16 वीं शताब्दी के रूप में पारित होने के कारण, देर से मानवतावाद कैल्विनवाद के पास एक प्रमुख विद्यालय के रूप में कदम रखा; और पौलुस शेटे, जेन ग्रुटर, मार्टिन ओपित्ज़, और मैथ्यूस मेरियन जैसे आंकड़े विश्वविद्यालय में पढ़ाते हैं। यह पूरे महाद्वीप से विद्वानों को आकर्षित करता था और एक सांस्कृतिक और अकादमिक केंद्र में विकसित हुआ था।  हालांकि, 1618 में तीस वर्ष की युद्ध की शुरुआत के साथ, विश्वविद्यालय के बौद्धिक और राजकोषीय धन में कमी आई है। 1622 में, तब विश्व-प्रसिद्ध बिब्लियोथेका प्लाटिना (विश्वविद्यालय की लाइब्रेरी) यूनिवर्सिटी कैथेड्रल से चोरी हो गई और रोम ले गई उसके बाद पुनर्निर्माण के प्रयास राजा लुई XIV के सैनिकों द्वारा पराजित हुए, जिन्होंने 16 9 0 में हीडलबर्ग को लगभग पूरी तरह से नष्ट कर दिया था। काउंटर-रिफॉर्मेशन के परिणामस्वरूप, विश्वविद्यालय ने अपने प्रोटेस्टेंट चरित्र को खो दिया, और जीसेट्स ने इसे संचालित किया। 1735 में, यूनिवर्सिटी स्क्वायर में ओल्ड विश्वविद्यालय का निर्माण किया गया था, जिसे डॉस विल्हेल्मिना के नाम से जाना जाता था। जेसुइट के प्रयासों के माध्यम से एक प्रारंभिक विद्यालय स्थापित किया गया था, सेमिनारियम विज्ञापन कैरोलम बोरोमेयुम, जिनके विद्यार्थियों को विश्वविद्यालय में पंजीकृत किया गया था। जेसुइट ऑर्डर के दमन के बाद, 1773 में उन्होंने उन अधिकांश स्कूलों का आयोजन किया था जो 1773 में लाज़रविचों की फ्रांसीसी मण्डली के हाथों में पारित हो गए थे। वे उस समय से बिगड़ गए, और यूनिवर्सिटी ही अपनी प्रतिष्ठा में आखिरी निर्वाचक चार्ल्स थिओडोर, इलेक्टोर पेलेटाइन, जिन्होंने सभी संकायों के लिए नई कुर्सियां ​​स्थापित की, ने चुनावी अकादमी विज्ञान जैसे वैज्ञानिक संस्थानों की स्थापना की, और कैसरस्लॉटर्न से हीडलबर्ग तक राजनीतिक अर्थव्यवस्था के स्कूल को स्थानांतरित किया, जहां इसे विश्वविद्यालय के साथ मिलकर संकाय राजनीतिक अर्थव्यवस्था। उन्होंने पड़ोसी शहर मैनहेम में एक वेधशाला की स्थापना भी की, जहां जेसुइट क्रिश्चियन मेयर ने निर्देशक के रूप में काम किया विश्वविद्यालय की चार सौ वर्षगांठ के संबंध में, निर्वाचक ने एक संशोधित क़ानून पुस्तक को मंजूरी दी जिसमें कई प्रोफेसरों को तैयार करने के लिए कमीशन किया गया था। विश्वविद्यालय के वित्तीय मामलों, इसकी प्राप्तियां और व्यय, को क्रम में रखा गया था। उस समय, छात्रों की संख्या 300-400 से भिन्न थी; जुबली वर्ष में, 133 मैट्रिकुएटेड फ्रांसीसी क्रांति की वजह से हुई गड़बड़ी के परिणामस्वरूप, और विशेष रूप से लूनविले की संधि के कारण विश्वविद्यालय ने राइन के बाएं किनारे पर अपनी सारी संपत्ति खो दी, ताकि पूरी विघटन की उम्मीद की जा सके।
विश्वविद्यालय के बौद्धिक और राजकोषीय धन में कमी आई
16 वीं शताब्दी के रूप में पारित होने के कारण, देर से मानवतावाद कैल्विनवाद के पास एक प्रमुख विद्यालय के रूप में कदम रखा; और पौलुस शेटे, जेन ग्रुटर, मार्टिन ओपित्ज़, और मैथ्यूस मेरियन जैसे आंकड़े विश्वविद्यालय में पढ़ाते हैं। यह पूरे महाद्वीप से विद्वानों को आकर्षित करता था और एक सांस्कृतिक और अकादमिक केंद्र में विकसित हुआ था।  हालांकि, 1618 में तीस वर्ष की युद्ध की शुरुआत के साथ, विश्वविद्यालय के बौद्धिक और राजकोषीय धन में कमी आई है। 1622 में, तब विश्व-प्रसिद्ध बिब्लियोथेका प्लाटिना (विश्वविद्यालय की लाइब्रेरी) यूनिवर्सिटी कैथेड्रल से चोरी हो गई और रोम ले गई उसके बाद पुनर्निर्माण के प्रयास राजा लुई XIV के सैनिकों द्वारा पराजित हुए, जिन्होंने 16 9 0 में हीडलबर्ग को लगभग पूरी तरह से नष्ट कर दिया था। काउंटर-रिफॉर्मेशन के परिणामस्वरूप, विश्वविद्यालय ने अपने प्रोटेस्टेंट चरित्र को खो दिया, और जीसेट्स ने इसे संचालित किया। 1735 में, यूनिवर्सिटी स्क्वायर में ओल्ड विश्वविद्यालय का निर्माण किया गया था, जिसे डॉस विल्हेल्मिना के नाम से जाना जाता था। जेसुइट के प्रयासों के माध्यम से एक प्रारंभिक विद्यालय स्थापित किया गया था, सेमिनारियम विज्ञापन कैरोलम बोरोमेयुम, जिनके विद्यार्थियों को विश्वविद्यालय में पंजीकृत किया गया था। जेसुइट ऑर्डर के दमन के बाद, 1773 में उन्होंने उन अधिकांश स्कूलों का आयोजन किया था जो 1773 में लाज़रविचों की फ्रांसीसी मण्डली के हाथों में पारित हो गए थे। वे उस समय से बिगड़ गए, और यूनिवर्सिटी ही अपनी प्रतिष्ठा में आखिरी निर्वाचक चार्ल्स थिओडोर, इलेक्टोर पेलेटाइन, जिन्होंने सभी संकायों के लिए नई कुर्सियां ​​स्थापित की, ने चुनावी अकादमी विज्ञान जैसे वैज्ञानिक संस्थानों की स्थापना की, और कैसरस्लॉटर्न से हीडलबर्ग तक राजनीतिक अर्थव्यवस्था के स्कूल को स्थानांतरित किया, जहां इसे विश्वविद्यालय के साथ मिलकर संकाय राजनीतिक अर्थव्यवस्था। उन्होंने पड़ोसी शहर मैनहेम में एक वेधशाला की स्थापना भी की, जहां जेसुइट क्रिश्चियन मेयर ने निर्देशक के रूप में काम किया विश्वविद्यालय की चार सौ वर्षगांठ के संबंध में, निर्वाचक ने एक संशोधित क़ानून पुस्तक को मंजूरी दी जिसमें कई प्रोफेसरों को तैयार करने के लिए कमीशन किया गया था। विश्वविद्यालय के वित्तीय मामलों, इसकी प्राप्तियां और व्यय, को क्रम में रखा गया था। उस समय, छात्रों की संख्या 300-400 से भिन्न थी; जुबली वर्ष में, 133 मैट्रिकुएटेड फ्रांसीसी क्रांति की वजह से हुई गड़बड़ी के परिणामस्वरूप, और विशेष रूप से लूनविले की संधि के कारण विश्वविद्यालय ने राइन के बाएं किनारे पर अपनी सारी संपत्ति खो दी, ताकि पूरी विघटन की उम्मीद की जा सके।