서열 비교 를 위해 , 전형 적 으로 는 한 서열 이 테스트 서열 과 비교 되 는 참조 서열 로서 의 역할 을 한다 . 서열 비교 알고리즘 을 사용 할 경우 , 테스트 서열 및 참조 서열 을 컴퓨터 에 입력 하 고 , 필요 할 경우 , 서브 서열 좌표 를 지정 하 고 , 서열 알고리즘 프로그램 파라미터 를 지정 한다 . 바람직 하 게 , 디폴트 프로그램 파라미터 를 사용 할 수 있 거나 , 또는 대체 파라미터 를 지정 할 수 있 다 . 이어서 , 서열 비교 알고리즘 은 프로그램 파라미터 에 기초 하 여 참조 서열 과 의 비교 로 테스트 서열 에 대한 서열 동일 성 ( %) 을 계산 한다 .