1980 के दशक के आरंभ से मध्य तक, क्रूज़ के बड़ी उम्र की महिलाओं के साथ संबंध थे, जिनमें रेबेका डी मोर्ने भी शामिल थीं, जो उनसे तीन साल बड़ी थीं; पैटी स्कियाल्फा, उनसे नौ वर्ष वरिष्ठ; और चेर, उनसे 16 वर्ष वरिष्ठ। क्रूज़ ने 9 मई, 1987 को अभिनेत्री मिमी रोजर्स से शादी की। 4 फरवरी, 1990 को उनका तलाक हो गया। रोजर्स ने क्रूज़ को चर्च ऑफ साइंटोलॉजी से परिचित कराया। उनकी दूसरी पत्नी, अभिनेत्री निकोल किडमैन से उनकी फिल्म डेज़ ऑफ थंडर (1990) के सेट पर मुलाकात हुई। इस जोड़े ने 24 दिसंबर 1990 को शादी की। क्रूज़ और किडमैन ने दो बच्चों, इसाबेला जेन (जन्म 1992) और कॉनर एंटनी (जन्म 1995) को गोद लिया। फरवरी 2001 में, क्रूज़ ने किडमैन से तलाक के लिए अर्जी दायर की, जबकि वह अनजाने में गर्भवती थी। गर्भावस्था गर्भपात में समाप्त हो गई। 2007 में, किडमैन ने क्रूज़ के साथ अपनी शादी के आरंभ में गर्भपात की अफवाहों पर स्पष्टीकरण देते हुए एक साक्षात्कार में कहा, "यह गलत रिपोर्ट किया गया था," और बताया कि उन्हें वास्तव में एक्टोपिक गर्भावस्था हुई थी। किडमैन की कीथ अर्बन से अगली शादी से पहले, उन्होंने बताया कि वह अब भी क्रूज़ से कितना प्यार करती हैं, 2006 में उन्होंने कहा: "वह बहुत बड़ा था; अभी भी है। मेरे लिए, वह सिर्फ टॉम था, लेकिन बाकी सभी के लिए, वह बहुत बड़ा था। लेकिन वह था मेरे लिए प्यारा। और मैं उससे प्यार करता था। मैं अब भी उससे प्यार करता हूँ।"
फरवरी 2001
1980 के दशक के आरंभ से मध्य तक, क्रूज़ के बड़ी उम्र की महिलाओं के साथ संबंध थे, जिनमें रेबेका डी मोर्ने भी शामिल थीं, जो उनसे तीन साल बड़ी थीं; पैटी स्कियाल्फा, उनसे नौ वर्ष वरिष्ठ; और चेर, उनसे 16 वर्ष वरिष्ठ। क्रूज़ ने 9 मई, 1987 को अभिनेत्री मिमी रोजर्स से शादी की। 4 फरवरी, 1990 को उनका तलाक हो गया। रोजर्स ने क्रूज़ को चर्च ऑफ साइंटोलॉजी से परिचित कराया। उनकी दूसरी पत्नी, अभिनेत्री निकोल किडमैन से उनकी फिल्म डेज़ ऑफ थंडर (1990) के सेट पर मुलाकात हुई। इस जोड़े ने 24 दिसंबर 1990 को शादी की। क्रूज़ और किडमैन ने दो बच्चों, इसाबेला जेन (जन्म 1992) और कॉनर एंटनी (जन्म 1995) को गोद लिया। फरवरी 2001 में, क्रूज़ ने किडमैन से तलाक के लिए अर्जी दायर की, जबकि वह अनजाने में गर्भवती थी। गर्भावस्था गर्भपात में समाप्त हो गई। 2007 में, किडमैन ने क्रूज़ के साथ अपनी शादी के आरंभ में गर्भपात की अफवाहों पर स्पष्टीकरण देते हुए एक साक्षात्कार में कहा, "यह गलत रिपोर्ट किया गया था," और बताया कि उन्हें वास्तव में एक्टोपिक गर्भावस्था हुई थी। किडमैन की कीथ अर्बन से अगली शादी से पहले, उन्होंने बताया कि वह अब भी क्रूज़ से कितना प्यार करती हैं, 2006 में उन्होंने कहा: "वह बहुत बड़ा था; अभी भी है। मेरे लिए, वह सिर्फ टॉम था, लेकिन बाकी सभी के लिए, वह बहुत बड़ा था। लेकिन वह था मेरे लिए प्यारा। और मैं उससे प्यार करता था। मैं अब भी उससे प्यार करता हूँ।"