सन 637 ईस्वी में, मुस्लिम सेनाओं, उमर इब्न अल-खताब ('Umar ibn al-Khattāb) द्वारा येरुशलम पर कब्ज़ा कर लिये जाने के कुछ ही समय बाद, दूसरे खलीफा बेथलहम आए और यह वचन दिया कि ईसा के जन्मस्थान पर बने चर्च को ईसाइयों के प्रयोग के लिये सुरक्षित रखा जाएगा. उमर ने शहर में चर्च के पास जिस स्थान पर प्रार्थना की थी, वहां उन्हें समर्पित एक मस्जिद का निर्माण किया गया। इसके बाद बेथलहम आठवीं सदी में उम्मायदों (Ummayads) की इस्लामिक खलीफाई व नवीं सदी में अब्बासिदों (Abbasids) के नियंत्रण से गुज़रा. फारसी भूगोलवेत्ता ने नवीं सदी के मध्य में यह दर्ज किया है कि शहर में एक सुसंरक्षित तथा अत्यधिक सम्मानित चर्च मौजूद था। सन 985 में, अरब के भूगोलवेत्ता अल-मकदेसी (al-Muqaddasi) ने बेथलहम की यात्रा की और इसके चर्चा का उल्लेख “कॉन्स्टन्टाइन का बैसिलिका (Basilica of Constantine), जिसके समान कुछ भी पूरे देश में कहीं नहीं है” कहकर किया। सन 1009 में, छठे फातिमिद खलीफा अल-हकीम बि-अम्र अल्लाह के शासनकाल के दौरान ईसा के जन्मस्थान पर बने इस चर्च (Church of the Nativity) को गिराने का आदेश दिया गया, लेकिन स्थानीय मुस्लिमों ने इसे छोड़ दिया क्योंकि उन्हें इस ढांचे के दक्षिणी अनुप्रस्थ भाग में प्रार्थना करने की अनुमति दे दी गई थी।सन 1099 में, धर्मयोद्धाओं ने बेथलहम पर कब्जा कर लिया, इसकी सुरक्षा को मज़बूत बनाया और ईसा के जन्मस्थान पर बने चर्च (Church of the Nativity) के उत्तरी भाग में एक नए मठ तथा विहार का निर्माण किया। ग्रीक ऑर्थोडॉक्स पादरियों को उनके स्थान से हटा दिया गया और लैटिन पादरियों की नियुक्ति की गई। इस समय तक, इस क्षेत्र में ग्रीक ऑर्थोडॉक्स लोगों की आधिकारिक ईसाई उपस्थिति थी। सन 1100 में क्रिसमस के दिन, बाल्डविन प्रथम (Baldwin I), येरुशलम के फ्रैंकिश शासन के राजा, का राज्याभिषेक बेथलहम में हुआ था और उसी वर्ष इस नगर में एक लैटिन धर्माध्यक्ष-वर्ग (episcopate) की स्थापना भी की गई।
लैटिन पादरियों
सन 637 ईस्वी में, मुस्लिम सेनाओं, उमर इब्न अल-खताब ('Umar ibn al-Khattāb) द्वारा येरुशलम पर कब्ज़ा कर लिये जाने के कुछ ही समय बाद, दूसरे खलीफा बेथलहम आए और यह वचन दिया कि ईसा के जन्मस्थान पर बने चर्च को ईसाइयों के प्रयोग के लिये सुरक्षित रखा जाएगा. उमर ने शहर में चर्च के पास जिस स्थान पर प्रार्थना की थी, वहां उन्हें समर्पित एक मस्जिद का निर्माण किया गया। इसके बाद बेथलहम आठवीं सदी में उम्मायदों (Ummayads) की इस्लामिक खलीफाई व नवीं सदी में अब्बासिदों (Abbasids) के नियंत्रण से गुज़रा. फारसी भूगोलवेत्ता ने नवीं सदी के मध्य में यह दर्ज किया है कि शहर में एक सुसंरक्षित तथा अत्यधिक सम्मानित चर्च मौजूद था। सन 985 में, अरब के भूगोलवेत्ता अल-मकदेसी (al-Muqaddasi) ने बेथलहम की यात्रा की और इसके चर्चा का उल्लेख “कॉन्स्टन्टाइन का बैसिलिका (Basilica of Constantine), जिसके समान कुछ भी पूरे देश में कहीं नहीं है” कहकर किया। सन 1009 में, छठे फातिमिद खलीफा अल-हकीम बि-अम्र अल्लाह के शासनकाल के दौरान ईसा के जन्मस्थान पर बने इस चर्च (Church of the Nativity) को गिराने का आदेश दिया गया, लेकिन स्थानीय मुस्लिमों ने इसे छोड़ दिया क्योंकि उन्हें इस ढांचे के दक्षिणी अनुप्रस्थ भाग में प्रार्थना करने की अनुमति दे दी गई थी।सन 1099 में, धर्मयोद्धाओं ने बेथलहम पर कब्जा कर लिया, इसकी सुरक्षा को मज़बूत बनाया और ईसा के जन्मस्थान पर बने चर्च (Church of the Nativity) के उत्तरी भाग में एक नए मठ तथा विहार का निर्माण किया। ग्रीक ऑर्थोडॉक्स पादरियों को उनके स्थान से हटा दिया गया और लैटिन पादरियों की नियुक्ति की गई। इस समय तक, इस क्षेत्र में ग्रीक ऑर्थोडॉक्स लोगों की आधिकारिक ईसाई उपस्थिति थी। सन 1100 में क्रिसमस के दिन, बाल्डविन प्रथम (Baldwin I), येरुशलम के फ्रैंकिश शासन के राजा, का राज्याभिषेक बेथलहम में हुआ था और उसी वर्ष इस नगर में एक लैटिन धर्माध्यक्ष-वर्ग (episcopate) की स्थापना भी की गई।