바이오매스 를 생화학 적 으로 가공 하 는 데 는 혐기성 분해 와 발효 를 이용 한다 . 혐기성 분해 는 박테리아 를 이용 한 소화 와 유사 한 것 으로 음식 찌꺼기 , 가축 분뇨 같 은 유기질 쓰레기 를 공기 를 차단 한 상태 에서 박테리아 를 이용 해서 분해 하 는 것 이 다 . 이 과정 에서 주로 메탄 이 50 퍼센트 이상 함유 된 가스 가 생성 되 는데 , 이것 은 정화 과정 에서 수분 등 을 제거 한 후 열 병합 발전기 에서 전기 와 열 을 생산 하 는 데 이용 한다 . 발효 는 사탕수수 , 사탕무 , 옥수수 등 에 함유 된 당 을 에탄올 로 변환 하 기 위해서 이용 된다 . 액체 바이오 연료 중 에서 가장 일찍 개발 되 어서 수송 용 으로 사용 되 는 것 은 에탄올 이 다 . 에탄올 은 바이오매스 에 함유 되 어 있 는 탄수화물 을 당 으로 변환 한 다음 이것 을 알코올 발효 시켜서 얻 는다 . 사탕수수 나 사탕무 의 경우 에 는 직접 당 을 추출 하 여 알코올 발효 를 시킨다 . 바이오디젤 은 최근 에 개발 된 것 이 지만 전력 생산 이나 난방 용 또는 수송 용 으로 점차 이용 범위 를 넓혀 가 고 있 다 . 바이오디젤 은 메주콩 , 유채 씨앗 , 동물 성 지방 , 폐 식물 성 기름 등 의 바이오매스 로부터 유기질 기름 을 직접 추출 하 여 촉매 의 작용 으로 에탄올 이나 메탄올 과 결합 시켜 에스테르 로 변환 시켜서 얻 는다 .