본 발명 의 목적 을 위해 , 2 개 의 데 옥시 리보 뉴클레오티드 서열 사이 의 동일 성 의 정도 는 EMBOSS 패키지 의 Needle 프로그램 ( EMBOSS The European Molecular Biology Open Software Suite , Rice et al , 2000 supra ) , 바람직 하 게 는 버전 3 . 0 . 0 또는 그 이후 에서 보충 되 는 바 와 같 은 Needleman - Wunsch 알고리즘 ( Needleman and Wunsch , 1970 , supra ) 을 사용 하 여 결정 된다 . 사용 되 는 선택 적 인 변수 는 10 의 갭 오픈 페널티 , " 0 . 5 의 갭 확장 페널티 및 EDNAFULL ( NCBI NUC 4 . 4 의 EMBOSS 버전 ) 치환 매트릭스 이 다 . "" 가장 긴 동일 성 "" ( - nobnef option 을 사용 하 여 획득 ) 표시 된 Needle 의 출력 은 백분율 동일 성 으로서 사용 되 고 다음 의 ( 동일 한 데 옥시 리보 뉴클레오티드 x 100 ) / ( 배열 의 길 이 - 배열 에서 갭 의 총 수 ) 로서 계산 된다 . "