प्रिज़न ब्रेक के पहले तीन सीज़न मुख्य रूप से हॉलीवुड के बाहर फिल्माए गए थे। श्रृंखला के पहले सीज़न का अधिकांश भाग शिकागो और उसके आसपास के स्थानों पर फिल्माया गया था। 2002 में बंद होने के बाद, जोलीट जेल 2005 में प्रिज़न ब्रेक का सेट बन गया, जो स्क्रीन पर फॉक्स रिवर स्टेट पेनिटेंटरी के रूप में खड़ा था। लिंकन की कोठरी, अस्पताल और जेल प्रांगण में सेट सभी दृश्य जेल के स्थान पर ही फिल्माए गए थे। यह आरोप लगाया गया था कि लिंकन की कोठरी वही थी जिसमें सीरियल किलर जॉन वेन गेसी को कैद किया गया था, जिसमें प्रोडक्शन क्रू के कम से कम एक सदस्य ने प्रवेश करने से इनकार कर दिया था, क्योंकि यह प्रेतवाधित होने का आरोप था। जेल में अन्य सेट बनाए गए थे, जिनमें सेल ब्लॉक भी शामिल थे जिनमें सामान्य जेल की आबादी रहती थी; इन ब्लॉकों में कोशिकाओं के तीन स्तर थे (वास्तविक सेल ब्लॉक के चार स्तरों के विपरीत) और अभिनेताओं और कैमरों के लिए अधिक स्थान की अनुमति देने के लिए वास्तविक कोशिकाओं की तुलना में बहुत बड़ी कोशिकाएँ थीं। बाहरी दृश्य शिकागो, वुडस्टॉक और इलिनोइस के जोलीट के आसपास के क्षेत्रों में फिल्माए गए। अन्य स्थानों में शिकागो में ओ'हारे अंतर्राष्ट्रीय हवाई अड्डा और कनाडा में टोरंटो, ओन्टारियो शामिल हैं। प्रिज़न ब्रेक ने इलिनोइस राज्य में प्रति एपिसोड 2 मिलियन डॉलर खर्च किए, जिससे 2005 में उनकी कुल लागत 24 मिलियन डॉलर हो गई। दूसरे सीज़न के लिए नवीनीकृत, प्रिज़न ब्रेक का फिल्मांकन 15 जून 2006 को डलास, टेक्सास में फिर से शुरू हुआ, क्योंकि इसकी निकटता के कारण ग्रामीण और शहरी सेटिंग. डलास के 30 मिनट के दायरे में स्थानों को चुना गया जिसमें लिटिल एल्म, डेकाटुर, मिनरल वेल्स और मैककिनी शामिल थे। इनमें से कई स्थानों का उपयोग विभिन्न अमेरिकी शहरों का प्रतिनिधित्व करने के लिए किया गया था। इस शो के दूसरे सीज़न के दौरान टेक्सास में $50 मिलियन से अधिक खर्च होने की उम्मीद थी। दूसरे सीज़न के अंतिम तीन एपिसोड का फिल्मांकन पनामा का प्रतिनिधित्व करने के लिए पेंसाकोला, फ्लोरिडा में हुआ। प्रत्येक एपिसोड को फिल्माने में आठ दिन लगे और प्रति एपिसोड लगभग $1.4 मिलियन स्थानीय अर्थव्यवस्था में गए। तीसरे सीज़न की शूटिंग डलास में हुई थी और इसका बजट प्रति एपिसोड $3 मिलियन था। लिंकन और ग्रेचेन के पनामा जेल से भागने की बातचीत के कई बाहरी दृश्य पनामा सिटी के कैस्को विएजो क्वार्टर में फिल्माए गए थे। चौथे सीज़न की मुख्य फोटोग्राफी को लॉस एंजिल्स, कैलिफ़ोर्निया में स्थानांतरित कर दिया गया था।
टोरंटो, ऑन्टेरियो
प्रिज़न ब्रेक के पहले तीन सीज़न मुख्य रूप से हॉलीवुड के बाहर फिल्माए गए थे। श्रृंखला के पहले सीज़न का अधिकांश भाग शिकागो और उसके आसपास के स्थानों पर फिल्माया गया था। 2002 में बंद होने के बाद, जोलीट जेल 2005 में प्रिज़न ब्रेक का सेट बन गया, जो स्क्रीन पर फॉक्स रिवर स्टेट पेनिटेंटरी के रूप में खड़ा था। लिंकन की कोठरी, अस्पताल और जेल प्रांगण में सेट सभी दृश्य जेल के स्थान पर ही फिल्माए गए थे। यह आरोप लगाया गया था कि लिंकन की कोठरी वही थी जिसमें सीरियल किलर जॉन वेन गेसी को कैद किया गया था, जिसमें प्रोडक्शन क्रू के कम से कम एक सदस्य ने प्रवेश करने से इनकार कर दिया था, क्योंकि यह प्रेतवाधित होने का आरोप था। जेल में अन्य सेट बनाए गए थे, जिनमें सेल ब्लॉक भी शामिल थे जिनमें सामान्य जेल की आबादी रहती थी; इन ब्लॉकों में कोशिकाओं के तीन स्तर थे (वास्तविक सेल ब्लॉक के चार स्तरों के विपरीत) और अभिनेताओं और कैमरों के लिए अधिक स्थान की अनुमति देने के लिए वास्तविक कोशिकाओं की तुलना में बहुत बड़ी कोशिकाएँ थीं। बाहरी दृश्य शिकागो, वुडस्टॉक और इलिनोइस के जोलीट के आसपास के क्षेत्रों में फिल्माए गए। अन्य स्थानों में शिकागो में ओ'हारे अंतर्राष्ट्रीय हवाई अड्डा और कनाडा में टोरंटो, ओन्टारियो शामिल हैं। प्रिज़न ब्रेक ने इलिनोइस राज्य में प्रति एपिसोड 2 मिलियन डॉलर खर्च किए, जिससे 2005 में उनकी कुल लागत 24 मिलियन डॉलर हो गई। दूसरे सीज़न के लिए नवीनीकृत, प्रिज़न ब्रेक का फिल्मांकन 15 जून 2006 को डलास, टेक्सास में फिर से शुरू हुआ, क्योंकि इसकी निकटता के कारण ग्रामीण और शहरी सेटिंग. डलास के 30 मिनट के दायरे में स्थानों को चुना गया जिसमें लिटिल एल्म, डेकाटुर, मिनरल वेल्स और मैककिनी शामिल थे। इनमें से कई स्थानों का उपयोग विभिन्न अमेरिकी शहरों का प्रतिनिधित्व करने के लिए किया गया था। इस शो के दूसरे सीज़न के दौरान टेक्सास में $50 मिलियन से अधिक खर्च होने की उम्मीद थी। दूसरे सीज़न के अंतिम तीन एपिसोड का फिल्मांकन पनामा का प्रतिनिधित्व करने के लिए पेंसाकोला, फ्लोरिडा में हुआ। प्रत्येक एपिसोड को फिल्माने में आठ दिन लगे और प्रति एपिसोड लगभग $1.4 मिलियन स्थानीय अर्थव्यवस्था में गए। तीसरे सीज़न की शूटिंग डलास में हुई थी और इसका बजट प्रति एपिसोड $3 मिलियन था। लिंकन और ग्रेचेन के पनामा जेल से भागने की बातचीत के कई बाहरी दृश्य पनामा सिटी के कैस्को विएजो क्वार्टर में फिल्माए गए थे। चौथे सीज़न की मुख्य फोटोग्राफी को लॉस एंजिल्स, कैलिफ़ोर्निया में स्थानांतरित कर दिया गया था।