एक प्रमुख कैथोलिक के साथ मैरी की शादी ने मैरी के सौतेले भाई, अर्ल ऑफ मोरे को लॉर्ड्स अर्गिल और ग्लेनकेरन सहित अन्य प्रोटेस्टेंट लॉर्ड्स के साथ खुले विद्रोह में शामिल होने के लिए प्रेरित किया। मैरी उनका सामना करने के लिए 26 अगस्त 1565 को एडिनबर्ग से निकलीं और 30 तारीख को मोरे एडिनबर्ग में दाखिल हुईं, लेकिन महल पर कब्ज़ा करने में असफल होने के बाद जल्द ही वहां से चली गईं। मैरी अधिक सैनिक जुटाने के लिए अगले महीने एडिनबर्ग लौट आईं। जिसे चेज़अबाउट रेड के नाम से जाना जाता है, मैरी और उसकी सेनाएं और मोरे और विद्रोही लॉर्ड सीधे युद्ध में शामिल हुए बिना स्कॉटलैंड में घूमते रहे। लॉर्ड हंटली के बेटे की रिहाई और बहाली और फ्रांस में निर्वासन से बोथवेल के चौथे अर्ल, जेम्स हेपबर्न की वापसी से मैरी की संख्या में वृद्धि हुई। पर्याप्त समर्थन जुटाने में असमर्थ, मोरे ने इंग्लैंड में शरण के लिए अक्टूबर में स्कॉटलैंड छोड़ दिया। मैरी ने अपनी प्रिवी काउंसिल का विस्तार किया, जिसमें कैथोलिक (रॉस के बिशप जॉन लेस्ली और क्रेगमिलर के एडिनबर्ग के प्रोवोस्ट साइमन प्रेस्टन) और प्रोटेस्टेंट (नए लॉर्ड हंटली, गैलोवे के बिशप अलेक्जेंडर गॉर्डन, टेरेगल्स के जॉन मैक्सवेल और सर जेम्स बालफोर) दोनों को शामिल किया गया। लंबे समय तक, डार्नली अहंकारी हो गया। राजा की पत्नी के रूप में अपनी स्थिति से संतुष्ट नहीं होने पर, उन्होंने क्राउन मैट्रिमोनियल की मांग की, जिससे उन्हें स्कॉटलैंड का सह-संप्रभु बना दिया जाता और अगर वह अपनी पत्नी के जीवित रहते तो स्कॉटिश सिंहासन को अपने पास रखने का अधिकार रखते। मैरी ने उनके अनुरोध को अस्वीकार कर दिया, और उनकी शादी तनावपूर्ण हो गई, भले ही वे अक्टूबर 1565 तक गर्भवती हो गईं। उन्हें अपने कैथोलिक निजी सचिव, डेविड रिज़ियो के साथ उनकी दोस्ती से ईर्ष्या थी, जिसके बारे में अफवाह थी कि वह उनके बच्चे का पिता था। मार्च 1566 तक, डार्नली ने प्रोटेस्टेंट लॉर्ड्स के साथ एक गुप्त साजिश में प्रवेश किया था, जिसमें वे रईस भी शामिल थे जिन्होंने चेज़अबाउट रेड में मैरी के खिलाफ विद्रोह किया था। 9 मार्च को, डार्नली के साथ साजिशकर्ताओं के एक समूह ने होलीरूड पैलेस में एक डिनर पार्टी में गर्भवती मैरी के सामने रिज़ियो की हत्या कर दी। अगले दो दिनों में, निराश डार्नले ने पाला बदल लिया और मैरी ने होलीरूड में मोरे का स्वागत किया। 11-12 मार्च की रात को, डार्नली और मैरी महल से भाग गए और 18 मार्च को एडिनबर्ग लौटने से पहले डनबर कैसल में अस्थायी शरण ली। पूर्व विद्रोहियों लॉर्ड्स मोरे, अर्गिल और ग्लेनकेर्न को परिषद में बहाल कर दिया गया।
मोरे के अर्ल
एक प्रमुख कैथोलिक के साथ मैरी की शादी ने मैरी के सौतेले भाई, अर्ल ऑफ मोरे को लॉर्ड्स अर्गिल और ग्लेनकेरन सहित अन्य प्रोटेस्टेंट लॉर्ड्स के साथ खुले विद्रोह में शामिल होने के लिए प्रेरित किया। मैरी उनका सामना करने के लिए 26 अगस्त 1565 को एडिनबर्ग से निकलीं और 30 तारीख को मोरे एडिनबर्ग में दाखिल हुईं, लेकिन महल पर कब्ज़ा करने में असफल होने के बाद जल्द ही वहां से चली गईं। मैरी अधिक सैनिक जुटाने के लिए अगले महीने एडिनबर्ग लौट आईं। जिसे चेज़अबाउट रेड के नाम से जाना जाता है, मैरी और उसकी सेनाएं और मोरे और विद्रोही लॉर्ड सीधे युद्ध में शामिल हुए बिना स्कॉटलैंड में घूमते रहे। लॉर्ड हंटली के बेटे की रिहाई और बहाली और फ्रांस में निर्वासन से बोथवेल के चौथे अर्ल, जेम्स हेपबर्न की वापसी से मैरी की संख्या में वृद्धि हुई। पर्याप्त समर्थन जुटाने में असमर्थ, मोरे ने इंग्लैंड में शरण के लिए अक्टूबर में स्कॉटलैंड छोड़ दिया। मैरी ने अपनी प्रिवी काउंसिल का विस्तार किया, जिसमें कैथोलिक (रॉस के बिशप जॉन लेस्ली और क्रेगमिलर के एडिनबर्ग के प्रोवोस्ट साइमन प्रेस्टन) और प्रोटेस्टेंट (नए लॉर्ड हंटली, गैलोवे के बिशप अलेक्जेंडर गॉर्डन, टेरेगल्स के जॉन मैक्सवेल और सर जेम्स बालफोर) दोनों को शामिल किया गया। लंबे समय तक, डार्नली अहंकारी हो गया। राजा की पत्नी के रूप में अपनी स्थिति से संतुष्ट नहीं होने पर, उन्होंने क्राउन मैट्रिमोनियल की मांग की, जिससे उन्हें स्कॉटलैंड का सह-संप्रभु बना दिया जाता और अगर वह अपनी पत्नी के जीवित रहते तो स्कॉटिश सिंहासन को अपने पास रखने का अधिकार रखते। मैरी ने उनके अनुरोध को अस्वीकार कर दिया, और उनकी शादी तनावपूर्ण हो गई, भले ही वे अक्टूबर 1565 तक गर्भवती हो गईं। उन्हें अपने कैथोलिक निजी सचिव, डेविड रिज़ियो के साथ उनकी दोस्ती से ईर्ष्या थी, जिसके बारे में अफवाह थी कि वह उनके बच्चे का पिता था। मार्च 1566 तक, डार्नली ने प्रोटेस्टेंट लॉर्ड्स के साथ एक गुप्त साजिश में प्रवेश किया था, जिसमें वे रईस भी शामिल थे जिन्होंने चेज़अबाउट रेड में मैरी के खिलाफ विद्रोह किया था। 9 मार्च को, डार्नली के साथ साजिशकर्ताओं के एक समूह ने होलीरूड पैलेस में एक डिनर पार्टी में गर्भवती मैरी के सामने रिज़ियो की हत्या कर दी। अगले दो दिनों में, निराश डार्नले ने पाला बदल लिया और मैरी ने होलीरूड में मोरे का स्वागत किया। 11-12 मार्च की रात को, डार्नली और मैरी महल से भाग गए और 18 मार्च को एडिनबर्ग लौटने से पहले डनबर कैसल में अस्थायी शरण ली। पूर्व विद्रोहियों लॉर्ड्स मोरे, अर्गिल और ग्लेनकेर्न को परिषद में बहाल कर दिया गया।