जनवरी और फरवरी 1554 में, व्याट का विद्रोह भड़क उठा; इसे जल्द ही दबा दिया गया। एलिजाबेथ को अदालत में लाया गया और उनकी भूमिका के बारे में पूछताछ की गई और 18 मार्च को उन्हें टॉवर ऑफ लंदन में कैद कर दिया गया। एलिजाबेथ ने अपनी बेगुनाही का जमकर विरोध किया। हालाँकि इसकी संभावना नहीं है कि उसने विद्रोहियों के साथ मिलकर कोई साजिश रची हो, लेकिन यह ज्ञात है कि उनमें से कुछ ने उससे संपर्क किया था। मैरी के सबसे करीबी विश्वासपात्र, चार्ल्स पंचम के राजदूत साइमन रेनार्ड ने तर्क दिया कि एलिजाबेथ के जीवित रहते उनका सिंहासन कभी सुरक्षित नहीं रहेगा; और चांसलर स्टीफन गार्डिनर ने एलिजाबेथ पर मुकदमा चलाने के लिए काम किया। सरकार में एलिजाबेथ के समर्थकों, जिनमें लॉर्ड पगेट भी शामिल थे, ने मैरी को उसके खिलाफ ठोस सबूतों के अभाव में उसकी बहन को छोड़ने के लिए मना लिया। इसके बजाय, 22 मई को, एलिजाबेथ को टॉवर से वुडस्टॉक ले जाया गया, जहां उसे सर हेनरी बेडिंगफील्ड के आरोप में घर में नजरबंदी के तहत लगभग एक साल बिताना था। रास्ते भर भीड़ ने उनका उत्साहवर्धन किया।
लंदन के टॉवर
जनवरी और फरवरी 1554 में, व्याट का विद्रोह भड़क उठा; इसे जल्द ही दबा दिया गया। एलिजाबेथ को अदालत में लाया गया और उनकी भूमिका के बारे में पूछताछ की गई और 18 मार्च को उन्हें टॉवर ऑफ लंदन में कैद कर दिया गया। एलिजाबेथ ने अपनी बेगुनाही का जमकर विरोध किया। हालाँकि इसकी संभावना नहीं है कि उसने विद्रोहियों के साथ मिलकर कोई साजिश रची हो, लेकिन यह ज्ञात है कि उनमें से कुछ ने उससे संपर्क किया था। मैरी के सबसे करीबी विश्वासपात्र, चार्ल्स पंचम के राजदूत साइमन रेनार्ड ने तर्क दिया कि एलिजाबेथ के जीवित रहते उनका सिंहासन कभी सुरक्षित नहीं रहेगा; और चांसलर स्टीफन गार्डिनर ने एलिजाबेथ पर मुकदमा चलाने के लिए काम किया। सरकार में एलिजाबेथ के समर्थकों, जिनमें लॉर्ड पगेट भी शामिल थे, ने मैरी को उसके खिलाफ ठोस सबूतों के अभाव में उसकी बहन को छोड़ने के लिए मना लिया। इसके बजाय, 22 मई को, एलिजाबेथ को टॉवर से वुडस्टॉक ले जाया गया, जहां उसे सर हेनरी बेडिंगफील्ड के आरोप में घर में नजरबंदी के तहत लगभग एक साल बिताना था। रास्ते भर भीड़ ने उनका उत्साहवर्धन किया।