우리 는 제 2 장 에서 단순 한 경우 계 의 시간 적 변화 를 지배 하 는 근본 물리 법칙 들 에 대해 이미 살펴보 았 다 . 분자 동역학 을 수행 하 기 위해서 는 분자 간 퍼텐셜 모양 을 선택 하 고 적절 한 운동 방정식 을 생각 하 여야 한다 . 그 다음 으로 는 위상 공간 궤적 을 만들 고 관심 있 는 성질 을 계산 해 내 는 것 이 다 . 사실 분자 동역학 에서 가장 시간 이 많이 걸리 는 부분 은 위상 공간 궤 적 추적 으로 , 그것 은 다음 과 같이 세 부분 으로 나눌 수 있 다 .