1517 से, ओटोमन नियंत्रण के वर्षों के दौरान, बेसिलिका की हिरासत पर कैथोलिक और ग्रीक ऑर्थोडॉक्स चर्चों के बीच कड़वाहट से विवाद हुआ था। 16वीं शताब्दी के अंत तक, बेथलहम यरूशलेम जिले के सबसे बड़े गांवों में से एक बन गया था, और इसे सात तिमाहियों में विभाजित किया गया था। बासबस परिवार ने इस अवधि के दौरान अन्य नेताओं के बीच बेथलहम के प्रमुख के रूप में कार्य किया। 1596 के ओटोमन टैक्स रिकॉर्ड और जनगणना से संकेत मिलता है कि बेथलेहम की आबादी 1,435 थी, जो उस समय फिलिस्तीन का 13वां सबसे बड़ा गांव था। इसका कुल राजस्व 30,000 एकड़ था। बेथलहम ने गेहूं, जौ और अंगूर पर कर का भुगतान किया। मुसलमान और ईसाई अलग-अलग समुदायों में संगठित थे, प्रत्येक का अपना नेता था। 16वीं सदी के मध्य में पाँच नेताओं ने गाँव का प्रतिनिधित्व किया, जिनमें से तीन मुसलमान थे। ओटोमन कर रिकॉर्ड से पता चलता है कि ईसाई आबादी थोड़ी अधिक समृद्ध थी या अंगूर की तुलना में अधिक अनाज उगाती थी (पहली अधिक मूल्यवान वस्तु थी)। 1831 से 1841 तक, फिलिस्तीन मिस्र के मुहम्मद अली राजवंश के शासन के अधीन था। इस अवधि के दौरान, शहर में भूकंप के साथ-साथ 1834 में मिस्र के सैनिकों द्वारा मुस्लिम क्वार्टर को नष्ट कर दिया गया था, जो जाहिर तौर पर इब्राहिम पाशा के एक पसंदीदा वफादार की हत्या के प्रतिशोध के रूप में था। 1841 में, बेथलहम एक बार फिर ओटोमन शासन के अधीन आ गया और प्रथम विश्व युद्ध के अंत तक ऐसा ही रहा। ओटोमन्स के तहत, बेथलहम के निवासियों को बेरोजगारी, अनिवार्य सैन्य सेवा और भारी करों का सामना करना पड़ा, जिसके परिणामस्वरूप बड़े पैमाने पर प्रवासन हुआ, विशेष रूप से दक्षिण अमेरिका में। 1850 के दशक में एक अमेरिकी मिशनरी ने 4,000 से कम की आबादी की सूचना दी, जिनमें से लगभग सभी ग्रीक चर्च के थे। उन्होंने यह भी कहा कि पानी की कमी ने शहर के विकास को बाधित कर दिया है। सोसिन ने लगभग 1870 की एक आधिकारिक ओटोमन गांव सूची से पाया कि बेथलहम में 59 घरों में 179 मुसलमानों की आबादी थी, 256 घरों में 979 "लैटिन", 213 में 824 "यूनानी" थे। घर, और 11 घरों में 41 अर्मेनियाई, कुल 539 घर। जनसंख्या गणना में केवल पुरुष शामिल थे। हार्टमैन ने पाया कि बेथलहम में 520 घर थे।
कैथोलिक और ग्रीक ऑर्थोडॉक्स चर्च
1517 से, ओटोमन नियंत्रण के वर्षों के दौरान, बेसिलिका की हिरासत पर कैथोलिक और ग्रीक ऑर्थोडॉक्स चर्चों के बीच कड़वाहट से विवाद हुआ था। 16वीं शताब्दी के अंत तक, बेथलहम यरूशलेम जिले के सबसे बड़े गांवों में से एक बन गया था, और इसे सात तिमाहियों में विभाजित किया गया था। बासबस परिवार ने इस अवधि के दौरान अन्य नेताओं के बीच बेथलहम के प्रमुख के रूप में कार्य किया। 1596 के ओटोमन टैक्स रिकॉर्ड और जनगणना से संकेत मिलता है कि बेथलेहम की आबादी 1,435 थी, जो उस समय फिलिस्तीन का 13वां सबसे बड़ा गांव था। इसका कुल राजस्व 30,000 एकड़ था। बेथलहम ने गेहूं, जौ और अंगूर पर कर का भुगतान किया। मुसलमान और ईसाई अलग-अलग समुदायों में संगठित थे, प्रत्येक का अपना नेता था। 16वीं सदी के मध्य में पाँच नेताओं ने गाँव का प्रतिनिधित्व किया, जिनमें से तीन मुसलमान थे। ओटोमन कर रिकॉर्ड से पता चलता है कि ईसाई आबादी थोड़ी अधिक समृद्ध थी या अंगूर की तुलना में अधिक अनाज उगाती थी (पहली अधिक मूल्यवान वस्तु थी)। 1831 से 1841 तक, फिलिस्तीन मिस्र के मुहम्मद अली राजवंश के शासन के अधीन था। इस अवधि के दौरान, शहर में भूकंप के साथ-साथ 1834 में मिस्र के सैनिकों द्वारा मुस्लिम क्वार्टर को नष्ट कर दिया गया था, जो जाहिर तौर पर इब्राहिम पाशा के एक पसंदीदा वफादार की हत्या के प्रतिशोध के रूप में था। 1841 में, बेथलहम एक बार फिर ओटोमन शासन के अधीन आ गया और प्रथम विश्व युद्ध के अंत तक ऐसा ही रहा। ओटोमन्स के तहत, बेथलहम के निवासियों को बेरोजगारी, अनिवार्य सैन्य सेवा और भारी करों का सामना करना पड़ा, जिसके परिणामस्वरूप बड़े पैमाने पर प्रवासन हुआ, विशेष रूप से दक्षिण अमेरिका में। 1850 के दशक में एक अमेरिकी मिशनरी ने 4,000 से कम की आबादी की सूचना दी, जिनमें से लगभग सभी ग्रीक चर्च के थे। उन्होंने यह भी कहा कि पानी की कमी ने शहर के विकास को बाधित कर दिया है। सोसिन ने लगभग 1870 की एक आधिकारिक ओटोमन गांव सूची से पाया कि बेथलहम में 59 घरों में 179 मुसलमानों की आबादी थी, 256 घरों में 979 "लैटिन", 213 में 824 "यूनानी" थे। घर, और 11 घरों में 41 अर्मेनियाई, कुल 539 घर। जनसंख्या गणना में केवल पुरुष शामिल थे। हार्टमैन ने पाया कि बेथलहम में 520 घर थे।