गधा काँग देश के कुछ समय बाद, गधा काँग समुद्र तट पर आराम कर रहा है, जब तक कि क्रेमलिंग्स उस पर घात लगाकर हमला नहीं कर देता। उसका अपहरण कर लिया जाता है और उसे कैप्टन के. रूल के पास लाया जाता है, जो इस गेम में किंग के. रूल का उपनाम है, जो फिर कोंग्स से फिरौती के लिए उस केले के ढेर की मांग करता है जिसे उसने पिछले गेम में चुराने की असफल कोशिश की थी। अनुपालन करने के बजाय, डिडी कोंग और उसके दोस्त डिक्सी ने डोंकी कोंग को बचाने के लिए क्रेमलिंग के गृह द्वीप, क्रोकोडाइल आइल पर जाने का संकल्प लिया। साथ में, वे मगरमच्छ द्वीप के माध्यम से यात्रा करते हैं और कैप्टन के. रूल को हराने के रास्ते में विभिन्न प्रकार के जानवर उनकी मदद करते हैं। डिडी और डिक्सी अंततः लड़ते हैं और के. रूल को हरा देते हैं, इस प्रक्रिया में गधा काँग को रिहा कर देते हैं। हालांकि के. रूल भागने में सफल हो जाता है, और कुछ ही समय बाद, डिडी और डिक्सी उसका सामना लॉस्ट वर्ल्ड में करते हैं, जो क्रोकोडाइल आइल के केंद्र में गीजर द्वारा संचालित एक गुप्त क्षेत्र है। वे एक बार फिर के. रूल को हरा देते हैं, जिसे गीजर में फेंक दिया जाता है, जिससे वह बंद हो जाता है और फट जाता है। विस्फोट के कारण पूरा मगरमच्छ द्वीप डूब जाता है, क्योंकि कोंग लोग के. रूल को एक छोटी नाव पर भागते हुए देखते हैं।
कैप्टन के. रूल खलनायक है और गधा काँग का अपहरण कर लेता है। कहानी क्रेमलिंग के गृह द्वीप, क्रोकोडाइल आइल पर घटित होती है।
गधा काँग देश के कुछ समय बाद, गधा काँग समुद्र तट पर आराम कर रहा है, जब तक कि क्रेमलिंग्स उस पर घात लगाकर हमला नहीं कर देता। उसका अपहरण कर लिया जाता है और उसे कैप्टन के. रूल के पास लाया जाता है, जो इस गेम में किंग के. रूल का उपनाम है, जो फिर कोंग्स से फिरौती के लिए उस केले के ढेर की मांग करता है जिसे उसने पिछले गेम में चुराने की असफल कोशिश की थी। अनुपालन करने के बजाय, डिडी कोंग और उसके दोस्त डिक्सी ने डोंकी कोंग को बचाने के लिए क्रेमलिंग के गृह द्वीप, क्रोकोडाइल आइल पर जाने का संकल्प लिया। साथ में, वे मगरमच्छ द्वीप के माध्यम से यात्रा करते हैं और कैप्टन के. रूल को हराने के रास्ते में विभिन्न प्रकार के जानवर उनकी मदद करते हैं। डिडी और डिक्सी अंततः लड़ते हैं और के. रूल को हरा देते हैं, इस प्रक्रिया में गधा काँग को रिहा कर देते हैं। हालांकि के. रूल भागने में सफल हो जाता है, और कुछ ही समय बाद, डिडी और डिक्सी उसका सामना लॉस्ट वर्ल्ड में करते हैं, जो क्रोकोडाइल आइल के केंद्र में गीजर द्वारा संचालित एक गुप्त क्षेत्र है। वे एक बार फिर के. रूल को हरा देते हैं, जिसे गीजर में फेंक दिया जाता है, जिससे वह बंद हो जाता है और फट जाता है। विस्फोट के कारण पूरा मगरमच्छ द्वीप डूब जाता है, क्योंकि कोंग लोग के. रूल को एक छोटी नाव पर भागते हुए देखते हैं।