इंडोनेशिया का आकार, उष्णकटिबंधीय जलवायु और द्वीपसमूह भूगोल उच्च स्तर की जैव विविधता का समर्थन करते हैं। इसकी वनस्पति और जीव एशियाई और आस्ट्रेलियाई प्रजातियों का मिश्रण है। सुंडा शेल्फ (सुमात्रा, जावा, बोर्नियो और बाली) के द्वीप कभी मुख्य भूमि एशिया से जुड़े हुए थे, और इनमें एशियाई जीवों की बहुतायत है। सुमात्रा बाघ, गैंडा, ओरंगुटान, एशियाई हाथी और तेंदुआ जैसी बड़ी प्रजातियाँ एक समय बाली जैसे पूर्व में प्रचुर मात्रा में थीं, लेकिन संख्या और वितरण में भारी गिरावट आई है। सुलावेसी, नुसा तेंगारा और मालुकु - लंबे समय से महाद्वीपीय भूभाग से अलग होने के कारण - ने अपनी अनूठी वनस्पति और जीव विकसित कर लिए हैं। पापुआ ऑस्ट्रेलियाई भूभाग का हिस्सा था, और ऑस्ट्रेलिया से निकटता से संबंधित अद्वितीय जीव-जंतुओं और वनस्पतियों का घर है, जिसमें 600 से अधिक पक्षी प्रजातियां शामिल हैं। देश के लगभग 70% भाग पर वन हैं। हालाँकि, छोटे और अधिक घनी आबादी वाले जावा के जंगलों को बड़े पैमाने पर मानव निवास और कृषि के लिए हटा दिया गया है।
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इंडोनेशिया का आकार, उष्णकटिबंधीय जलवायु और द्वीपसमूह भूगोल उच्च स्तर की जैव विविधता का समर्थन करते हैं। इसकी वनस्पति और जीव एशियाई और आस्ट्रेलियाई प्रजातियों का मिश्रण है। सुंडा शेल्फ (सुमात्रा, जावा, बोर्नियो और बाली) के द्वीप कभी मुख्य भूमि एशिया से जुड़े हुए थे, और इनमें एशियाई जीवों की बहुतायत है। सुमात्रा बाघ, गैंडा, ओरंगुटान, एशियाई हाथी और तेंदुआ जैसी बड़ी प्रजातियाँ एक समय बाली जैसे पूर्व में प्रचुर मात्रा में थीं, लेकिन संख्या और वितरण में भारी गिरावट आई है। सुलावेसी, नुसा तेंगारा और मालुकु - लंबे समय से महाद्वीपीय भूभाग से अलग होने के कारण - ने अपनी अनूठी वनस्पति और जीव विकसित कर लिए हैं। पापुआ ऑस्ट्रेलियाई भूभाग का हिस्सा था, और ऑस्ट्रेलिया से निकटता से संबंधित अद्वितीय जीव-जंतुओं और वनस्पतियों का घर है, जिसमें 600 से अधिक पक्षी प्रजातियां शामिल हैं। देश के लगभग 70% भाग पर वन हैं। हालाँकि, छोटे और अधिक घनी आबादी वाले जावा के जंगलों को बड़े पैमाने पर मानव निवास और कृषि के लिए हटा दिया गया है।