प्रिज़न ब्रेक के प्रथम तीन सीज़नों का फिल्मांकन हॉलीवुड के बाहर किया गया। सीरिज़ के प्रथम सीज़न के अधिकांश भागों की शूटिंग शिकागो एवं उसके आज-पास के इलाकों में हुई।  वर्ष 2002 में बंद कर दिए जाने के पश्चात जोलियेट प्रिज़न ही 2005 में प्रिज़न ब्रेक का सेट बन गया जिसे परदे पर फॉक्स रिवर स्टेट पेनिटेन्शियरी के रूप में देखा जाता है। लिंकन का बंदीगृह, रोगीशाला, प्रिज़न वार्ड आदि के सभी दृश्य प्रिज़न के ही विभिन्न स्थानों पर दिखाए गए है। लिंकन का बंदीगृह वहीं था जिसमें सीरियल किलर जॉन वेन गेसी को बंदी बनाया गया था जहां निर्माण समूह के कम से कम एक सदस्य ने प्रवेश करने से मना कर दिया, क्योंकि वह जगह भूतहा थी। अन्य सेटों का निर्माण भी इसी प्रिज़न में हुआ था जिसमे वे बंदी गृह ब्लाक भी शामिल थे जिनमे सामान्य बन्दियों को आजादी रहती थी। इन ब्लाकों में तीन स्तरीय बंदीगृह (रियल बंदीगृह के दो स्तरीय बंदीगृह की अपेक्षा) थे एवं रियल बंदीगृहों की तुलना में ये बंदीगृह ज्यादा बड़े थे जिससे नायक एवं कैमरा को वहां घूमने में आसानी हो सके।  बाह्यदृश्य का फिल्मांकन शिकागो वुडस्टॉक एवं इलिनोइस के जोलियेट एवं आस-पास के इलाके में हुआ। अन्य स्थानों में शिकागो एवं टोरंटो के ओ-हेयर इंटरनेशनल एयरपोर्ट और कनाडा का ओंटारियो शामिल हैं। प्रिज़न ब्रेक ने इलिनोइस राज्य में प्रत्येक एपिसोड पर दो मिलियन डॉलर खर्च किया और वर्ष 2005 में इसकी कुल लागत $24 मिलियन डॉलर थी।द्वितीय सीज़न के लिए एक नए रूप में प्रिज़न ब्रेक का फिल्मांकन शहरी एवं ग्राम्य परिवेश की निकटता के कारण डल्लास, टैक्सस में जून 15, 2006 को शुरू किया गया। डल्लास से तीस मिनट के व्यास पर स्थानों का चयन किया गया जिनमें लिटिल एल्म, डेकाटूर एवं मिनरल वेल्स शामिल थे। इनमें से अनेक स्थानों का उपयोग अमेरिका के विभिन्न शहरों का प्रतिनिधित्व करने के लिए किया गया। द्वितीय सीज़न के दौरान टैक्सस में इस शो पर 50 मिलियन डॉलर से अधिक खर्च होने की सम्भावना थी। द्वितीय सीज़न के अंतिम तीन एपिसोड का फिल्मांकन पनामा का प्रतिनिधित्व करने हेतु पेंसाकोला एवं फ्लोरिडा में हुआ। प्रत्येक एपिसोड के फिल्मांकन में आठ दिन लगे एवं स्थानीय अर्थव्यवस्था को प्रत्येक एपिसोड से लगभग 1.4 मिलियन डॉलर मिला।
टोरंटो
प्रिज़न ब्रेक के प्रथम तीन सीज़नों का फिल्मांकन हॉलीवुड के बाहर किया गया। सीरिज़ के प्रथम सीज़न के अधिकांश भागों की शूटिंग शिकागो एवं उसके आज-पास के इलाकों में हुई।  वर्ष 2002 में बंद कर दिए जाने के पश्चात जोलियेट प्रिज़न ही 2005 में प्रिज़न ब्रेक का सेट बन गया जिसे परदे पर फॉक्स रिवर स्टेट पेनिटेन्शियरी के रूप में देखा जाता है। लिंकन का बंदीगृह, रोगीशाला, प्रिज़न वार्ड आदि के सभी दृश्य प्रिज़न के ही विभिन्न स्थानों पर दिखाए गए है। लिंकन का बंदीगृह वहीं था जिसमें सीरियल किलर जॉन वेन गेसी को बंदी बनाया गया था जहां निर्माण समूह के कम से कम एक सदस्य ने प्रवेश करने से मना कर दिया, क्योंकि वह जगह भूतहा थी। अन्य सेटों का निर्माण भी इसी प्रिज़न में हुआ था जिसमे वे बंदी गृह ब्लाक भी शामिल थे जिनमे सामान्य बन्दियों को आजादी रहती थी। इन ब्लाकों में तीन स्तरीय बंदीगृह (रियल बंदीगृह के दो स्तरीय बंदीगृह की अपेक्षा) थे एवं रियल बंदीगृहों की तुलना में ये बंदीगृह ज्यादा बड़े थे जिससे नायक एवं कैमरा को वहां घूमने में आसानी हो सके।  बाह्यदृश्य का फिल्मांकन शिकागो वुडस्टॉक एवं इलिनोइस के जोलियेट एवं आस-पास के इलाके में हुआ। अन्य स्थानों में शिकागो एवं टोरंटो के ओ-हेयर इंटरनेशनल एयरपोर्ट और कनाडा का ओंटारियो शामिल हैं। प्रिज़न ब्रेक ने इलिनोइस राज्य में प्रत्येक एपिसोड पर दो मिलियन डॉलर खर्च किया और वर्ष 2005 में इसकी कुल लागत $24 मिलियन डॉलर थी।द्वितीय सीज़न के लिए एक नए रूप में प्रिज़न ब्रेक का फिल्मांकन शहरी एवं ग्राम्य परिवेश की निकटता के कारण डल्लास, टैक्सस में जून 15, 2006 को शुरू किया गया। डल्लास से तीस मिनट के व्यास पर स्थानों का चयन किया गया जिनमें लिटिल एल्म, डेकाटूर एवं मिनरल वेल्स शामिल थे। इनमें से अनेक स्थानों का उपयोग अमेरिका के विभिन्न शहरों का प्रतिनिधित्व करने के लिए किया गया। द्वितीय सीज़न के दौरान टैक्सस में इस शो पर 50 मिलियन डॉलर से अधिक खर्च होने की सम्भावना थी। द्वितीय सीज़न के अंतिम तीन एपिसोड का फिल्मांकन पनामा का प्रतिनिधित्व करने हेतु पेंसाकोला एवं फ्लोरिडा में हुआ। प्रत्येक एपिसोड के फिल्मांकन में आठ दिन लगे एवं स्थानीय अर्थव्यवस्था को प्रत्येक एपिसोड से लगभग 1.4 मिलियन डॉलर मिला।