두 아미노산 서열 의 동일 성 퍼센트 는 , 예 를 들 어 Needleman 과 Wunsch ( J Mol Biol 48 : 444 - 453 ( 1970 ) ) 의 알고리즘 을 사용 하 여 결정 될 수 있 으며 , 이 알고리즘 은 GCG 소프트웨어 패키지 의 GAP 프로그램 에 포함 되 어 있 고 ( http : / / www . gcg . com 에서 이용 가능 ) , Blossum 62 매트릭스 또는 PAM 250 매트릭스 와 16 , 14 , 12 , 10 , 8 , 6 , 또는 4 의 갭 가중 치 그리고 1 , 2 , 3 , 4 , 5 , 또는 6 의 길 이 가중치 를 사용 한다 .