비교 하 기 위해 서열 을 최적 으로 배열 하 는 것 은 디폴트 변수 를 이용 하 여 생물 정보 소프트웨어 의 레이저 진 슈트 ( Lasergene suite ) 의 메그 얼라인 ( Megalign ) 프로그램 ( 위스콘신주 매디슨 소재 의 DNASTAR Inc . ) 을 이용 하 여 수행 될 수 있 다 . 이 프로그램 은 하 기 문헌 에 개시 된 여러 정렬 방식 을 실현 한다 : [ Dayhoff , M . O . ( 1978 ) A model of evolutionary change in proteins - Matrices for detecting distant relationships . In Dayhoff , M . O . ( ed . ) Atlas of Protein Sequence and Structure , National Biomedical Research Foundation , Washington DC Vol . 5 , Suppl . 3 , pp . 345 - 358 ] ; [ Hein J . , 1990 , Unified Approach to Alignment and Phylogenes pp . 626 - 645 Methods in Enzymology vol . 183 , Academic Press , Inc . , San Diego , CA ] ; [ Higgins , D . G . and Sharp , P . M . , 1989 , CABIOS 5 : 151 - 153 ] ; [ Myers , E . W . and Muller W . , 1988 , CABIOS 4 : 11 - 17 ] ; [ Robinson , E . D . , 1971 , Comb . Theor . 11 : 105 ] ; [ Santou , N . , Nes , M . , 1987 , Mol . Biol . Evol . 4 : 406 - 425 ] ; [ Sneath , P . H . A . and Sokal , R . R . , 1973 , Numerical Taxonomy the Principles and Practice of Numerical Taxonomy , Freeman Press , San Francisco , CA ] ; [ Wilbur , W . J . and Lipman , D . J . , 1983 , Proc . Natl . Acad . Sci . USA 80 : 726 - 730 ] .