कुछ लोग सुझाव देते हैं कि हिप्पोक्रेटस को मस्तिष्क ज्वर की मौजूदगी का एहसास हो गया था, और ऐसा लगता है कि मैनिन्गिसम पुर्नजागरण-पूर्व चिकित्सकों जैसे अविसेन्ना का पता था। ट्यूबरक्यूलस मस्तिष्क ज्वर का वर्णन जिसे उस समय "मस्तिष्क में ड्रॉप्सी" कहा जाता था, उसे अक्सर 1768 में जारी होने वाली मरणोपरांत रिपोर्ट में एडिनबर्ग के चिकित्सक सर रॉबर्ट व्हाइट के योगदान के रूप में जाना जाता है, हलांकि ट्यूबरक्युलोसिस और इसके पैथोजन के बीच संबंध अगली शताब्दी तक नहीं सिद्ध हो पाये थे।ऐसा लगता है कि महामारी मस्तिष्क ज्वर तुलनात्मक रूप से एक नया तथ्य है। पहला प्रमुख प्रकोप जो दर्ज किया गया था वह 1805 में जेनेवा में था। यूरोप तथा यूनाइटेड स्टेट्स में इसके तुरंत बाद कई अन्य महामारियां बतायी गयीं और अफ्रीका में किसी महामारी की पहली रिपोर्ट 1840 में जारी हुयी। अफ्रीकी महामारी 20वीं शताब्दी में अधिक आम हो गयी, जिसमें 1905-08 में नाइजीरिया और घाना में फैली महामारी से शुरुआत हुयी।बैक्टीरिया जनित संक्रमण पर पहली रिपोर्ट जिसमें मस्तिष्क ज्वर अंतर्निहित था, ऑस्ट्रिया के बैक्टीरिया विज्ञानी एंटॉन वाइक्सलबाउम की थी, जिसने 1887 में “मैनिन्गोकॉकस” की व्याख्या की थी।  शुरुआती रिपोर्यों में मस्तिष्क ज्वर के कारण होने वाली मौतों का आंकड़ा काफी उच्च था (लगभग 90%)। 1906 में घोड़ों में एंटीसेरम उत्पन्न किया गया; इसको अमरीकी वैज्ञानिक सिमॉन फ्लेक्सनर द्वारा और अधिक विकसित किया गया और जिसने मैनिन्गोकॉकल रोग से होने वाली मौतों में काफी कमी कर दी। 1944 में पेनिसलीन को मस्तिष्क ज्वर में प्रभावी कहा गया। The introduction in the late 20th century of हेमोफाइलस टीके को बीसवी शताब्दी के अंत में जारी करने से इस पैथोजन से जुड़े मस्तिष्क ज्वर के मामलों में काफी कमी आयी, और 2002 में इस बात के साक्ष्य सामने आये कि स्टीरॉयड द्वारा उपचार करने से बैक्टीरिया जनित मस्तिष्क ज्वर का निदान बेहतर हो सकता है।
हेमोफाइलस
कुछ लोग सुझाव देते हैं कि हिप्पोक्रेटस को मस्तिष्क ज्वर की मौजूदगी का एहसास हो गया था, और ऐसा लगता है कि मैनिन्गिसम पुर्नजागरण-पूर्व चिकित्सकों जैसे अविसेन्ना का पता था। ट्यूबरक्यूलस मस्तिष्क ज्वर का वर्णन जिसे उस समय "मस्तिष्क में ड्रॉप्सी" कहा जाता था, उसे अक्सर 1768 में जारी होने वाली मरणोपरांत रिपोर्ट में एडिनबर्ग के चिकित्सक सर रॉबर्ट व्हाइट के योगदान के रूप में जाना जाता है, हलांकि ट्यूबरक्युलोसिस और इसके पैथोजन के बीच संबंध अगली शताब्दी तक नहीं सिद्ध हो पाये थे।ऐसा लगता है कि महामारी मस्तिष्क ज्वर तुलनात्मक रूप से एक नया तथ्य है। पहला प्रमुख प्रकोप जो दर्ज किया गया था वह 1805 में जेनेवा में था। यूरोप तथा यूनाइटेड स्टेट्स में इसके तुरंत बाद कई अन्य महामारियां बतायी गयीं और अफ्रीका में किसी महामारी की पहली रिपोर्ट 1840 में जारी हुयी। अफ्रीकी महामारी 20वीं शताब्दी में अधिक आम हो गयी, जिसमें 1905-08 में नाइजीरिया और घाना में फैली महामारी से शुरुआत हुयी।बैक्टीरिया जनित संक्रमण पर पहली रिपोर्ट जिसमें मस्तिष्क ज्वर अंतर्निहित था, ऑस्ट्रिया के बैक्टीरिया विज्ञानी एंटॉन वाइक्सलबाउम की थी, जिसने 1887 में “मैनिन्गोकॉकस” की व्याख्या की थी।  शुरुआती रिपोर्यों में मस्तिष्क ज्वर के कारण होने वाली मौतों का आंकड़ा काफी उच्च था (लगभग 90%)। 1906 में घोड़ों में एंटीसेरम उत्पन्न किया गया; इसको अमरीकी वैज्ञानिक सिमॉन फ्लेक्सनर द्वारा और अधिक विकसित किया गया और जिसने मैनिन्गोकॉकल रोग से होने वाली मौतों में काफी कमी कर दी। 1944 में पेनिसलीन को मस्तिष्क ज्वर में प्रभावी कहा गया। The introduction in the late 20th century of हेमोफाइलस टीके को बीसवी शताब्दी के अंत में जारी करने से इस पैथोजन से जुड़े मस्तिष्क ज्वर के मामलों में काफी कमी आयी, और 2002 में इस बात के साक्ष्य सामने आये कि स्टीरॉयड द्वारा उपचार करने से बैक्टीरिया जनित मस्तिष्क ज्वर का निदान बेहतर हो सकता है।