यू॰एस॰ (U.S) ने संगरोध जारी रखा और अगले दिनों में, हवाई जांच ने साबित कर दिया कि सोवियत का मिसाइल प्रणालियों को दूर हटाने का काम प्रगति पर था। 42 मिसाइलों और उनके सहयोगी उपकरणों को आठ सोवियत जहाज पर लाद दिया गया था। 5-9 नवम्बर तक जहाजों ने क्यूबा छोड़ दिया। यू॰एस॰ (U.S.) ने अंतिम दृश्य जांच किया कि हरेक जहाज संगरोधी लाइन को पार चुका हैं या नहीं। सोवियत आईएल-28 बमवर्षकों को हटाने के लिए आगे और भी राजनयिक प्रयासों की जरूरत थी और 5 तथा 6 दिसम्बर को वे तीन सोवियत जहाजों में लाद दिए गए। संगरोध औपचारिक रूप से 20 नवम्बर 1962 को शाम 6:45 ईडीटी (EDT) बजे समाप्त हो गया।यू॰एस॰ (U.S.) एटॉर्नी जनरल रॉबर्ट कैनेडी ने सोवियत राजदूत एंटोनी डोब्रेनि‍न से अपने समझौते में अनौपचारिक रूप से प्रस्ताव दिया कि तुर्की में जूपिटर मिसाइलों को "संकट खत्म होने के कुछ ही दिनों के भीरत" हटा लिया जाएगा.:222  आखिरी यू॰एस॰ (U.S.) मिसाइलों को 24 अप्रैल 1963, तक खोलकर अलग-अलग कर दिया गया और इसके तुरंत बाद उन्हें तुर्की से बाहर भेज दिया गया।कैनेडी-ख्रुश्चेव की इस संधि का व्यावहारिक प्रभाव यह हुआ कि इसने प्रभावी ढंग से क्यूबा में कास्त्रो की स्थिति को मजबूत किया, साथ में निश्चित किया कि यू॰एस॰ (U.S.) क्यूबा पर आक्रमण नहीं करेगा। यह संभव है कि ख्रुश्चेव ने क्यूबा में मिसाइलों को केवल इसलिए रखा था ताकि कैनेडी इटली और तुर्की से मिसाइले हटा ले, जबकि सोवियत का परमाणु युद्ध की शरण में जाने का कोई इरादा नहीं था; बशर्ते अमेरिकियों द्वारा गोली मार कर उनकी हत्या कर दी जाए.[कृपया उद्धरण जोड़ें] बहरहाल, चूंकि दक्षिणी इटली और तुर्की में नाटो (NATO) बेस से जूपिटर मिसाइलों का हटा लिया जाना उस समय सार्वजनिक नहीं किया गया था, इसीलिए ख्रुश्चेव संघर्ष को हारते हुए नजर आते हैं और कमजोर हो जाते है। धारणा यह बनी कि महाशक्तियों के बीच की लड़ाई में कैनेडी जीत गए और ख्रुश्चेव अपमानित हो गए। हालांकि, यह मामला पूरी तरह से ठीक ऐसा नहीं है क्योंकि कैनेडी और ख्रुश्चेव दोनों ने ही उनकी अपनी सरकारों के दबाव के बावजूद पूर्ण संघर्ष को टाल देने के लिए ही हर कदम उठाया. ख्रुश्चेव अगले दो साल तक सत्ता में बने रहे। :102-105
क्यूबा
यू॰एस॰ (U.S) ने संगरोध जारी रखा और अगले दिनों में, हवाई जांच ने साबित कर दिया कि सोवियत का मिसाइल प्रणालियों को दूर हटाने का काम प्रगति पर था। 42 मिसाइलों और उनके सहयोगी उपकरणों को आठ सोवियत जहाज पर लाद दिया गया था। 5-9 नवम्बर तक जहाजों ने क्यूबा छोड़ दिया। यू॰एस॰ (U.S.) ने अंतिम दृश्य जांच किया कि हरेक जहाज संगरोधी लाइन को पार चुका हैं या नहीं। सोवियत आईएल-28 बमवर्षकों को हटाने के लिए आगे और भी राजनयिक प्रयासों की जरूरत थी और 5 तथा 6 दिसम्बर को वे तीन सोवियत जहाजों में लाद दिए गए। संगरोध औपचारिक रूप से 20 नवम्बर 1962 को शाम 6:45 ईडीटी (EDT) बजे समाप्त हो गया।यू॰एस॰ (U.S.) एटॉर्नी जनरल रॉबर्ट कैनेडी ने सोवियत राजदूत एंटोनी डोब्रेनि‍न से अपने समझौते में अनौपचारिक रूप से प्रस्ताव दिया कि तुर्की में जूपिटर मिसाइलों को "संकट खत्म होने के कुछ ही दिनों के भीरत" हटा लिया जाएगा.:222  आखिरी यू॰एस॰ (U.S.) मिसाइलों को 24 अप्रैल 1963, तक खोलकर अलग-अलग कर दिया गया और इसके तुरंत बाद उन्हें तुर्की से बाहर भेज दिया गया।कैनेडी-ख्रुश्चेव की इस संधि का व्यावहारिक प्रभाव यह हुआ कि इसने प्रभावी ढंग से क्यूबा में कास्त्रो की स्थिति को मजबूत किया, साथ में निश्चित किया कि यू॰एस॰ (U.S.) क्यूबा पर आक्रमण नहीं करेगा। यह संभव है कि ख्रुश्चेव ने क्यूबा में मिसाइलों को केवल इसलिए रखा था ताकि कैनेडी इटली और तुर्की से मिसाइले हटा ले, जबकि सोवियत का परमाणु युद्ध की शरण में जाने का कोई इरादा नहीं था; बशर्ते अमेरिकियों द्वारा गोली मार कर उनकी हत्या कर दी जाए.[कृपया उद्धरण जोड़ें] बहरहाल, चूंकि दक्षिणी इटली और तुर्की में नाटो (NATO) बेस से जूपिटर मिसाइलों का हटा लिया जाना उस समय सार्वजनिक नहीं किया गया था, इसीलिए ख्रुश्चेव संघर्ष को हारते हुए नजर आते हैं और कमजोर हो जाते है। धारणा यह बनी कि महाशक्तियों के बीच की लड़ाई में कैनेडी जीत गए और ख्रुश्चेव अपमानित हो गए। हालांकि, यह मामला पूरी तरह से ठीक ऐसा नहीं है क्योंकि कैनेडी और ख्रुश्चेव दोनों ने ही उनकी अपनी सरकारों के दबाव के बावजूद पूर्ण संघर्ष को टाल देने के लिए ही हर कदम उठाया. ख्रुश्चेव अगले दो साल तक सत्ता में बने रहे। :102-105