अपनी सेवानिवृत्ति पर, महाथिर को ग्रैंड कमांडर ऑफ़ द ऑर्डर ऑफ़ द डिफेंडर ऑफ़ द रीयलम नामित किया गया, जिससे उन्हें "टुन" की उपाधि अपनाने की अनुमति मिली। उन्होंने अब्दुल्ला के मंत्रिमंडल में एक उभरती भूमिका को अस्वीकार करते हुए "पूरी तरह से" राजनीति छोड़ने की प्रतिज्ञा की। अब्दुल्ला ने तुरंत ही एक शांत और कम प्रतिकूल प्रधानमंत्री के रूप में अपनी पहचान बना ली। महाथिर की तुलना में अधिक मजबूत धार्मिक साख के साथ, वह 1999 के चुनाव में पीएएस की बढ़त को मात देने में सक्षम थे, और 2004 के चुनाव में बारिसन नैशनल को अब तक की सबसे बड़ी जीत दिलाई, जिसमें उन्होंने 219 संसदीय सीटों में से 199 पर कब्जा कर लिया। महाथिर सीईओ और अध्यक्ष थे, और इसलिए कई प्रमुख मलेशियाई कंपनियों जैसे कि प्रोटॉन, पेरडाना लीडरशिप फाउंडेशन और मलेशिया की सरकारी स्वामित्व वाली तेल और गैस कंपनी पेट्रोनास के वरिष्ठ सलाहकार। 2005 में प्रोटॉन को लेकर महाथिर और अब्दुल्ला के बीच बड़ी अनबन हो गई थी। प्रोटॉन के मुख्य कार्यकारी, जो महाथिर के सहयोगी थे, को कंपनी के बोर्ड ने बर्खास्त कर दिया था। अब्दुल्ला के आशीर्वाद से, प्रोटॉन ने अपनी एक पुरस्कार संपत्ति, मोटरसाइकिल कंपनी एमवी अगस्ता को बेच दी, जिसे महाथिर की सलाह पर खरीदा गया था। महाथिर ने विदेशी कारों के लिए आयात परमिट देने की भी आलोचना की, जिसके बारे में उन्होंने दावा किया कि इससे प्रोटॉन की घरेलू बिक्री प्रभावित हो रही है, और मलेशिया और सिंगापुर के बीच दूसरे मार्ग के निर्माण को रद्द करने के लिए अब्दुल्ला पर हमला किया। महाथिर ने शिकायत की कि उनके विचारों को मलेशियाई प्रेस द्वारा पर्याप्त प्रसारण नहीं मिल रहा था, जिसकी स्वतंत्रता उन्होंने प्रधान मंत्री रहते हुए कम कर दी थी: उनके प्रतिबंधों के लिए पत्रकारों की सुरक्षा समिति द्वारा उन्हें "प्रेस के दस सबसे बुरे दुश्मनों" में से एक नामित किया गया था। समाचार पत्रों और पत्रकारों की यदा-कदा कारावास पर। इसके जवाब में उन्होंने ब्लॉग जगत की ओर रुख किया, एक ऑनलाइन मीडिया समाचार वेबसाइट मलेशियाकिनी के लिए एक कॉलम लिखा और अपना ब्लॉग शुरू किया। उन्होंने 2006 में यूएमएनओ की आम सभा में एक प्रतिनिधि बनने के लिए अपने स्थानीय पार्टी डिवीजन से असफल रूप से चुनाव की मांग की, जहां उन्होंने पार्टी के अब्दुल्ला के नेतृत्व के खिलाफ विद्रोह शुरू करने की योजना बनाई। 2008 के चुनाव के बाद, जिसमें यूएमएनओ ने संसद में अपना दो-तिहाई बहुमत खो दिया, महाथिर ने पार्टी से इस्तीफा दे दिया। 2009 में अब्दुल्ला को उनके डिप्टी नजीब रजाक द्वारा प्रतिस्थापित किया गया, एक ऐसा कदम जिसने महाथिर को पार्टी में फिर से शामिल होने के लिए प्रेरित किया। महाथिर अंतरराष्ट्रीय मामलों पर टिप्पणियों के लिए सेवानिवृत्ति में विवादों को आकर्षित करते रहे। वह इज़राइल के कट्टर आलोचक हैं और उन पर यहूदी विरोधी होने का आरोप लगाया गया है। अपनी 1970 की पुस्तक द मलय डिलेमा में, महाथिर ने लिखा, "यहूदी केवल हुक-नाक वाले नहीं हैं, बल्कि पैसे को सहज रूप से समझते हैं," भावनाओं को उन्होंने 2018 बीबीसी साक्षात्कार में दोहराया जिसमें उन्होंने द होलोकॉस्ट में मारे गए यहूदियों की संख्या पर भी विवाद किया। 2012 के एक ब्लॉग पोस्ट में, उन्होंने पिछले दावों को दोहराते हुए लिखा कि "यहूदी इस दुनिया पर छद्म रूप से शासन करते हैं।" इसके अलावा 2012 में उन्होंने कहा था: "मुझे यहूदी विरोधी करार दिए जाने पर खुशी है... मैं अन्यथा कैसे हो सकता हूं, जब यहूदी जो अक्सर नरसंहार के दौरान झेली गई भयावहता के बारे में बात करते हैं, वही नाजी क्रूरता और कठोरता दिखाते हैं।" न केवल उनके दुश्मनों को बल्कि उनके सहयोगियों को भी अपने फ़िलिस्तीनी दुश्मनों की संवेदनहीन हत्या को रोकने का प्रयास करना चाहिए।" महाथिर ने विश्व स्तर पर युद्ध को समाप्त करने के प्रयास में कुआलालंपुर युद्ध अपराध पहल की स्थापना की, साथ ही इराक, लेबनान और फिलिस्तीनी क्षेत्रों में संयुक्त राज्य अमेरिका, इज़राइल और उसके सहयोगियों की गतिविधियों की जांच करने के लिए कुआलालंपुर युद्ध अपराध आयोग की स्थापना की। उन्होंने यह भी सुझाव दिया है कि 2001 के 11 सितंबर के हमलों को संयुक्त राज्य सरकार द्वारा रचा गया हो सकता है। पिछले दो वर्षों में दो दिल के दौरे के बाद, 2007 में महाथिर को हृदय बाईपास ऑपरेशन से गुजरना पड़ा। 1989 में दिल का दौरा पड़ने के बाद उनका यही ऑपरेशन हुआ था। 2007 के ऑपरेशन के बाद उन्हें सीने में संक्रमण हो गया था। 2010 में सीने में एक और संक्रमण के इलाज के लिए उन्हें अस्पताल में भर्ती कराया गया था।
दोबारा
अपनी सेवानिवृत्ति पर, महाथिर को ग्रैंड कमांडर ऑफ़ द ऑर्डर ऑफ़ द डिफेंडर ऑफ़ द रीयलम नामित किया गया, जिससे उन्हें "टुन" की उपाधि अपनाने की अनुमति मिली। उन्होंने अब्दुल्ला के मंत्रिमंडल में एक उभरती भूमिका को अस्वीकार करते हुए "पूरी तरह से" राजनीति छोड़ने की प्रतिज्ञा की। अब्दुल्ला ने तुरंत ही एक शांत और कम प्रतिकूल प्रधानमंत्री के रूप में अपनी पहचान बना ली। महाथिर की तुलना में अधिक मजबूत धार्मिक साख के साथ, वह 1999 के चुनाव में पीएएस की बढ़त को मात देने में सक्षम थे, और 2004 के चुनाव में बारिसन नैशनल को अब तक की सबसे बड़ी जीत दिलाई, जिसमें उन्होंने 219 संसदीय सीटों में से 199 पर कब्जा कर लिया। महाथिर सीईओ और अध्यक्ष थे, और इसलिए कई प्रमुख मलेशियाई कंपनियों जैसे कि प्रोटॉन, पेरडाना लीडरशिप फाउंडेशन और मलेशिया की सरकारी स्वामित्व वाली तेल और गैस कंपनी पेट्रोनास के वरिष्ठ सलाहकार। 2005 में प्रोटॉन को लेकर महाथिर और अब्दुल्ला के बीच बड़ी अनबन हो गई थी। प्रोटॉन के मुख्य कार्यकारी, जो महाथिर के सहयोगी थे, को कंपनी के बोर्ड ने बर्खास्त कर दिया था। अब्दुल्ला के आशीर्वाद से, प्रोटॉन ने अपनी एक पुरस्कार संपत्ति, मोटरसाइकिल कंपनी एमवी अगस्ता को बेच दी, जिसे महाथिर की सलाह पर खरीदा गया था। महाथिर ने विदेशी कारों के लिए आयात परमिट देने की भी आलोचना की, जिसके बारे में उन्होंने दावा किया कि इससे प्रोटॉन की घरेलू बिक्री प्रभावित हो रही है, और मलेशिया और सिंगापुर के बीच दूसरे मार्ग के निर्माण को रद्द करने के लिए अब्दुल्ला पर हमला किया। महाथिर ने शिकायत की कि उनके विचारों को मलेशियाई प्रेस द्वारा पर्याप्त प्रसारण नहीं मिल रहा था, जिसकी स्वतंत्रता उन्होंने प्रधान मंत्री रहते हुए कम कर दी थी: उनके प्रतिबंधों के लिए पत्रकारों की सुरक्षा समिति द्वारा उन्हें "प्रेस के दस सबसे बुरे दुश्मनों" में से एक नामित किया गया था। समाचार पत्रों और पत्रकारों की यदा-कदा कारावास पर। इसके जवाब में उन्होंने ब्लॉग जगत की ओर रुख किया, एक ऑनलाइन मीडिया समाचार वेबसाइट मलेशियाकिनी के लिए एक कॉलम लिखा और अपना ब्लॉग शुरू किया। उन्होंने 2006 में यूएमएनओ की आम सभा में एक प्रतिनिधि बनने के लिए अपने स्थानीय पार्टी डिवीजन से असफल रूप से चुनाव की मांग की, जहां उन्होंने पार्टी के अब्दुल्ला के नेतृत्व के खिलाफ विद्रोह शुरू करने की योजना बनाई। 2008 के चुनाव के बाद, जिसमें यूएमएनओ ने संसद में अपना दो-तिहाई बहुमत खो दिया, महाथिर ने पार्टी से इस्तीफा दे दिया। 2009 में अब्दुल्ला को उनके डिप्टी नजीब रजाक द्वारा प्रतिस्थापित किया गया, एक ऐसा कदम जिसने महाथिर को पार्टी में फिर से शामिल होने के लिए प्रेरित किया। महाथिर अंतरराष्ट्रीय मामलों पर टिप्पणियों के लिए सेवानिवृत्ति में विवादों को आकर्षित करते रहे। वह इज़राइल के कट्टर आलोचक हैं और उन पर यहूदी विरोधी होने का आरोप लगाया गया है। अपनी 1970 की पुस्तक द मलय डिलेमा में, महाथिर ने लिखा, "यहूदी केवल हुक-नाक वाले नहीं हैं, बल्कि पैसे को सहज रूप से समझते हैं," भावनाओं को उन्होंने 2018 बीबीसी साक्षात्कार में दोहराया जिसमें उन्होंने द होलोकॉस्ट में मारे गए यहूदियों की संख्या पर भी विवाद किया। 2012 के एक ब्लॉग पोस्ट में, उन्होंने पिछले दावों को दोहराते हुए लिखा कि "यहूदी इस दुनिया पर छद्म रूप से शासन करते हैं।" इसके अलावा 2012 में उन्होंने कहा था: "मुझे यहूदी विरोधी करार दिए जाने पर खुशी है... मैं अन्यथा कैसे हो सकता हूं, जब यहूदी जो अक्सर नरसंहार के दौरान झेली गई भयावहता के बारे में बात करते हैं, वही नाजी क्रूरता और कठोरता दिखाते हैं।" न केवल उनके दुश्मनों को बल्कि उनके सहयोगियों को भी अपने फ़िलिस्तीनी दुश्मनों की संवेदनहीन हत्या को रोकने का प्रयास करना चाहिए।" महाथिर ने विश्व स्तर पर युद्ध को समाप्त करने के प्रयास में कुआलालंपुर युद्ध अपराध पहल की स्थापना की, साथ ही इराक, लेबनान और फिलिस्तीनी क्षेत्रों में संयुक्त राज्य अमेरिका, इज़राइल और उसके सहयोगियों की गतिविधियों की जांच करने के लिए कुआलालंपुर युद्ध अपराध आयोग की स्थापना की। उन्होंने यह भी सुझाव दिया है कि 2001 के 11 सितंबर के हमलों को संयुक्त राज्य सरकार द्वारा रचा गया हो सकता है। पिछले दो वर्षों में दो दिल के दौरे के बाद, 2007 में महाथिर को हृदय बाईपास ऑपरेशन से गुजरना पड़ा। 1989 में दिल का दौरा पड़ने के बाद उनका यही ऑपरेशन हुआ था। 2007 के ऑपरेशन के बाद उन्हें सीने में संक्रमण हो गया था। 2010 में सीने में एक और संक्रमण के इलाज के लिए उन्हें अस्पताल में भर्ती कराया गया था।