15वीं शताब्दी तक, साम्राज्य एक मुस्लिम राज्य बन गया, जब ब्रुनेई के राजा ने मुस्लिम भारतीयों और समुद्री दक्षिण पूर्व एशिया के अन्य हिस्सों से अरब व्यापारियों द्वारा इस्लाम धर्म अपना लिया, जो व्यापार करने और इस्लाम का प्रसार करने के लिए आए थे। इसने अधिकांश उत्तरी बोर्नियो को नियंत्रित किया, और यह पूर्वी और पश्चिमी विश्व व्यापार प्रणाली के लिए एक महत्वपूर्ण केंद्र बन गया। स्थानीय इतिहासकार मानते हैं कि ब्रुनेई साम्राज्य एक थैलासोक्रेटिक साम्राज्य था जो समुद्री शक्ति पर आधारित था, जिसका अर्थ है कि इसका प्रभाव तटीय शहरों, बंदरगाहों और नदी के मुहाने तक ही सीमित था, और शायद ही कभी द्वीप के अंदरूनी हिस्सों में गहराई तक प्रवेश करता था। ऐसा प्रतीत होता है कि ब्रुनेई राजाओं ने ओरंग लौट और बाजाऊ के क्षेत्रीय समुद्री लोगों के साथ गठबंधन किया था, जिसने उनके नौसैनिक शस्त्रागार का गठन किया था। हालाँकि, दयाक, आंतरिक बोर्नियो की मूल जनजातियाँ, उनके नियंत्रण में नहीं थीं, क्योंकि साम्राज्यवादी प्रभाव शायद ही कभी जंगलों में गहराई तक प्रवेश करता था। मलक्का के पतन के बाद पुर्तगालियों की उपस्थिति के बाद, पुर्तगाली व्यापारियों ने 1530 से ब्रुनेई के साथ नियमित रूप से व्यापार किया और इसकी राजधानी का वर्णन किया। ब्रुनेई एक पत्थर की दीवार से घिरा हुआ है। पांचवें सुल्तान, बोल्किया के शासन के दौरान, साम्राज्य ने उत्तर-पश्चिम बोर्नियो (वर्तमान ब्रुनेई, सारावाक और सबा) के तटीय क्षेत्रों पर नियंत्रण रखा और सेलुडोंग (वर्तमान मनीला), सुलु द्वीपसमूह तक पहुंच गया। इसमें मिंडानाओ द्वीप के कुछ हिस्से भी शामिल हैं। 16वीं शताब्दी में, ब्रुनेई साम्राज्य का प्रभाव पश्चिम कालीमंतन में कपुआस नदी डेल्टा तक फैल गया। पश्चिम कालीमंतन में सांबा की मलय सल्तनत और दक्षिणी फिलीपींस में सुलु की सल्तनत ने विशेष रूप से ब्रुनेई के शाही घराने के साथ वंशवादी संबंध विकसित किए। पोंटियानक के अन्य मलय सुल्तान, समरिंदा, जहाँ तक बंजरमासिन, ब्रुनेई के सुल्तान को अपना नेता मानते थे। तटीय बोर्नियो और सुलु द्वीपसमूह के अन्य मलय सल्तनतों के साथ ब्रुनेई के संबंधों की वास्तविक प्रकृति अभी भी अध्ययन का विषय है, कि क्या यह एक जागीरदार राज्य था, एक गठबंधन था, या सिर्फ एक औपचारिक संबंध था। अन्य क्षेत्रीय राजव्यवस्थाओं ने भी इन सल्तनतों पर अपना प्रभाव डाला। उदाहरण के लिए बंजार की सल्तनत (वर्तमान बंजारमासीन) भी जावा में डेमक के प्रभाव में थी।
कपुआस नदी डेल्टा
15वीं शताब्दी तक, साम्राज्य एक मुस्लिम राज्य बन गया, जब ब्रुनेई के राजा ने मुस्लिम भारतीयों और समुद्री दक्षिण पूर्व एशिया के अन्य हिस्सों से अरब व्यापारियों द्वारा इस्लाम धर्म अपना लिया, जो व्यापार करने और इस्लाम का प्रसार करने के लिए आए थे। इसने अधिकांश उत्तरी बोर्नियो को नियंत्रित किया, और यह पूर्वी और पश्चिमी विश्व व्यापार प्रणाली के लिए एक महत्वपूर्ण केंद्र बन गया। स्थानीय इतिहासकार मानते हैं कि ब्रुनेई साम्राज्य एक थैलासोक्रेटिक साम्राज्य था जो समुद्री शक्ति पर आधारित था, जिसका अर्थ है कि इसका प्रभाव तटीय शहरों, बंदरगाहों और नदी के मुहाने तक ही सीमित था, और शायद ही कभी द्वीप के अंदरूनी हिस्सों में गहराई तक प्रवेश करता था। ऐसा प्रतीत होता है कि ब्रुनेई राजाओं ने ओरंग लौट और बाजाऊ के क्षेत्रीय समुद्री लोगों के साथ गठबंधन किया था, जिसने उनके नौसैनिक शस्त्रागार का गठन किया था। हालाँकि, दयाक, आंतरिक बोर्नियो की मूल जनजातियाँ, उनके नियंत्रण में नहीं थीं, क्योंकि साम्राज्यवादी प्रभाव शायद ही कभी जंगलों में गहराई तक प्रवेश करता था। मलक्का के पतन के बाद पुर्तगालियों की उपस्थिति के बाद, पुर्तगाली व्यापारियों ने 1530 से ब्रुनेई के साथ नियमित रूप से व्यापार किया और इसकी राजधानी का वर्णन किया। ब्रुनेई एक पत्थर की दीवार से घिरा हुआ है। पांचवें सुल्तान, बोल्किया के शासन के दौरान, साम्राज्य ने उत्तर-पश्चिम बोर्नियो (वर्तमान ब्रुनेई, सारावाक और सबा) के तटीय क्षेत्रों पर नियंत्रण रखा और सेलुडोंग (वर्तमान मनीला), सुलु द्वीपसमूह तक पहुंच गया। इसमें मिंडानाओ द्वीप के कुछ हिस्से भी शामिल हैं। 16वीं शताब्दी में, ब्रुनेई साम्राज्य का प्रभाव पश्चिम कालीमंतन में कपुआस नदी डेल्टा तक फैल गया। पश्चिम कालीमंतन में सांबा की मलय सल्तनत और दक्षिणी फिलीपींस में सुलु की सल्तनत ने विशेष रूप से ब्रुनेई के शाही घराने के साथ वंशवादी संबंध विकसित किए। पोंटियानक के अन्य मलय सुल्तान, समरिंदा, जहाँ तक बंजरमासिन, ब्रुनेई के सुल्तान को अपना नेता मानते थे। तटीय बोर्नियो और सुलु द्वीपसमूह के अन्य मलय सल्तनतों के साथ ब्रुनेई के संबंधों की वास्तविक प्रकृति अभी भी अध्ययन का विषय है, कि क्या यह एक जागीरदार राज्य था, एक गठबंधन था, या सिर्फ एक औपचारिक संबंध था। अन्य क्षेत्रीय राजव्यवस्थाओं ने भी इन सल्तनतों पर अपना प्रभाव डाला। उदाहरण के लिए बंजार की सल्तनत (वर्तमान बंजारमासीन) भी जावा में डेमक के प्रभाव में थी।