b'\n_START_ARTICLE_\nMega Man X6\n_START_SECTION_\nTarina\n_START_PARAGRAPH_\nOn kulunnut kolme viikkoa Eurasia-avaruusaseman tuhosta ja Reploidit korjaavat planeettaa avaruusaseman osien aiheuttamista vahingoista. Tiedemies Gate l\xc3\xb6yt\xc3\xa4\xc3\xa4 Eurasia raunioiden keskelt\xc3\xa4 DNA-kappaleen, joka kuului Sigmaa vastaan taistelussa kaatuneelle Zerolle. Gate ryhtyy tutkimaan DNA:ta ja altistuu Zero-virukselle. My\xc3\xb6hemmin X n\xc3\xa4kee unta Zerosta, joka v\xc3\xa4itt\xc3\xa4\xc3\xa4 t\xc3\xa4m\xc3\xa4n olevan planeetan ainoa suojelia. Alia h\xc3\xa4lytt\xc3\xa4\xc3\xa4 X:n taisteluasemiin, kun Eurasian maahansy\xc3\xb6ksyalueella on havaittu maverickeja. Paikanp\xc3\xa4\xc3\xa4ll\xc3\xa4 X kohtaa viruksen saastuttaman mekaniloidin. Pian vastustajan tuhoamisen j\xc3\xa4lkeen Zeroa muistuttava hahmo ilmestyy paikalle ja tuhoaa loput mekaniloidista. Paikalle saapuu my\xc3\xb6s High-Max, joka on X:lle mahdoton vastus. X saa selville, ett\xc3\xa4 kyseinen Zero-hahmo oli nimelt\xc3\xa4\xc3\xa4n Nightmare Zero. High-Maxin esimiehen\xc3\xa4 toimiva reploidi Isock kuuluttaa maailman reploideille "Zeron haamun" olevan vastuussa "painajaisilmi\xc3\xb6st\xc3\xa4" joka toimii viruksen tavoin. H\xc3\xa4n kehottaa vapaaehtoisia toimimaan yhteisty\xc3\xb6ss\xc3\xa4 kahdeksan painajaistutkijan kanssa tuhotakseen sen. _NEWLINE_Ep\xc3\xa4ilyksen kalvamana X l\xc3\xa4htee tutkijoiden per\xc3\xa4\xc3\xa4n ja kohtaa heid\xc3\xa4t yksitellen, pelastaen my\xc3\xb6s alueille saapuneita vapaaehtoisia reploideja painajaisvirusten kynsist\xc3\xa4. Samalla h\xc3\xa4n tuhoaa Nightmare Zeron, mik\xc3\xa4 paljastaa oikean Zeron olevan elossa. Zero oli onnistunut piilottamaan itsens\xc3\xa4 korjauksia varten. (Huom. T\xc3\xa4m\xc3\xa4n j\xc3\xa4lkeen pelaajan on mahdollista valita Zero pelattvaksi hahmoksi, jolloin osia juonesta ja dialogista muuttuu. Kokonaisuudessaan juoni on t\xc3\xa4ysin samanlainen.) X:n kukistaessa painajaistutkijat, h\xc3\xa4n saa selville jokaisen olleen Alian vanhan tutkijakumppanin - Gaten - luomuksia. Gate oli katkeroitunut siit\xc3\xa4, ettei saanut tunnustusta tiedeyhteis\xc3\xb6lt\xc3\xa4 luomistaan reploideista, jotka olivat siit\xc3\xa4 erikoisia, ett\xc3\xa4 niiden DNA:n analysointi oli melkein mahdotonta. Saman tiedeyhteis\xc3\xb6n j\xc3\xa4senet salaa tuhosivat jokaisen reploidin - Alian avustamana. Gate paljastaa suunnitelmansa luoda t\xc3\xa4ysin reploidien oma yhteiskunta painajaisviruksen avulla ja haastaa X:n tulemaan luokseen. X suuntaa Gaten laboratorioon, jossa h\xc3\xa4n kohtaa Hig-Maxin ja voittaa t\xc3\xa4ll\xc3\xa4 kertaa h\xc3\xa4net. Syvemm\xc3\xa4ll\xc3\xa4 laboratoriossa X lopulta tuhoaa Zeron DNA:lla vahvistuneen Gaten. Henkihieveriss\xc3\xa4 oleva Gate paljastaa viimeisen valttinsa: henkiinher\xc3\xa4tetyn Sigman, joka tuhoaa t\xc3\xa4m\xc3\xa4n. Toisin kuin aikaisemmat versiot, t\xc3\xa4m\xc3\xa4 Sigma oli t\xc3\xa4ysin vioittunut, ja k\xc3\xa4ytti keskener\xc3\xa4isi\xc3\xa4 robottikehoja. X:n voitettua Sigman j\xc3\xa4lleen kerran t\xc3\xa4m\xc3\xa4 vannoo tulevansa takaisin. X pelastaa Gaten ruumiin tuhoutuvasta laboratoriosta ja lahjoittaa sen Alialle korjauksien toivossa. Maailman elvytys voi taas jatkua.'