सन 1826 के अंत में, बोनापार्ट अपने परिवार सहित यूरोप वापस आ गए। वे जर्मनी गए जहां उनकी मुलाक़ात फिलिप जेकब क्रेशामर से हुई, तथा इंग्लैंड की भी यात्रा की जहां ब्रिटिश संग्रहालय में उनकी मुलाकात जॉन एडवर्ड ग्रे से हुई, तथा एक बार फिर से वे औदूबोन के संपर्क में आये। सन 1828 में उनका परिवार रोम में बस गया। ईटली में वे कई विज्ञान सम्मेलनों के सूत्रधार रहे, तथा अमेरिकन एवं यूरोपियन पक्षीविज्ञान तथा प्राकृतिक इतिहास की अन्य शाखाओं पर व्याख्यान देने के अतिरिक्त व्यापक तौर पर लेखन कार्य भी किया। सन 1832 एवं 1841 के बीच बोनापार्ट ने ईटली के पशुओं पर अपनी एक कृति इकोनोग्राफिया देल्ला फ़ौना ईटालिका (Iconografia della Fauna Italica) प्रकाशित की। उन्होंने स्पेच्चिओ कोम्पेरटिव डेल्ले ओर्निथोलोगी डी रोमा ए डी फिलाडेल्फिया (Specchio Comparativo delle Ornithologie di Roma e di Filadelfia) (पीसा, 1827) भी प्रकाशित की जिसमें फिलाडेल्फिया तथा इटालियन प्रजातियों के पक्षियों की तुलना प्रस्तुत की गई है।सन 1849 में उन्हें रोमन एसेम्बली के लिए निर्वाचित किया गया तथा रोमन गणराज्य के निर्माण में भाग लिया। जैसपर रिडली के अनुसार, जब एसेम्बली की बैठक पहली बार हुई: "जब कार्लो बोनापार्ट, जो की विटेर्बो के सदस्य थे, का नाम बुलाया गया, तो उसके प्रतिउत्तर में उन्होंने कहा, गणराज्य जिंदाबाद!" (वीवा ला रिपब्लिका!). उन्होंने अपने चचेरे भाई लुईस नेपोलियन द्वारा भेजी गई 40000 फ्रेंच सैनिकों की सेना के विरुद्ध रोम के बचाव में भी भाग लिया। रिपब्लिकन सेना की जुलाई 1849 में हार के पश्चात उन्होंने रोम छोड़ दिया. वे मार्सिलेस पहुंचे लेकिन लुईस नेपोलियन द्वारा उन्हें देश से निकलने का आदेश दे दिया गया। अगले ही वर्ष उन्होंने विल्सन की बर्ड ऑफ़ पैराड़ाइज (सिसिनारा रेस्पब्लिका) का नामकरण गणराज्य के विचार के सम्मान में करके अपनी राजनीतिक आस्थाओं की पुनः पुष्टि कर दी.
औदूबोन
सन 1826 के अंत में, बोनापार्ट अपने परिवार सहित यूरोप वापस आ गए। वे जर्मनी गए जहां उनकी मुलाक़ात फिलिप जेकब क्रेशामर से हुई, तथा इंग्लैंड की भी यात्रा की जहां ब्रिटिश संग्रहालय में उनकी मुलाकात जॉन एडवर्ड ग्रे से हुई, तथा एक बार फिर से वे औदूबोन के संपर्क में आये। सन 1828 में उनका परिवार रोम में बस गया। ईटली में वे कई विज्ञान सम्मेलनों के सूत्रधार रहे, तथा अमेरिकन एवं यूरोपियन पक्षीविज्ञान तथा प्राकृतिक इतिहास की अन्य शाखाओं पर व्याख्यान देने के अतिरिक्त व्यापक तौर पर लेखन कार्य भी किया। सन 1832 एवं 1841 के बीच बोनापार्ट ने ईटली के पशुओं पर अपनी एक कृति इकोनोग्राफिया देल्ला फ़ौना ईटालिका (Iconografia della Fauna Italica) प्रकाशित की। उन्होंने स्पेच्चिओ कोम्पेरटिव डेल्ले ओर्निथोलोगी डी रोमा ए डी फिलाडेल्फिया (Specchio Comparativo delle Ornithologie di Roma e di Filadelfia) (पीसा, 1827) भी प्रकाशित की जिसमें फिलाडेल्फिया तथा इटालियन प्रजातियों के पक्षियों की तुलना प्रस्तुत की गई है।सन 1849 में उन्हें रोमन एसेम्बली के लिए निर्वाचित किया गया तथा रोमन गणराज्य के निर्माण में भाग लिया। जैसपर रिडली के अनुसार, जब एसेम्बली की बैठक पहली बार हुई: "जब कार्लो बोनापार्ट, जो की विटेर्बो के सदस्य थे, का नाम बुलाया गया, तो उसके प्रतिउत्तर में उन्होंने कहा, गणराज्य जिंदाबाद!" (वीवा ला रिपब्लिका!). उन्होंने अपने चचेरे भाई लुईस नेपोलियन द्वारा भेजी गई 40000 फ्रेंच सैनिकों की सेना के विरुद्ध रोम के बचाव में भी भाग लिया। रिपब्लिकन सेना की जुलाई 1849 में हार के पश्चात उन्होंने रोम छोड़ दिया. वे मार्सिलेस पहुंचे लेकिन लुईस नेपोलियन द्वारा उन्हें देश से निकलने का आदेश दे दिया गया। अगले ही वर्ष उन्होंने विल्सन की बर्ड ऑफ़ पैराड़ाइज (सिसिनारा रेस्पब्लिका) का नामकरण गणराज्य के विचार के सम्मान में करके अपनी राजनीतिक आस्थाओं की पुनः पुष्टि कर दी.