정해영 의 블로그 - JEONG Haeyoung ' s blog : FASTQ 파일 처리 도구 의 단편 화 ? 
 다양 성 이 라는 것 은 생태 계 에서 보편 적 으로 관찰 되 는 현상 이 고 늘 지켜져야 하 는 미덕 이 기 도 하 다 . 표준 화 또는 산업 화 라는 틀 에서 보 면 평균 에서 벗어나 는 존재 들 이 늘 성가실 수 도 있 다 . 요즘 리눅스 나 안드로이드 의 단편 화 라는 개념 이 종종 보인다 . 각자 나름 대로 의 철학 과 하드웨어 에 맞춘 최적화 ( 특히 휴대폰 의 경우 ) 를 거쳐 리눅스 기반 의 OS 가 조금 씩 변해 가 는데 , 이러 한 현실 은 개발자 에게 는 골칫거리 인 모양 이 다 . 
 FASTQ 파일 을 다루 는 엇비슷 한 도구 가 너무 많 아 지 는 현실 에 대해서 불평 을 해야 할까 ? GitHub 에 는 FASTQ 파일 의 처리 에 쓰이 는 다양 한 소프트웨어 프로젝트 가 꽤 많이 존재 한다 . 간단 하 게 는 awk 스크립트 몇 줄 로 해결 이 되 겠 지만 , 좀 더 수준 이 높 은 조작 을 하 려면 이것 만 으로 는 부족 하 다 . 어떤 것 은 논문 을 통해 발표 되 기 도 하 지만 , SeqAnswers 를 아예 프로그램 소개 의 공간 으로 사용 하 는 개발자 도 있 다 . 
 전 에 는 FASTQ file 2 개 로 이루어진 paired end sequencing 결과물 을 하나 의 interleaved file 로 전환 하 려면 Velvet 에 포함 된 shuffleSequence _ fastq . pl 을 사용 했었 는데 , 이제 는 다른 프로그램 패키지 에 들 어 있 는 스크립트 를 쓰 는 것 이 더 편하 다 . 
 내 가 즐겨 쓰 는 도구 위주 로 정리 를 해 보 겠 다 . 
 일반 적 인 QC 
 FastQC 전체 read 수 는 나오 지만 bp 는 출력 되 지 않 는다 . 트림 / 필터 를 거쳐서 길이 가 균일 하 지 않 은 파일 에 대해서 는 좀 불편 하 다 . 
 PRINSEQ 평소 에 잘 쓰 지 는 않 는다 . 
 Extended QC , trimming , filtering 등 
 FASTX - Toolkit 꽤 역사 가 깊 은 소프트웨어 . 
 SolexaQA quality 에 의한 트리밍 을 거친 뒤 최소 길 이 조건 을 충족 하 는 read 의 pair 를 다시 수립 할 때 종종 사용 하 던 소프트웨어 . 
 Trimmomatic 어댑터 서열 제거 용도 로 요즘 즐겨쓴다 . 가끔 cutadapt 를 쓰 기 도 했 다 . 
 일반 적 인 조작 
 seqtk 백문 이 불여일견 . 웹 사이트 에 나온 사용 례 를 참조 할 것 . 
 전처리 종합 도구 
 khmer 요즘 집중 적 으로 탐구 하 는 중 이 다 . Metagenomic read 처럼 coverage 가 불 균일 하 고 분량 이 많 은 일 루미나 데이터 를 위한 전처리 를 목적 으로 한다 ( digital normalization 및 abundance 기반 의 필터링 ) . Read statistics 계산 , file pair <-> interleaved file 이 전환 , paired read 의 추출 등 일반 용도 의 유틸리티 가 포함 되 어 있 다 .