서열 비교 를 위해 , 전형 적 으로 하나 의 서열 은 테스트 서열 이 비교 되 는 참조 서열 로서 작용 한다 . 서열 비교 알고리즘 을 사용 할 때 , 테스트 및 참조 서열 을 컴퓨터 에 입력 하 고 , 필요 한 경우 , 부분 서열 좌표 를 지정 하 고 , 서열 알고리즘 프로그램 매개 변수 를 지정 한다 . 기본 프로그램 매개 변수 를 사용 할 수 있 거나 대체 매개 변수 를 지정 할 수 있 다 . 이어서 , 서열 비교 알고리즘 은 프로그램 매개 변수 에 기초 하 여 참조 서열 에 대한 테스트 서열 의 퍼센트 서열 동일 성 을 계산 한다 .