바람직 하 게 는 , " "" 서열 동일 성 %"" 는 20 개 이상 의 위치 의 비교 윈도우 에 걸쳐 2 개 의 최적 배열 된 서열 을 비교 함 으로써 결정 되 고 ", 여기 서 , 비교 윈도우 의 폴리 뉴클레오타이드 또는 폴리펩타이드 서열 의 일부 는 2 개 의 서열 의 최적 배열 을 위해 ( 부 가 또는 결실 을 함유 하 지 않 는 ) 기준 서열 과 비교 하 였을 때 20 % 미만 , 일반 적 으로 5 내지 15 % 또는 10 내지 12 % 의 부 가 또는 결실 ( 즉 , 갭 ) 을 포함 할 수 있 다 . % 는 동일 한 핵산 염기 또는 아미노산 잔기 가 2 개 의 서열 에서 발생 하 여 일치 되 는 위치 의 수 를 생성 하 는 위치 의 수 를 측정 하 는 단계 , 일치 된 위치 의 수 를 기준 서열 에 존재 하 는 위치 의 총 수 ( 즉 , 윈도우 수 ) 로 나누 는 단계 , 및 결과 에 100 을 곱하 여 서열 동일 성 의 % 를 생성 하 는 단계 에 의해 계산 된다 .