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लेकिन केंद्र ने उनके नामांकन का विरोध किया क्योंकि सुप्रीम कोर्ट द्वारा सुब्रमण्यम को सोहराबुद्दीन शेख, कौसर बी और तुलसीराम प्रजापति के कथित फर्जी एनकाउंटर मामले में सुप्रीम कोर्ट द्वारा सीबीआई जांच और अभियोजन की निगरानी के लिए नियुक्त किया गया था.
But the Centre opposed his nomination because he was appointed by the Supreme Court to oversee investigation and prosecution by the CBI in the killing of Sohrabuddin Sheikh, Tulsiram Prajapati and Kausar Bi in an alleged fake encounter case.