Illumina Genome Studio v 2011 . 1 [ 유전자 발현 모듈 v 1 . 9 . 0 ] ) 소프트웨어 를 이용 하 여 미 가공 데이터 를 추출 하 고 , 퀀타일 ( quantile ) 정규 화 를 이용 하 여 발현 강도 를 정규 화 하 였 다 20 . 이러 한 정규 화 된 강도 에 기반 하 여 , 종래 에 보 고 된 통합 적 인 통계 방법 을 통해 비종 양성 대장 점막 조직 과 대장 종양 에서 상이 하 게 발현 되 는 유전자 들 을 결정 하 였 다 21 . 요약 하 면 , 스튜던트 t - 검정 및 로그 2 - 중앙값 - 비율 검정 의 두 가지 독립 적 인 검정 을 수행 하 였 다 . 시료 의 임의 순열 ( random - permutation ) 을 통해 수득 한 유전자 의 평균값 은 다르 지 않 을 것 이 라는 가정 의 경험 적 분포 를 이용 하 여 각 검정 에서 의 조정 된 P - 값 을 계산 하 였 다 . 두 가지 검정 에서 얻 은 P - 값 을 조합 하 여 Stouffer 방법 으로 전체 적 인 P - 값 을 계산 하 였으며 22 , 자율 계층 적 군집 화 를 위해 마이크 로 어레이 미 가공 데이터 로부터 | 배수 변화 |> 2 및 P - 값 < 0 . 05 를 만족 하 는 4 , 823 개 DEG 를 선정 하 였 다 . NMF 콘 센서스 군집 분석 을 위하 여 , 마이크 로 어레이 미 가공 데이터 로부터 | 배수 변화 |> 2 및 P - 값 < 0 . 01 을 만족 하 는 1 , 764 개 의 DEG 를 선정 하 였 고 , | 배수 변화 |> 2 및 P - 값 < 0 . 01 을 만족 하 는 1 , 538 개 의 DEG 를 자율 계층 적 군집 화 에 의해 나누 어 진 종양 그룹 으로부터 선정 하 였 다 . 유전자 발현 분석 을 위해 | 배수 변화 |> 1 . 5 및 P - 값 < 0 . 01 의 조건 을 적용 하 여 CRC assigner - 30 에 속하 는 DEG 를 얻 었 으며 , 이 들 은 PAM [ 최 근접 축소 중심 ( nearest shrunken centroids ) - 기반 방법 ] 23 으로 계산 된 높 은 점수 를 가지 는 30 개 유전자 의 그룹 이 다 . 마지막 으로 , GO 생물학 적 과정 및 KEGG ( Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes ) 경로 를 동정 하 기 위해 DAVID 소프트웨어 24 를 이용 하 여 상이 하 게 발현 되 는 유전자 에 대한 증폭 분석 을 수행 하 였 다 .