올리 고 뉴클레오티드 는 정보 를 코딩 하 는 미리 결정 된 서열 의 넓 은 영역 을 집합 적 으로 포괄 하 도록 디자인 될 수 있 다 . 일부 경우 에 , 더 큰 올리 고 뉴클레오티드 는 합성 된 올리 고 뉴클레오티드 를 합치 는 연결 반응 을 통해 생성 된다 . 연결 반응 의 한 예 는 폴리머 라 제 쇄 어셈블리 ( PCA ) 이 다 . 일부 경우 에 , 올리 고 뉴클레오티드 의 적어도 일부 는 범용 프라이머 결합 을 위한 기체 인 추가 된 영역 을 포함 하 도록 디자인 된다 . PCA 반응 의 경우 , 예비 합성 된 올리 고 뉴클레오티드 는 서로 중첩 되 는 부분 ( 예컨대 , 중첩 서열 을 갖 는 4 , 20 , 40 개 또는 이 를 초과 하 는 염기 ) 을 포함 한다 . 폴리머 라 제 사이클 동안 , 올리 고 뉴클레오티드 는 상보 적 단편 에 어닐링 된 다음 폴리머 라 제 에 의해 채워진다 . 따라서 각각 의 사이클 은 올리 고 뉴클레오티드 가 서로 를 발견 하 는냐 에 따라 무작위 적 으로 다양 한 단편 의 길이 를 증가 시킨다 . 단편 사이 의 상보성 은 완전 한 큰 범위 의 이중 가닥 DNA 의 형성 을 가능 하 게 한다 . 일부 경우 에 , PCA 반응 이 완료 된 후 , 서열 내 의 미스 매치 를 제거 하 는 미스 매치 수복 검출 효소 를 사용 하 여 에러 보정 단계 가 수행 된다 . 일단 표적 서열 의 더 큰 단편 이 생성 되 면 , 이 들 은 증폭 될 수 있 다 . 예컨대 , 일부 경우 에 , 5 ' 및 3 ' 말단 어댑터 서열 을 포함 하 는 표적 서열 은 어댑터 서열 에 하이브리드 화 되 는 변형 된 프라이머 를 포함 하 는 폴리머 라 제 연쇄 반응 ( PCR ) 으로 증폭 된다 . 일부 경우 에 , 변형 된 프라이머 는 하나 이상 의 우라실 염기 를 포함 한다 . 변형 된 프라이머 의 사용 은 , 변형 된 염기 및 / 또는 단편 으로부터 의 변형 된 염기쌍 을 절단 하 는 효소 에 의해 남겨진 갭 을 표적 하 는 것 에 집중 하 는 효소 반응 을 통한 프라이머 의 제거 를 가능 하 게 한다 . 잔류 하 는 것 은 어댑터 서열 의 잔재 가 없 는 이중 가닥 증폭 생성물 이 다 . 이 방식 으로 , 동일 한 프라이머 세트 와 병행 하 여 다수 의 증폭 생성물 이 생성 되 어 이중 가닥 DNA 의 상이 한 단편 을 생성 할 수 있 다 .