid\xc5\xb3 da\xc5\xbenio did\xc4\x97jimo sekoskaitos eigoje tendencingumo prie\xc5\xbeastis. I\xc5\xa1\xc5\xa1\xc5\xabkius su kuriais susiduriama signalo apdorojimo metu vaizd\xc5\xbeiai galima atskleisti IonTorrent sekoskaitos pavyzd\xc5\xbeiu (1 pav.). Vykstant sekoskaitai sintez\xc4\x97s metu, matuojamas srov\xc4\x97s pokytis mikrograndyno \xc5\xa1ulin\xc4\x97liuose, kai \xc4\xaf DNR grandin\xc4\x99 \xc4\xafjungus nukleotid\xc4\x85 atsiskiria vandenilio jonas. Nustatomas srov\xc4\x97s pokytis yra ypatingai ma\xc5\xbeas ir j\xc4\xaf labai \xc4\xaftakoja t\xc4\x97km\xc4\x97se (angl. flows) naudojam\xc5\xb3 reagent\xc5\xb3 neefektyvus pa\xc5\xa1alinimas, bei ne 100\xc2\xa0% efektyvumu vykstanti DNR sintez\xc4\x97, d\xc4\x97l ko kyla fazinis triuk\xc5\xa1mas, kuris kiekviename sekoskaitos cikle vis stipr\xc4\x97ja.\n_START_SECTION_\nNuskaitym\xc5\xb3 analiz\xc4\x97\n_START_PARAGRAPH_\nSurikiavus milijonus NKS nuskaitym\xc5\xb3 (angl. read allignment), prasideda duomen\xc5\xb3 analiz\xc4\x97s \xc5\xbeingsniai, tokie kaip genomo surinkimas (angl. genome assembly]) ar surinkt\xc5\xb3 skirting\xc5\xb3 fragment\xc5\xb3 kiekybinis \xc4\xafvertinimas, kuriuose ir atsiskleid\xc5\xbeia perdengimo tendencingumo daroma \xc5\xbeala. Perdengimo tolygumas yra ypa\xc4\x8d svarbus RNR sekoskaitoje (RNA-Seq), chromosom\xc5\xb3 imunoprecipitacijos sekoskaitoje (ChIP-Seq) ar kopij\xc5\xb3 skai\xc4\x8diaus nustatymui dedikuotuose sekoskaitos eksperimentuose, kur reikalingas tikslus kiekybinis \xc4\xafvertinimas. NKS generuojami duomenys smarkiai nukrypsta nuo teorinio tolygaus nuskaitym\xc5\xb3 pasiskirstymo. Ypa\xc4\x8d dideliu tendencingumu pasi\xc5\xbeymi GC turting\xc5\xb3 sek\xc5\xb3, kurios sudaro ir daugyb\xc4\x99 \xc5\xbemogaus genome esan\xc4\x8di\xc5\xb3 promotori\xc5\xb3, sekoskaita (5 pav.). Prastai perdengtose genom\xc5\xb3 srityse tampa sud\xc4\x97tinga nustatyti VNP (angl. SNP), taip pat \xc5\xa1ios sritys yra kriti\xc5\xa1kos De novo genom\xc5\xb3 surinkimui, nes gaunama tik daug trump\xc5\xb3 s\xc4\x85rank\xc5\xb3 (angl. contig). Literat\xc5\xabroje pla\xc4\x8diai apra\xc5\xa1omi GC sud\xc4\x97ties, sud\xc4\x97ting\xc5\xb3 sri\xc4\x8di\xc5\xb3, gen\xc5\xb3 ilgio (RNR sekoskaita) bei nuo DNR fragmentacijos ar sekoskaitos sistemai specifini\xc5\xb3 adapteri\xc5\xb3 ligavimo priklausantys NKS tendencingumai bei b\xc5\xabdai jiems steb\xc4\x97ti ir i\xc5\xa1vengti.\n_START_SECTION_\nDNR fragmentavimo tendencingumas\n_START_PARAGRAPH_\nDidesni ar ma\xc5\xbeesni DNR fragmentavimo tendencingumai stebimi naudojant pla\xc4\x8diai taikomus NKS fermentinius (DNaz\xc4\x97s, transpozaz\xc4\x97s, restrikcijos endonukleazi\xc5\xb3 mi\xc5\xa1iniai) ir mechaninius (sonifikacija, nebulizacija, hidrodinaminis skaldymas ir kt.) DNR fragmentavimo metodus. \xc5\xa0ie tendencingumai gali suma\xc5\xbeinti tam tikr\xc5\xb3 genomo sri\xc4\x8di\xc5\xb3 padengimus, nes DNR jose, d\xc4\x97l nepalankios bazin\xc4\x97s sud\xc4\x97ties, bus suskaldyta \xc4\xaf sekoskaitos sistemai per ilgus ar per trumpus fragmentus, kurie i\xc5\xa1 analiz\xc4\x97s bus pa\xc5\xa1alinti. Fragmentavimo tendencingumus paprasta steb\xc4\x97ti sek\xc5\xb3 vizualizacijos \xc4\xafrankiais (pLogo, bLogo, kt.) generuojamuose grafikuose. Grafik\xc5\xb3 generavime naudojamos nuskaitym\xc5\xb3 prad\xc5\xbeios ir galo pozicijos prilygintos prie \xc5\xa1abloninio (angl. reference) genomo (11 pav.).\n_START_SECTION_\nSekoskaitos sistemai specifini\xc5\xb3 adapteri\xc5\xb3 ligavimo tendencingumas\n_START_PARAGRAPH_\nPats populiariausias NK sekoskaitos sistemai specifini\xc5\xb3 DNR adaptorini\xc5\xb3 sek\xc5\xb3 prid\xc4\x97jimo b\xc5\xabdas i\xc5\xa1lieka ligavimas. Adapteriai da\xc5\xbeniausiai liguojami AT lipniais ar bukais galais. Yra pasteb\xc4\x97ta, kad buko ligavimo tendencingumas yra daug ma\xc5\xbeesnis u\xc5\xbe AT ligavimo tendencingum\xc4\x85 (12 pav.), bet, kadangi DNR ligavimo tendencingumas yra pakankamai ma\xc5\xbeas palyginti su kitais sekoskaitos tendencingumais, tod\xc4\x97l yra svarbus tik tais atvejais, kai dirbama su ma\xc5\xbeais sek\xc5\xb3 perdengimais. Ligavimo tendencingum\xc4\x85 (taip pat ir DNR fragmentavimo tendencingum\xc4\x85) steb\xc4\x97ti patogu grafikuose, kuriuose i\xc5\xa1reik\xc5\xa1tas kiekvieno nukleotido pasikartojimo da\xc5\xbenis nuskaitym\xc5\xb3 prad\xc5\xbeioje ir gale (da\xc5\xbeniausiai pateikiamos ne ilgesn\xc4\x97s nei 10 bazi\xc5\xb3 sritys, kurios, manoma, gali kontaktuoti su fermentu ir \xc4\xaftakoti reakcijos eig\xc4\x85)._NEWLINE_Labai reik\xc5\xa1mingas ligavimo tendencingumas yra stebimas ruo\xc5\xa1iant sekoskaitai ma\xc5\xbe\xc5\xb3 RNR (sRNR) bibliotekas. Prie sRNR adapteriai liguojami panaudojant RNR ligazes, kurios rodo tendencingum\xc4\x85 ne RNR sekai, o adapteri\xc5\xb3 ir sRNR antrinei strukt\xc5\xabrai (13 pav.). Ligavimas efektyviausias tada, kai po reakcijos gauta RNR sudaro stabilias antrines strukt\xc5\xabras. Sorefan K. et al. NKS b\xc5\xabdu nuskait\xc4\x97 bibliotekoms ruo\xc5\xa1ti ekvimoliariniais kiekiais panaudotas degeneruotos sekos trumpas RNR ir gautus kiekybinius rezultatus palygin\xc4\x99s su bioinformatiniais metodais nustatyta nuskaityt\xc5\xb3 RNR antrini\xc5\xb3 strukt\xc5\xabr\xc5\xb3 minimalia laisv\xc4\x85ja energija (MLE), pasteb\xc4\x97jo ry\xc5\xa1ki\xc4\x85 koreliacij\xc4\x85 tarp sek\xc5\xb3 da\xc5\xbenio NKS ir MLE reik\xc5\xa1m\xc4\x97s._NEWLINE_D\xc4\x97l RNR ligavimo tendencingumo NKS duomenis reikia atsargiai naudoti sRNR kiekybiniam \xc4\xafvertinimui. Tikimasi, jog pa\xc5\xa1alinus RNR ligavimo tendencingum\xc4\x85, NKS b\xc5\xabdu bus galima atrasti daug nauj\xc5\xb3 ma\xc5\xbe\xc5\xb3j\xc5\xb3 RNR.'