Y. pestis से भिन्न अन्य कई अल्टरनेटिव का भी सुझाव रखा गया है। ट्विग ने सुझाव दिया कि इसका कारण एंथ्रेक्स का एक रूप था, और नॉर्मन कैंटर (2001) ने सोचा कि यह एंथ्रेक्स और अन्य पांडेमिक का संयोजन हो सकता है। स्कॉट और डंकन ने तर्क दिया है कि पांडेमिक संक्रामक रोग का वह रूप था जो इबोला और रक्तस्रावी प्लेग के समान है। पुरातत्वविद् बार्नी स्लोन ने तर्क दिया है कि लंदन में मध्ययुगीन वाटरफ्रंट के पुरातात्विक रिकॉर्ड में चूहों की बड़ी संख्या के विलुप्त होने के अपर्याप्त सबूत हैं। प्लेग का बहुत जल्दी फैलना इस थीसिस को नकारता है कि Y.pestis मक्खियों से चूहों में फैला; उनका तर्क है कि ट्रांसमिशन व्यक्ति से व्यक्ति हुआ होगा। हालांकि, किसी भी एक वैकल्पिक समाधान ने व्यापक स्वीकृति नहीं पाई है। महामारी के प्रमुख एजेंट के रूप में Y. pestis के लिए बहस करने वाले कई विद्वानों का सुझाव है कि बुबोनिक प्लेग और अन्य बीमारियों के संयोजन से इसकी सीमा और लक्षणों को समझा जा सकता है, जिसमें टाइफस, चेचक और श्वसन संक्रमण शामिल हैं। बुबोनिक संक्रमण के अलावा, अन्य विद्वान सेप्टिकैमिक (एक प्रकार की "रक्त विषाक्तता") और न्यूमोनिक (एक हवाई प्लेग जो शरीर के बाकी हिस्सों से पहले फेफड़ों पर हमला करता है) प्लेग के रूपों की ओर इशारा करते हैं। ये महामारी के प्रकोप की अवधि बढ़ाने और इसकी उच्च मृत्यु दर और अतिरिक्त लक्षणों को समझने में मदद करते हैं। 2014 में, पब्लिक हेल्थ इंग्लैंड के वैज्ञानिकों ने लंदन के क्लेरकेनवेल क्षेत्र से खोदकर निकाले गये 25 शवों और इस अवधि के दौरान लंदन में पंजीकृत वसीयतें की एक परीक्षा के परिणामों की घोषणा की, जो न्यूमोनिक परिकल्पना का समर्थन करती थी।
एंथ्रेक्स
Y. pestis से भिन्न अन्य कई अल्टरनेटिव का भी सुझाव रखा गया है। ट्विग ने सुझाव दिया कि इसका कारण एंथ्रेक्स का एक रूप था, और नॉर्मन कैंटर (2001) ने सोचा कि यह एंथ्रेक्स और अन्य पांडेमिक का संयोजन हो सकता है। स्कॉट और डंकन ने तर्क दिया है कि पांडेमिक संक्रामक रोग का वह रूप था जो इबोला और रक्तस्रावी प्लेग के समान है। पुरातत्वविद् बार्नी स्लोन ने तर्क दिया है कि लंदन में मध्ययुगीन वाटरफ्रंट के पुरातात्विक रिकॉर्ड में चूहों की बड़ी संख्या के विलुप्त होने के अपर्याप्त सबूत हैं। प्लेग का बहुत जल्दी फैलना इस थीसिस को नकारता है कि Y.pestis मक्खियों से चूहों में फैला; उनका तर्क है कि ट्रांसमिशन व्यक्ति से व्यक्ति हुआ होगा। हालांकि, किसी भी एक वैकल्पिक समाधान ने व्यापक स्वीकृति नहीं पाई है। महामारी के प्रमुख एजेंट के रूप में Y. pestis के लिए बहस करने वाले कई विद्वानों का सुझाव है कि बुबोनिक प्लेग और अन्य बीमारियों के संयोजन से इसकी सीमा और लक्षणों को समझा जा सकता है, जिसमें टाइफस, चेचक और श्वसन संक्रमण शामिल हैं। बुबोनिक संक्रमण के अलावा, अन्य विद्वान सेप्टिकैमिक (एक प्रकार की "रक्त विषाक्तता") और न्यूमोनिक (एक हवाई प्लेग जो शरीर के बाकी हिस्सों से पहले फेफड़ों पर हमला करता है) प्लेग के रूपों की ओर इशारा करते हैं। ये महामारी के प्रकोप की अवधि बढ़ाने और इसकी उच्च मृत्यु दर और अतिरिक्त लक्षणों को समझने में मदद करते हैं। 2014 में, पब्लिक हेल्थ इंग्लैंड के वैज्ञानिकों ने लंदन के क्लेरकेनवेल क्षेत्र से खोदकर निकाले गये 25 शवों और इस अवधि के दौरान लंदन में पंजीकृत वसीयतें की एक परीक्षा के परिणामों की घोषणा की, जो न्यूमोनिक परिकल्पना का समर्थन करती थी।