फ्रांस में जेम्स के समय ने उन्हें रोमन कैथोलिक चर्च की मान्यताओं और समारोहों से अवगत कराया था; वह और उसकी पत्नी ऐनी उस विश्वास के प्रति आकर्षित हो गये। जेम्स ने 1668 या 1669 में कैथोलिक यूचरिस्ट लिया, हालाँकि उनके रूपांतरण को लगभग एक दशक तक गुप्त रखा गया क्योंकि उन्होंने 1676 तक एंग्लिकन सेवाओं में भाग लेना जारी रखा। अपने रूपांतरण के बावजूद, जेम्स मुख्य रूप से जॉन चर्चिल और जॉर्ज लेगे सहित एंग्लिकन के साथ जुड़े रहे। साथ ही फ्रांसीसी प्रोटेस्टेंट, जैसे लुई डी डुरस, अर्ल ऑफ फ़ेवरशैम। अदालत में रोमन कैथोलिक प्रभाव की बढ़ती आशंकाओं के कारण अंग्रेजी संसद ने 1673 में एक नया टेस्ट अधिनियम पेश किया। इस अधिनियम के तहत, सभी नागरिक और सैन्य अधिकारियों को यह करना आवश्यक था। शपथ लें (जिसमें उन्हें परिवर्तन के सिद्धांत को अस्वीकार करना और रोमन चर्च की कुछ प्रथाओं को अंधविश्वासी और मूर्तिपूजक के रूप में निंदा करना था) और इंग्लैंड के चर्च के तत्वावधान में यूचरिस्ट प्राप्त करना था। जेम्स ने लॉर्ड हाई एडमिरल का पद छोड़ने का विकल्प चुनते हुए, कोई भी कार्रवाई करने से इनकार कर दिया। इस प्रकार रोमन कैथोलिक धर्म में उनके रूपांतरण को सार्वजनिक कर दिया गया। राजा चार्ल्स द्वितीय ने जेम्स के धर्मांतरण का विरोध किया, और आदेश दिया कि जेम्स की बेटियों, मैरी और ऐनी को इंग्लैंड के चर्च में पाला जाए। फिर भी, उन्होंने जेम्स को पंद्रह वर्षीय इतालवी राजकुमारी, मोडेना की मैरी से शादी करने की अनुमति दी। जेम्स और मैरी की शादी 20 सितंबर 1673 को एक रोमन कैथोलिक समारोह में प्रॉक्सी द्वारा की गई थी। 21 नवंबर को, मैरी इंग्लैंड पहुंची और ऑक्सफोर्ड के बिशप नथानिएल क्रू ने एक संक्षिप्त एंग्लिकन सेवा की, जो प्रॉक्सी द्वारा विवाह को मान्यता देने से ज्यादा कुछ नहीं थी। कैथोलिक धर्म के प्रति अविश्वास रखने वाले कई ब्रिटिश लोग, यॉर्क की नई डचेस को पापसी के एजेंट के रूप में मानते थे। जेम्स अपनी भक्ति के लिए विख्यात थे। उन्होंने एक बार कहा था, "यदि अवसर होता, तो मुझे आशा है कि भगवान मुझे सच्चे कैथोलिक धर्म के लिए मृत्यु के साथ-साथ निर्वासन भी सहने की कृपा देंगे।"
रोमन कैथोलिक ईसाई
फ्रांस में जेम्स के समय ने उन्हें रोमन कैथोलिक चर्च की मान्यताओं और समारोहों से अवगत कराया था; वह और उसकी पत्नी ऐनी उस विश्वास के प्रति आकर्षित हो गये। जेम्स ने 1668 या 1669 में कैथोलिक यूचरिस्ट लिया, हालाँकि उनके रूपांतरण को लगभग एक दशक तक गुप्त रखा गया क्योंकि उन्होंने 1676 तक एंग्लिकन सेवाओं में भाग लेना जारी रखा। अपने रूपांतरण के बावजूद, जेम्स मुख्य रूप से जॉन चर्चिल और जॉर्ज लेगे सहित एंग्लिकन के साथ जुड़े रहे। साथ ही फ्रांसीसी प्रोटेस्टेंट, जैसे लुई डी डुरस, अर्ल ऑफ फ़ेवरशैम। अदालत में रोमन कैथोलिक प्रभाव की बढ़ती आशंकाओं के कारण अंग्रेजी संसद ने 1673 में एक नया टेस्ट अधिनियम पेश किया। इस अधिनियम के तहत, सभी नागरिक और सैन्य अधिकारियों को यह करना आवश्यक था। शपथ लें (जिसमें उन्हें परिवर्तन के सिद्धांत को अस्वीकार करना और रोमन चर्च की कुछ प्रथाओं को अंधविश्वासी और मूर्तिपूजक के रूप में निंदा करना था) और इंग्लैंड के चर्च के तत्वावधान में यूचरिस्ट प्राप्त करना था। जेम्स ने लॉर्ड हाई एडमिरल का पद छोड़ने का विकल्प चुनते हुए, कोई भी कार्रवाई करने से इनकार कर दिया। इस प्रकार रोमन कैथोलिक धर्म में उनके रूपांतरण को सार्वजनिक कर दिया गया। राजा चार्ल्स द्वितीय ने जेम्स के धर्मांतरण का विरोध किया, और आदेश दिया कि जेम्स की बेटियों, मैरी और ऐनी को इंग्लैंड के चर्च में पाला जाए। फिर भी, उन्होंने जेम्स को पंद्रह वर्षीय इतालवी राजकुमारी, मोडेना की मैरी से शादी करने की अनुमति दी। जेम्स और मैरी की शादी 20 सितंबर 1673 को एक रोमन कैथोलिक समारोह में प्रॉक्सी द्वारा की गई थी। 21 नवंबर को, मैरी इंग्लैंड पहुंची और ऑक्सफोर्ड के बिशप नथानिएल क्रू ने एक संक्षिप्त एंग्लिकन सेवा की, जो प्रॉक्सी द्वारा विवाह को मान्यता देने से ज्यादा कुछ नहीं थी। कैथोलिक धर्म के प्रति अविश्वास रखने वाले कई ब्रिटिश लोग, यॉर्क की नई डचेस को पापसी के एजेंट के रूप में मानते थे। जेम्स अपनी भक्ति के लिए विख्यात थे। उन्होंने एक बार कहा था, "यदि अवसर होता, तो मुझे आशा है कि भगवान मुझे सच्चे कैथोलिक धर्म के लिए मृत्यु के साथ-साथ निर्वासन भी सहने की कृपा देंगे।"