पर्यावरणीय कारकों द्वारा और विकास के विभिन्न चरणों के दौरान जीन अभिव्यक्ति का विनियमन प्रक्रिया के प्रत्येक चरण में हो सकता है जैसे प्रतिलेखन, आरएनए स्प्लिसिंग, अनुवाद और प्रोटीन के पोस्ट-ट्रांसलेशनल संशोधन। जीन अभिव्यक्ति सकारात्मक या नकारात्मक विनियमन से प्रभावित हो सकती है, यह इस पर निर्भर करता है कि प्रतिलेखन कारक कहे जाने वाले दो प्रकार के नियामक प्रोटीनों में से कौन सा प्रमोटर के करीब या डीएनए अनुक्रम से बंधता है। समान प्रवर्तक को साझा करने वाले जीनों के समूह को ऑपेरॉन कहा जाता है, जो मुख्य रूप से प्रोकैरियोट्स और कुछ निचले यूकेरियोट्स (उदाहरण के लिए, कैनोर्हाडाइटिस एलिगेंस) में पाया जाता है। जीन अभिव्यक्ति के सकारात्मक विनियमन में, एक्टिवेटर ट्रांसक्रिप्शन कारक होता है जो ट्रांसक्रिप्शन को उत्तेजित करता है जब यह प्रमोटर के पास या उसके अनुक्रम से जुड़ता है। नकारात्मक विनियमन तब होता है जब एक अन्य प्रतिलेखन कारक जिसे रिप्रेसर कहा जाता है, प्रतिलेखन को रोकने के लिए ऑपरेटर नामक डीएनए अनुक्रम से जुड़ जाता है, जो एक ऑपेरॉन का हिस्सा होता है। दमनकर्ताओं को इंड्यूसर्स (उदाहरण के लिए, एलोलैक्टोज) नामक यौगिकों द्वारा बाधित किया जा सकता है, जिससे प्रतिलेखन होने की अनुमति मिलती है। विशिष्ट जीन जिन्हें प्रेरकों द्वारा सक्रिय किया जा सकता है, प्रेरक जीन कहलाते हैं, संवैधानिक जीन के विपरीत जो लगभग लगातार सक्रिय रहते हैं। दोनों के विपरीत, संरचनात्मक जीन उन प्रोटीनों को कूटबद्ध करते हैं जो जीन विनियमन में शामिल नहीं होते हैं। प्रमोटर से जुड़ी नियामक घटनाओं के अलावा, जीन अभिव्यक्ति को क्रोमैटिन में एपिजेनेटिक परिवर्तनों द्वारा भी नियंत्रित किया जा सकता है, जो यूकेरियोटिक कोशिकाओं में पाए जाने वाले डीएनए और प्रोटीन का एक जटिल है।
ऑपेरॉन जीन के समूह होते हैं जो एक ही प्रवर्तक को साझा करते हैं। वे मुख्य रूप से प्रोकैरियोट्स और कुछ निचले यूकेरियोट्स जैसे कैनोर्हाडाइटिस एलिगेंस में होते हैं।
पर्यावरणीय कारकों द्वारा और विकास के विभिन्न चरणों के दौरान जीन अभिव्यक्ति का विनियमन प्रक्रिया के प्रत्येक चरण में हो सकता है जैसे प्रतिलेखन, आरएनए स्प्लिसिंग, अनुवाद और प्रोटीन के पोस्ट-ट्रांसलेशनल संशोधन। जीन अभिव्यक्ति सकारात्मक या नकारात्मक विनियमन से प्रभावित हो सकती है, यह इस पर निर्भर करता है कि प्रतिलेखन कारक कहे जाने वाले दो प्रकार के नियामक प्रोटीनों में से कौन सा प्रमोटर के करीब या डीएनए अनुक्रम से बंधता है। समान प्रवर्तक को साझा करने वाले जीनों के समूह को ऑपेरॉन कहा जाता है, जो मुख्य रूप से प्रोकैरियोट्स और कुछ निचले यूकेरियोट्स (उदाहरण के लिए, कैनोर्हाडाइटिस एलिगेंस) में पाया जाता है। जीन अभिव्यक्ति के सकारात्मक विनियमन में, एक्टिवेटर ट्रांसक्रिप्शन कारक होता है जो ट्रांसक्रिप्शन को उत्तेजित करता है जब यह प्रमोटर के पास या उसके अनुक्रम से जुड़ता है। नकारात्मक विनियमन तब होता है जब एक अन्य प्रतिलेखन कारक जिसे रिप्रेसर कहा जाता है, प्रतिलेखन को रोकने के लिए ऑपरेटर नामक डीएनए अनुक्रम से जुड़ जाता है, जो एक ऑपेरॉन का हिस्सा होता है। दमनकर्ताओं को इंड्यूसर्स (उदाहरण के लिए, एलोलैक्टोज) नामक यौगिकों द्वारा बाधित किया जा सकता है, जिससे प्रतिलेखन होने की अनुमति मिलती है। विशिष्ट जीन जिन्हें प्रेरकों द्वारा सक्रिय किया जा सकता है, प्रेरक जीन कहलाते हैं, संवैधानिक जीन के विपरीत जो लगभग लगातार सक्रिय रहते हैं। दोनों के विपरीत, संरचनात्मक जीन उन प्रोटीनों को कूटबद्ध करते हैं जो जीन विनियमन में शामिल नहीं होते हैं। प्रमोटर से जुड़ी नियामक घटनाओं के अलावा, जीन अभिव्यक्ति को क्रोमैटिन में एपिजेनेटिक परिवर्तनों द्वारा भी नियंत्रित किया जा सकता है, जो यूकेरियोटिक कोशिकाओं में पाए जाने वाले डीएनए और प्रोटीन का एक जटिल है।