21 और 23 अप्रैल 1567 के बीच, मैरी आखिरी बार स्टर्लिंग में अपने बेटे से मिलने गईं। 24 अप्रैल को एडिनबर्ग वापस जाते समय, मैरी का चाहे-अनचाहे, लॉर्ड बोथवेल और उसके लोगों द्वारा अपहरण कर लिया गया और उसे डनबर कैसल ले जाया गया, जहाँ उसने उसके साथ बलात्कार किया होगा। 6 मई को, मैरी और बोथवेल एडिनबर्ग लौट आए और 15 मई को, होलीरूड पैलेस या होलीरूड एबे में, प्रोटेस्टेंट रीति-रिवाजों के अनुसार उनकी शादी हुई। बोथवेल और उनकी पहली पत्नी, जीन गॉर्डन, जो लॉर्ड हंटली की बहन थीं, ने बारह दिन पहले तलाक ले लिया था। मूल रूप से मैरी का मानना ​​​​था कि कई रईसों ने उनकी शादी का समर्थन किया था, लेकिन नव उन्नत बोथवेल (ऑर्कनी के ड्यूक द्वारा निर्मित) और उनके बीच संबंधों में तेजी से खटास आ गई। पूर्व साथी, और विवाह अत्यधिक अलोकप्रिय साबित हुआ। कैथोलिकों ने विवाह को गैरकानूनी माना, क्योंकि उन्होंने बोथवेल के तलाक या प्रोटेस्टेंट सेवा की वैधता को मान्यता नहीं दी थी। प्रोटेस्टेंट और कैथोलिक दोनों इस बात से हैरान थे कि मैरी को अपने पति की हत्या के आरोपी व्यक्ति से शादी करनी चाहिए। विवाह उथल-पुथल भरा रहा और मैरी निराश हो गई। छब्बीस स्कॉटिश साथी, जिन्हें कॉन्फेडरेट लॉर्ड्स के नाम से जाना जाता है, मैरी और बोथवेल के खिलाफ हो गए, और उनके खिलाफ एक सेना खड़ी कर दी। मैरी और बोथवेल ने 15 जून को कारबेरी हिल में लॉर्ड्स का सामना किया, लेकिन कोई लड़ाई नहीं हुई क्योंकि बातचीत के दौरान मैरी की सेनाएं वीरान हो गईं। बोथवेल को मैदान से सुरक्षित रास्ता दे दिया गया और लॉर्ड्स मैरी को एडिनबर्ग ले गए, जहां दर्शकों की भीड़ ने उसे व्यभिचारिणी और हत्यारा कहकर उसकी निंदा की। अगली रात, उसे लोच लेवेन के मध्य में एक द्वीप पर, लोच लेवेन कैसल में कैद कर दिया गया। 20 से 23 जुलाई के बीच मैरी ने जुड़वा बच्चों का गर्भपात करा दिया। 24 जुलाई को, उन्हें अपने एक वर्षीय बेटे जेम्स के पक्ष में गद्दी छोड़ने के लिए मजबूर होना पड़ा। मोरे को रीजेंट बनाया गया, जबकि बोथवेल को निर्वासन में भेज दिया गया। उन्हें डेनमार्क में कैद कर लिया गया, वे पागल हो गए और 1578 में उनकी मृत्यु हो गई।
बेटा
21 और 23 अप्रैल 1567 के बीच, मैरी आखिरी बार स्टर्लिंग में अपने बेटे से मिलने गईं। 24 अप्रैल को एडिनबर्ग वापस जाते समय, मैरी का चाहे-अनचाहे, लॉर्ड बोथवेल और उसके लोगों द्वारा अपहरण कर लिया गया और उसे डनबर कैसल ले जाया गया, जहाँ उसने उसके साथ बलात्कार किया होगा। 6 मई को, मैरी और बोथवेल एडिनबर्ग लौट आए और 15 मई को, होलीरूड पैलेस या होलीरूड एबे में, प्रोटेस्टेंट रीति-रिवाजों के अनुसार उनकी शादी हुई। बोथवेल और उनकी पहली पत्नी, जीन गॉर्डन, जो लॉर्ड हंटली की बहन थीं, ने बारह दिन पहले तलाक ले लिया था। मूल रूप से मैरी का मानना ​​​​था कि कई रईसों ने उनकी शादी का समर्थन किया था, लेकिन नव उन्नत बोथवेल (ऑर्कनी के ड्यूक द्वारा निर्मित) और उनके बीच संबंधों में तेजी से खटास आ गई। पूर्व साथी, और विवाह अत्यधिक अलोकप्रिय साबित हुआ। कैथोलिकों ने विवाह को गैरकानूनी माना, क्योंकि उन्होंने बोथवेल के तलाक या प्रोटेस्टेंट सेवा की वैधता को मान्यता नहीं दी थी। प्रोटेस्टेंट और कैथोलिक दोनों इस बात से हैरान थे कि मैरी को अपने पति की हत्या के आरोपी व्यक्ति से शादी करनी चाहिए। विवाह उथल-पुथल भरा रहा और मैरी निराश हो गई। छब्बीस स्कॉटिश साथी, जिन्हें कॉन्फेडरेट लॉर्ड्स के नाम से जाना जाता है, मैरी और बोथवेल के खिलाफ हो गए, और उनके खिलाफ एक सेना खड़ी कर दी। मैरी और बोथवेल ने 15 जून को कारबेरी हिल में लॉर्ड्स का सामना किया, लेकिन कोई लड़ाई नहीं हुई क्योंकि बातचीत के दौरान मैरी की सेनाएं वीरान हो गईं। बोथवेल को मैदान से सुरक्षित रास्ता दे दिया गया और लॉर्ड्स मैरी को एडिनबर्ग ले गए, जहां दर्शकों की भीड़ ने उसे व्यभिचारिणी और हत्यारा कहकर उसकी निंदा की। अगली रात, उसे लोच लेवेन के मध्य में एक द्वीप पर, लोच लेवेन कैसल में कैद कर दिया गया। 20 से 23 जुलाई के बीच मैरी ने जुड़वा बच्चों का गर्भपात करा दिया। 24 जुलाई को, उन्हें अपने एक वर्षीय बेटे जेम्स के पक्ष में गद्दी छोड़ने के लिए मजबूर होना पड़ा। मोरे को रीजेंट बनाया गया, जबकि बोथवेल को निर्वासन में भेज दिया गया। उन्हें डेनमार्क में कैद कर लिया गया, वे पागल हो गए और 1578 में उनकी मृत्यु हो गई।