आरएनए हस्तक्षेप वायरस और अन्य विदेशी आनुवंशिक सामग्री के प्रति प्रतिरक्षा प्रतिक्रिया का एक महत्वपूर्ण हिस्सा है, खासकर पौधों में जहां यह ट्रांसपोज़न के स्व-प्रसार को भी रोक सकता है। एराबिडोप्सिस थालियाना जैसे पौधे कई डाइसर होमोलॉग व्यक्त करते हैं जो पौधे के अलग-अलग वायरस के संपर्क में आने पर अलग-अलग प्रतिक्रिया करने के लिए विशिष्ट होते हैं। आरएनएआई मार्ग को पूरी तरह से समझने से पहले ही, यह ज्ञात था कि पौधों में प्रेरित जीन साइलेंसिंग एक प्रणालीगत प्रभाव में पूरे पौधे में फैल सकती है और ग्राफ्टिंग के माध्यम से स्टॉक से स्कोन पौधों में स्थानांतरित की जा सकती है। इस घटना को तब से पौधे की अनुकूली प्रतिरक्षा प्रणाली की एक विशेषता के रूप में मान्यता दी गई है और प्रारंभिक स्थानीय मुठभेड़ के बाद पूरे पौधे को वायरस पर प्रतिक्रिया करने की अनुमति मिलती है। प्रतिक्रिया में, कई पौधों के वायरस ने आरएनएआई प्रतिक्रिया को दबाने के लिए विस्तृत तंत्र विकसित किया है। इनमें वायरल प्रोटीन शामिल हैं जो एकल-स्ट्रैंडेड ओवरहैंग सिरों के साथ छोटे डबल-स्ट्रैंडेड आरएनए टुकड़ों को बांधते हैं, जैसे कि डाइसर द्वारा उत्पादित। कुछ पौधों के जीनोम विशिष्ट प्रकार के जीवाणुओं द्वारा संक्रमण के जवाब में अंतर्जात siRNAs को भी व्यक्त करते हैं। ये प्रभाव रोगजनकों के प्रति एक सामान्यीकृत प्रतिक्रिया का हिस्सा हो सकते हैं जो मेजबान में किसी भी चयापचय प्रक्रिया को कम कर देता है जो संक्रमण प्रक्रिया में सहायता करता है। हालांकि जानवर आमतौर पर पौधों की तुलना में डाइसर एंजाइम के कम वेरिएंट को व्यक्त करते हैं, कुछ जानवरों में आरएनएआई एक एंटीवायरल प्रतिक्रिया पैदा करता है। किशोर और वयस्क ड्रोसोफिला दोनों में, आरएनए हस्तक्षेप एंटीवायरल जन्मजात प्रतिरक्षा में महत्वपूर्ण है और ड्रोसोफिला एक्स वायरस जैसे रोगजनकों के खिलाफ सक्रिय है। प्रतिरक्षा में एक समान भूमिका सी. एलिगेंस में काम कर सकती है, क्योंकि अर्गोनॉट प्रोटीन को वायरस और कीड़े के जवाब में अपग्रेड किया जाता है जो कि आरएनएआई मार्ग के ओवरएक्सप्रेस घटक वायरल संक्रमण के प्रतिरोधी होते हैं। स्तनधारी जन्मजात प्रतिरक्षा में आरएनए हस्तक्षेप की भूमिका खराब समझी जाती है, और अपेक्षाकृत कम डेटा उपलब्ध है. हालाँकि, स्तनधारी कोशिकाओं में आरएनएआई प्रतिक्रिया को दबाने में सक्षम जीन को एनकोड करने वाले वायरस का अस्तित्व आरएनएआई-निर्भर स्तनधारी प्रतिरक्षा प्रतिक्रिया के पक्ष में सबूत हो सकता है, हालांकि इस परिकल्पना को खराब रूप से प्रमाणित होने के कारण चुनौती दी गई है।
ट्रांसपोज़न के स्व-प्रसार को रोकें
आरएनए हस्तक्षेप वायरस और अन्य विदेशी आनुवंशिक सामग्री के प्रति प्रतिरक्षा प्रतिक्रिया का एक महत्वपूर्ण हिस्सा है, खासकर पौधों में जहां यह ट्रांसपोज़न के स्व-प्रसार को भी रोक सकता है। एराबिडोप्सिस थालियाना जैसे पौधे कई डाइसर होमोलॉग व्यक्त करते हैं जो पौधे के अलग-अलग वायरस के संपर्क में आने पर अलग-अलग प्रतिक्रिया करने के लिए विशिष्ट होते हैं। आरएनएआई मार्ग को पूरी तरह से समझने से पहले ही, यह ज्ञात था कि पौधों में प्रेरित जीन साइलेंसिंग एक प्रणालीगत प्रभाव में पूरे पौधे में फैल सकती है और ग्राफ्टिंग के माध्यम से स्टॉक से स्कोन पौधों में स्थानांतरित की जा सकती है। इस घटना को तब से पौधे की अनुकूली प्रतिरक्षा प्रणाली की एक विशेषता के रूप में मान्यता दी गई है और प्रारंभिक स्थानीय मुठभेड़ के बाद पूरे पौधे को वायरस पर प्रतिक्रिया करने की अनुमति मिलती है। प्रतिक्रिया में, कई पौधों के वायरस ने आरएनएआई प्रतिक्रिया को दबाने के लिए विस्तृत तंत्र विकसित किया है। इनमें वायरल प्रोटीन शामिल हैं जो एकल-स्ट्रैंडेड ओवरहैंग सिरों के साथ छोटे डबल-स्ट्रैंडेड आरएनए टुकड़ों को बांधते हैं, जैसे कि डाइसर द्वारा उत्पादित। कुछ पौधों के जीनोम विशिष्ट प्रकार के जीवाणुओं द्वारा संक्रमण के जवाब में अंतर्जात siRNAs को भी व्यक्त करते हैं। ये प्रभाव रोगजनकों के प्रति एक सामान्यीकृत प्रतिक्रिया का हिस्सा हो सकते हैं जो मेजबान में किसी भी चयापचय प्रक्रिया को कम कर देता है जो संक्रमण प्रक्रिया में सहायता करता है। हालांकि जानवर आमतौर पर पौधों की तुलना में डाइसर एंजाइम के कम वेरिएंट को व्यक्त करते हैं, कुछ जानवरों में आरएनएआई एक एंटीवायरल प्रतिक्रिया पैदा करता है। किशोर और वयस्क ड्रोसोफिला दोनों में, आरएनए हस्तक्षेप एंटीवायरल जन्मजात प्रतिरक्षा में महत्वपूर्ण है और ड्रोसोफिला एक्स वायरस जैसे रोगजनकों के खिलाफ सक्रिय है। प्रतिरक्षा में एक समान भूमिका सी. एलिगेंस में काम कर सकती है, क्योंकि अर्गोनॉट प्रोटीन को वायरस और कीड़े के जवाब में अपग्रेड किया जाता है जो कि आरएनएआई मार्ग के ओवरएक्सप्रेस घटक वायरल संक्रमण के प्रतिरोधी होते हैं। स्तनधारी जन्मजात प्रतिरक्षा में आरएनए हस्तक्षेप की भूमिका खराब समझी जाती है, और अपेक्षाकृत कम डेटा उपलब्ध है. हालाँकि, स्तनधारी कोशिकाओं में आरएनएआई प्रतिक्रिया को दबाने में सक्षम जीन को एनकोड करने वाले वायरस का अस्तित्व आरएनएआई-निर्भर स्तनधारी प्रतिरक्षा प्रतिक्रिया के पक्ष में सबूत हो सकता है, हालांकि इस परिकल्पना को खराब रूप से प्रमाणित होने के कारण चुनौती दी गई है।