협동조합 과 세금 - 라이프 인 
 ' 협동조합 제도 개선 10 대 과제 ' 들여다보 기 - 등록 면허세 와 취득세 
 2018 . 10 . 11 10 : 15 
 by 재단법 인 동천 정순 문 변호사 
 협동조합 의 성장 을 위한 제도 개선 과제 중 필두 에 있 는 사항 은 협동 금융 의 활성 화 와 협동조합 에 걸맞 는 조세 제도 의 개선 일 것 이 다 . 이 중 조세 제도 와 관련 하 여 , 현행 세법 은 납세 의 무자 를 영리 와 비 영리 로 만 나누 어 비 영리 법인 에 추가 혜택 을 부여 하 는 방향 으로 구성 되 어 있 을 뿐 , 중간 영역 에 속하 는 협동조합 에 대하 여 는 거의 내용 을 두 고 있 지 않 고 있 다 . 조세 특례 제 한법 이나 지방세 특례 제 한법 ( 이하 ‘ 지 특법 ’) 에서 도 사회 적 기업 및 개별법 상 협동조합 에 대한 일부 의 조세 특례 만 있 을 뿐 , 협동조합 기본법 에 근거 하 여 설립 된 협동조합 에 대한 조세 혜택 은 찾 기 어렵 다 . 사실 혜택 은커녕 , 협동조합 은 과세 현장 에서 아래 와 같이 철저 한 역차별 을 받 고 있 는 상황 이 다 . 
 잦 은 출자금 변동 에 따른 과도 한 등록 면허세 
 협동조합 은 출자금 이 변경 되 는 경우 회계 연도 말 을 기준 으로 그 회계 연도 가 끝난 후 3 개월 이내 에 변경 등기 를 하 여야 하 고 , 이러 한 등기 를 게을리 할 경우 100 만 원 이하 의 과태료 가 부과 된다 . 이 에 따라 협동조합 이 설립등기 또는 변경 등기 를 하 는 경우 에 는 납입 한 금액 의 1 , 000 분 의 4 를 등록 면허세 로 납부 하 여야 하 는데 , 산정 된 등록 면허세 가 112 , 500 만 원 에 미달 하 는 경우 에 는 최저 한 세로 112 , 500 원 을 납부 하 여야 한다 . 나아가 대 도시 에서 협동조합 을 설립 하 거나 출자금 이 증가 하 는 경우 에 는 등록 면허세 가 3 배 로 중과 되 고 , 등록 면허세 의 최저 한 세도 중 과 되 므로 결과 적 으로 등록 면허세 최저 한 세로 337 , 500 원 을 부담 하 게 된다 . 실제로 협동조합 의 설립등기 또는 출자금 증가 로 인한 변경 등기 를 신청 하 는 과정 에서 부대세 를 포함 하 여 40 여 만 원 에 이르 는 등록 면허세 고지서 를 받 고 놀라 는 실무자 들 이 많 다 . 이러 한 등록 면허세 는 미등기 에 따른 과태료 부과 를 회피 하 기 위해 매년 출자금 변경 등기 를 할 수 밖에 없 는 협동조합 의 입장 에서 는 상당 한 부담 이 될 수 밖에 없 다 . 
 등록 면허세 ( 등록 분 ) 는 재산 권 , 기타 권리 의 취득 , 이전 , 변경 또는 소멸 에 관한 사항 을 공부 에 등기 또는 등록 / 등재 하 기 위해 관할 자치 단체 에 신고 하 게 되 어 있 다 ( 사진 출처 - 위 택스 ) 
 그러나 이러 한 등록 면허세 의 최저 한 세 와 그 중 과세 는 출자금 변경 이 잦 은 협동조합 의 본질 적 특성 이 전혀 고려 되 지 않 은 것 으로 생각 된다 . 주식회사 나 비 영리 법인 은 유상 증자 또는 기본 재산 편입 을 하 는 경우 가 많 지 않 고 , 한다고 하 더라도 금액 의 규모 가 매우 커서 최저 한 세 가 문제 되 지 않 는다 . 따라서 주식회사 와 비 영리 법인 의 경우 자본 변동 으로 인한 등록 면허세 를 납부 할 일 이 거의 없 고 , 납부 하 더라도 등기 에 따른 소액 의 행정 비용 으로 치부 될 수 있 다 . 반면 협동조합 은 조합원 의 가입 과 탈퇴 가 자유 롭 다는 조직 의 특성 때문 에 출자금 이 수시로 변동 되 는데 , 이 때 출자 1 좌당 금액 이 낮 은 협동조합 들 은 변동 되 는 금액 이 미미 할 수 있 다 . 그러나 이 경우 에 도 등록 면허세 의 최저 한 세 와 중 과세 가 적용 되 어 변경 등 기시 매년 40 여 만 원 에 이르 는 세금 을 내 야 하 는 것 이 다 . 
 등록세 란 공부 ( 公簿 ) 상 의 등기 나 등록 행위 에 대해 과세 되 는 세금 이 다 . 공부 상 의 등기 또는 등록 을 하 게 되 면 그 공부 상 의 등기 자 또는 등록 자 는 법률 에 의해 일정 한 권리 를 보호 받 을 수 있 다 . 대신 정부 는 그 권리 를 보호 해 주 는 행정 행위 에 대한 반대급부 적 성격 의 수수료 를 권리 자 로부터 징수 하 는데 , 이것 이 바로 등록 면허세 이 다 . 즉 , 등록 면허세 는 등기 라는 행정 서비스 에 대한 일종 의 수수료 인 것 이 다 . 그러나 협동조합 이 현재 부담 하 고 있 는 등록 면허세 는 변경 등기 로 인한 실익 과 비교 할 때 행정 서비스 에 대한 대가 라고 하 기 에 지나친 액수 라고 생각 된다 . 배 보다 배꼽 이 더 큰 상황 이 다 . 
 조직 변경 시 에 발생 하 는 취득세 문제 
 얼마 전 사회 적 협동조합 으로 조직 변경 을 한 주식회사 가 조직 변경 을 원인 으로 부동산 소유 권 이전 등기 를 한 사 안 에서 , 수백만 원 에 이르 는 취득세 가 부과 된 바 있 다 . 지방세법 은 부동산 의 무상 취득 에 대하 여 이 를 취득 한 자 에게 취득세 를 부과 하 도록 규정 하 고 있 으므로 , 과세 관청 은 이 를 근거 로 위 사회 적 협동조합 에 취득세 를 부과 한 것 으로 추정 된다 . 
 지방세법 은 ' 취득 ' 을 " 매매 , 교환 , 상속 , 증여 , 기부 , 법인 에 대한 현물출자 , 건축 , 개수 ( 改修 ) , 공유 수면 의 매립 , 간척 에 의한 토지 의 조성 등 과 그 밖 에 이 와 유사 한 취득 으로서 원시 취득 , 승계 취득 또는 유상 · 무상 의 모든 취득 " 으로 매우 폭넓 게 정의 하 고 있 는 점 ( 지방세법 제 6 조 제 1 호 ) , 대법원 도 지방세법 이 소유 권 이전 의 형식 에 의한 취득 의 모든 경우 를 취득세 과세 대상 으로 파악 하 여 존속 · 신설 법인 이 소멸 법인 의 자산 을 이전 받 는 형식 자체 를 취득세 의 과세 대상 인 취득 이 라고 해석 하 고 있 는 점 ( 대법원 2015 . 12 . 10 . 선고 2015 두 50481 판결 참조 ) , 지방세 체계 상 합병 이나 공유물 과 합유 물 의 분할 · 이 혼시 재산 분할 등 형식 적 취득 이 발생 하 는 경우 에 도 세율 만 감면 해 줄 뿐 여전히 취득세 부과 대상 으로 삼 고 있 는 점 ( 지방세법 제 15 조 , 지 특법 제 57 조 의 2 참조 ) 에 비추 어 보 면 , 조직 변경 을 원인 으로 한 소유 권 이전 등 기 도 어쩔 수 없이 취득세 과세 대상 으로 해석 될 것 으로 보인다 . 관련 하 여 지 특법은 법인세법 상 적격 합병 , 개별법 상 협동조합 이나 새 마을금고 법 상 새 마을금고 간 합병 , 공공 기관 이 근거 법령 의 개정 또는 폐지 로 인하 여 상법 상 의 회사 로 조직 변경 됨 에 따라 취득 하 는 사업 용 재산 등 에서 형식 적 취득 에 대한 취득세 를 면제 해 주 고 있 고 있 으나 ( 지 특법 제 57 조 의 2 참조 ) , 협동조합 기본법 에 따른 협동조합 으로 의 조직 변경 에 관하 여 는 아무런 감면 규정 을 두 고 있 지 않 으므로 , 지 특법에 따른 취득세 감면 도 요원 하 다 . 
 ' 국수나무 ' 프랜차이즈 로 유명 한 해피 브릿지 는 주식회사 에서 협동조합 으로 전환 한 국내 첫 번 째 협동조합 이 다 ( 출처 - 해피 브릿지 홈페이지 ) 
 그러나 주식회사 에서 협동조합 으로 조직 변경 을 하 더라도 법인격 의 실체 가 동일 한 것 이 명백 하 고 , 이 에 따라 협동조합 기본법 도 조직 변경 된 법인 을 권리 , 의무 관계 에서 기존 의 법인 과 같 은 법인 으로 의제 하 고 있 는데 , 여기 에 새로운 ' 취득 ' 이 발생 하 였 다고 가정 하 여 취득세 를 부과 하 는 현행 세법 의 태도 는 부당 하 다 . 기획 재정부 또한 조직 변경 을 한 경우 에 도 " 재산 및 권리 의 이전 을 원인 으로 하 는 국세 및 지방세 " 는 부과 되 지 않 는다는 입장 을 취한 바 있 다 . 나아가 주식회사 에서 협동조합 으로 조직 을 변경 하 면 주식회사 가 보유 했 던 부동산 의 소유 권 이 공유화 , 사회 화 됨 으로써 결과 적 으로 토지 공개념 을 실현 해 나가 는 과정 이 라고 도 볼 수 있 을 것 인데 , 이 를 독려 하 기 는커녕 여기 에 세금 을 부과 해야 한다는 현행 세법 과 과세 관청 의 태도 는 이해 하 기 어렵 다 . 
 협동조합 의 성장 을 위하 여 법령 의 오류 는 당장 시정 되 어야 
 이 와 같이 현행 세법 은 협동조합 이 라는 중간 영역 을 고려 하 지 않 고 설계 되 었 기 때문 에 불 합리 한 과세 사례 가 다수 발생 하 고 있 고 , 향후 협동조합 의 규모 가 커질수록 위 와 같 은 사례 의 수 와 규모 는 더욱 늘어날 것 으로 전망 된다 . 따라서 협동조합 의 중간 적 성격 이나 공공 성 에 대한 명확 한 합의 가 도출 되 면 , 이 를 기초 로 과세 제도 전반 을 개편 할 필요 가 있 다 . 
 특히 위 에서 언급 한 취 등록세 의 문제 는 협동조합 의 성격 에 관한 복잡 한 담론 과 는 무관 하 므로 당장 법령 개정 이 필요 하 다 . 출자금 변경 에 따른 등록 면허세 는 등기 상 변동 되 는 출자 금액 보다 수수료 인 등록 면허세 가 더 클 수 있 다는 점 에서 , 조직 변경 에 따른 취득세 는 권리 의 무 관계 를 그대로 승계 하 는 동일 한 법인 에 대한 과세 이 며 기획 재정부 스스로 의 해석 과 도 맞 지 않 는다는 점 에서 법령 상 의 오류 가 직관 적 으로 명백 하 기 때문 이 다 . 
 이러 한 결과 가 발생 한 이유 는 협동조합 이 라는 존재 하 지 않 던 법인격 이 협동조합 기본법 의 제정 과 함께 신설 되 었 기 때문 이 다 . 새로운 법인격 이 신설 되 면서 관련 법령 이 이 에 발맞추 어 개정 되 지 않 았 기 때문 에 이러 한 오류 가 발생 할 수 있 는 것 은 어찌 보 면 당연 할 수 있 다 . 그러나 협동조합 기본법 이 제정 된 지 벌써 6 년 이 지났 고 , 협동조합 전체 의 자산 이 될 수 있 었 던 수십억 원 의 재산 이 취 등록세 로 납부 되 었 다 . 협동조합 의 공익 성 , 비 영리성 등 이념 적 논쟁 과 무관 하 게 등록 면허세 와 취득세 와 같이 세법 취지 상 불 합리 성 이 명백 한 부분 의 개정 은 , 더 이상 미래 의 과제 로 미루 어 둘 수 없 다고 생각 한다 . 
 ※ 위 글 은 필자 가 서울시 협동조합 지원 센터 소식지 협동 다반사 8 호 에 칼럼 으로 기 고 한 내용 과 서울시 협동조합 지원 센터 가 주최 한 ' 2018 년 협동조합 제도 개선 10 대 과제 토론회 ' 에서 토론 문 으로 발표 한 내용 을 주로 참고 하 여 작성 하 였 다 . 
 재단법인 동천 정순 문 변호사