" 본원 에 사용 된 "" 비교 윈도우 "" 는 2 개 의 서열 을 최적 으로 정렬 시킨 후 에 서열 을 인접 위치 의 동일 한 수 의 참조 서열 과 비교 할 수 있 는 ", 20 내지 600 개 , 통상 적 으로 는 약 50 내지 약 200 개 , 보다 통상 적 으로 는 약 100 내지 약 150 개 로 이루어진 군 으로부터 선택 된 인접 한 위치 의 수 중 임의 의 하나 의 절편 에 대한 것 을 포함 한다 . 비교 를 위한 서열 정렬 방법 은 당업 계 에 널리 공지 되 어 있 다 . 비교 를 위한 서열 의 최적 정렬 은 예 를 들 어 문헌 [ Smith and Waterman , ( 1970 ) Adv . Appl . Math . 2 : 482 c ] 의 국부 상동성 알고리즘 , 문헌 [ Needleman and Wunsch , ( 1970 ) J . Mol . Biol . 48 : 443 ] 의 상동성 정렬 알고리즘 , 문헌 [ Pearson and Lipman , ( 1988 ) Proc . Nat ' l . Acad . Sci . USA 85 : 2444 ] 의 유사 성 검색 방법 , 이 들 알고리즘 의 전산 화 실행 ( 위스콘신 제네 틱 스 소프트웨어 패키지 ( Wisconsin Genetics Software Package ) 의 GAP , BESTFIT , FASTA , 및 TFASTA , 제 네 틱 스 컴퓨터 그룹 ( Genetics Computer Group , 위스콘신주 매디슨 사이언스 드라이브 575 ) ) 또는 수동 정렬 및 육안 검사 ( 예 를 들 어 , 문헌 [ Brent et al . , ( 2003 ) Current Protocols in Molecular Biology ] 참조 ) 에 의해 수행 될 수 있 다 .