2 अप्रैल 2003 को मैक्एफ़ी ने इन्ट्रुवर्ट नेटवर्क्स को 100 मिलियन डॉलर में अधिग्रहीत किया। नेटवर्क वर्ल्ड के अनुसार इन्ट्रुवर्ट की प्रद्योगिकी के केंद्र में घुसपैठ की रोकथाम है, जो न सिर्फ ऐसे हमलों की पहचान करती है, बल्कि उन्हें रोकती भी है। इन्ट्रुवर्ट उत्पाद श्रृंखला का प्रयोग पैसिव रूप से इन्ट्रुज़न की पहचान करने वाली प्रणाली के रूप में की जा सकती है, जो सिर्फ इसकी निगरानी करे तथा सूचना दे, अथवा इसका प्रयोग घुसपैठ को रोकने में भी किया जा सकता है जिसमें यह संभावित हमले को रोक सकता है।"4 जनवरी 2006 को प्रतिभूति और विनिमय आयोग ने मैक्एफ़ी पर 1998-2000 की सकल बिक्री को 622 मिलियन डॉलर बढ़ा कर दिखाने का मुक़द्दमा दायर किया। अपने किसी गलत कार्य को स्वीकारे बिना अथवा कुछ और गलत किये मैक्एफ़ी ने इस शिकायत का निपटारा किया और 50 मिलियन डॉलर का जुरमाना अदा करना स्वीकार किया तथा साथ ही अपनी लेखा पद्धति का भी पुनर्मूल्यांकन किया।5 अप्रैल 2006 को मैक्एफ़ी ने साईटएडवाइज़र का अधिग्रहण प्रतिष्ठित 70 मिलियन डॉलर देकर किया, यहां इसकी प्रतिस्पर्धा सिमैन्टेक से थी, यह ऐसी सेवा देता था कि किसी प्रयोगकर्ता द्वारा किसी वेबसाईट से डाउनलोड लिए जाने अथवा फॉर्म भरे जाने पर उसे मॉलवेयर अथवा स्पैम की सूचना प्राप्त होती थी। जनवरी 2006 में मैक्एफ़ी ने प्रतिभूति और विनिमय आयोग को लेखा धोखाधड़ी के कारण 50 मिलियन डॉलर का जुरमाना देना स्वीकार किया, इस धोखे के कारण, जिसे चैनल स्टफिंग के नाम से जाना गया, उन्होंने अपने निवेशकों को कम्पनी कि स्थिति बढ़ा-चढ़ा कर दिखाई.अक्टूबर 2006 में मैक्एफ़ी के अध्यक्ष केविन वीस को हटा दिया गया, और सीईओ जॉर्ज सेमैन्यूक ने भी प्रतिभूति और विनिमय आयोग की जांच के माहौल में इस्तीफ़ा दे दिया, इसी जांच की वजह से ही इसी वर्ष की शुरुआत में जनरल काउंसेल केंट रॉबर्ट्स की भी विदाई हो गयी। दिसम्बर 2006 के अंत में वीस और सेमैन्यूक दोनों को मैक्एफ़ी के बोर्ड द्वारा दिए गए शेयर ऑप्शन के मूल्यों को बदल कर बढ़ा दिया गया। 2009 में वीस और रॉबर्ट्स दोनों को मैक्एफ़ी के दावों की गलतियों से दोषमुक्त कर दिया गया।
622 मिलियन डॉलर
2 अप्रैल 2003 को मैक्एफ़ी ने इन्ट्रुवर्ट नेटवर्क्स को 100 मिलियन डॉलर में अधिग्रहीत किया। नेटवर्क वर्ल्ड के अनुसार इन्ट्रुवर्ट की प्रद्योगिकी के केंद्र में घुसपैठ की रोकथाम है, जो न सिर्फ ऐसे हमलों की पहचान करती है, बल्कि उन्हें रोकती भी है। इन्ट्रुवर्ट उत्पाद श्रृंखला का प्रयोग पैसिव रूप से इन्ट्रुज़न की पहचान करने वाली प्रणाली के रूप में की जा सकती है, जो सिर्फ इसकी निगरानी करे तथा सूचना दे, अथवा इसका प्रयोग घुसपैठ को रोकने में भी किया जा सकता है जिसमें यह संभावित हमले को रोक सकता है।"4 जनवरी 2006 को प्रतिभूति और विनिमय आयोग ने मैक्एफ़ी पर 1998-2000 की सकल बिक्री को 622 मिलियन डॉलर बढ़ा कर दिखाने का मुक़द्दमा दायर किया। अपने किसी गलत कार्य को स्वीकारे बिना अथवा कुछ और गलत किये मैक्एफ़ी ने इस शिकायत का निपटारा किया और 50 मिलियन डॉलर का जुरमाना अदा करना स्वीकार किया तथा साथ ही अपनी लेखा पद्धति का भी पुनर्मूल्यांकन किया।5 अप्रैल 2006 को मैक्एफ़ी ने साईटएडवाइज़र का अधिग्रहण प्रतिष्ठित 70 मिलियन डॉलर देकर किया, यहां इसकी प्रतिस्पर्धा सिमैन्टेक से थी, यह ऐसी सेवा देता था कि किसी प्रयोगकर्ता द्वारा किसी वेबसाईट से डाउनलोड लिए जाने अथवा फॉर्म भरे जाने पर उसे मॉलवेयर अथवा स्पैम की सूचना प्राप्त होती थी। जनवरी 2006 में मैक्एफ़ी ने प्रतिभूति और विनिमय आयोग को लेखा धोखाधड़ी के कारण 50 मिलियन डॉलर का जुरमाना देना स्वीकार किया, इस धोखे के कारण, जिसे चैनल स्टफिंग के नाम से जाना गया, उन्होंने अपने निवेशकों को कम्पनी कि स्थिति बढ़ा-चढ़ा कर दिखाई.अक्टूबर 2006 में मैक्एफ़ी के अध्यक्ष केविन वीस को हटा दिया गया, और सीईओ जॉर्ज सेमैन्यूक ने भी प्रतिभूति और विनिमय आयोग की जांच के माहौल में इस्तीफ़ा दे दिया, इसी जांच की वजह से ही इसी वर्ष की शुरुआत में जनरल काउंसेल केंट रॉबर्ट्स की भी विदाई हो गयी। दिसम्बर 2006 के अंत में वीस और सेमैन्यूक दोनों को मैक्एफ़ी के बोर्ड द्वारा दिए गए शेयर ऑप्शन के मूल्यों को बदल कर बढ़ा दिया गया। 2009 में वीस और रॉबर्ट्स दोनों को मैक्एफ़ी के दावों की गलतियों से दोषमुक्त कर दिया गया।