दूसरा सीज़न भागने के आठ घंटे बाद शुरू होता है, जो मुख्य रूप से आठ भागने वालों पर केंद्रित है। श्रृंखला के निर्माता पॉल शेउरिंग ने दूसरे सीज़न को "द फ्यूजिटिव टाइम्स आठ" के रूप में वर्णित किया है और इसकी तुलना "द ग्रेट एस्केप के दूसरे भाग" से की है। भगोड़े अलग हो जाते हैं और देश भर के स्थानों की यात्रा करते हैं और अधिकारी उनके पीछे होते हैं क्योंकि वे प्रत्येक अपने व्यक्तिगत लक्ष्यों का पीछा करते हैं। ब्रैड बेलिक को उस जेल से निकाल दिया जाता है जहां वह मुख्य गार्ड के रूप में काम करता था और इनाम की रकम के लिए खुद कैदियों का पीछा करता है। फ़ॉक्स रिवर के एक अन्य कैदी, चार्ल्स वेस्टमोरलैंड द्वारा बहुत पहले दफ़नाए गए बड़े पैमाने पर धन की तलाश में भागने वाले कई लोग फिर से एकजुट हो गए। संघीय एजेंट अलेक्जेंडर महोन को आठ भगोड़ों का पता लगाने और पकड़ने का काम सौंपा गया है, लेकिन पता चला है कि वह कंपनी के लिए काम कर रहा है, जो सभी आठ लोगों को मरवाना चाहती है। जब सारा को पता चलता है कि उसके पिता, गवर्नर फ्रैंक टैनक्रेडी की हत्या कर दी गई है, तो वह माइकल से मिलती है, उसके साथ रहती है क्योंकि भाई कंपनी के सदस्य, वर्तमान राष्ट्रपति रेनॉल्ड्स को नीचे लाने की कोशिश करते हैं। भाइयों की सुरक्षा सुनिश्चित करने के लिए, सारा खुद को गिरफ्तार होने देती है और मुकदमे का सामना करती है। मुकदमे के दौरान, पूर्व गुप्त सेवा एजेंट पॉल केलरमैन की गवाही, जो कंपनी-नियंत्रित राष्ट्रपति के लिए काम करते थे, लिंकन और सारा को दोषमुक्त कर देते हैं। भागने वालों में से आधे मारे गए या फिर पकड़ लिए गए, लेकिन भाई पनामा पहुंच गए। माइकल, टी-बैग, महोन और बेलिक को पनामा के अधिकारियों ने गिरफ्तार कर लिया और पेनिटेंसियारिया फ़ेडरल डी सोना में कैद कर दिया।
आधा
दूसरा सीज़न भागने के आठ घंटे बाद शुरू होता है, जो मुख्य रूप से आठ भागने वालों पर केंद्रित है। श्रृंखला के निर्माता पॉल शेउरिंग ने दूसरे सीज़न को "द फ्यूजिटिव टाइम्स आठ" के रूप में वर्णित किया है और इसकी तुलना "द ग्रेट एस्केप के दूसरे भाग" से की है। भगोड़े अलग हो जाते हैं और देश भर के स्थानों की यात्रा करते हैं और अधिकारी उनके पीछे होते हैं क्योंकि वे प्रत्येक अपने व्यक्तिगत लक्ष्यों का पीछा करते हैं। ब्रैड बेलिक को उस जेल से निकाल दिया जाता है जहां वह मुख्य गार्ड के रूप में काम करता था और इनाम की रकम के लिए खुद कैदियों का पीछा करता है। फ़ॉक्स रिवर के एक अन्य कैदी, चार्ल्स वेस्टमोरलैंड द्वारा बहुत पहले दफ़नाए गए बड़े पैमाने पर धन की तलाश में भागने वाले कई लोग फिर से एकजुट हो गए। संघीय एजेंट अलेक्जेंडर महोन को आठ भगोड़ों का पता लगाने और पकड़ने का काम सौंपा गया है, लेकिन पता चला है कि वह कंपनी के लिए काम कर रहा है, जो सभी आठ लोगों को मरवाना चाहती है। जब सारा को पता चलता है कि उसके पिता, गवर्नर फ्रैंक टैनक्रेडी की हत्या कर दी गई है, तो वह माइकल से मिलती है, उसके साथ रहती है क्योंकि भाई कंपनी के सदस्य, वर्तमान राष्ट्रपति रेनॉल्ड्स को नीचे लाने की कोशिश करते हैं। भाइयों की सुरक्षा सुनिश्चित करने के लिए, सारा खुद को गिरफ्तार होने देती है और मुकदमे का सामना करती है। मुकदमे के दौरान, पूर्व गुप्त सेवा एजेंट पॉल केलरमैन की गवाही, जो कंपनी-नियंत्रित राष्ट्रपति के लिए काम करते थे, लिंकन और सारा को दोषमुक्त कर देते हैं। भागने वालों में से आधे मारे गए या फिर पकड़ लिए गए, लेकिन भाई पनामा पहुंच गए। माइकल, टी-बैग, महोन और बेलिक को पनामा के अधिकारियों ने गिरफ्तार कर लिया और पेनिटेंसियारिया फ़ेडरल डी सोना में कैद कर दिया।