신 성장 동력 등 RD 공 제시 전담 인원 인건비 공제 에 대한 제언 | 한경 닷컴 
 신 성장 동력 등 R & D 공 제시 전담 인원 인건비 공제 에 대한 제언 
 입력 2020 . 01 . 16 15 : 58 수정 2020 . 01 . 16 15 : 58 
 ◆… 신용범 EY 한영 파트너 . 
 기획 재정부 는 2019 년 세법 개정 의 후속 조치 로 신 성장 동력 · 원천 기술 연구 개발비 세액 공제 대상 기술 을 확대 하 는 조세 특례 제 한법 시행령 개정안 을 2020 년 1 월 5 일 발표 했 다 . 이 에 따라 연구 개발비 가 세액 공제 되 는 신 성장 동력 · 원천 기술 대상 에 첨단 소재 · 부품 · 장비 분야 가 신설 됐 고 대상 기술 은 173 개 에서 223 개 로 확대 됐 다 . 
 홍남기 경제 부총리 겸 기획 재정부 장관 은 지난해 말 가진 송년 간담회 에서 산업 통상 자원 부 가 선정 하 는 100 대 핵심 소재 · 부품 · 장비 품목 은 사실상 모두 신 성장 동력 · 원천 기술 에 포함 되 며 일반 적 인 경우 보다 높 은 세액 공제 를 적용 받 기 때문 에 유망 한 소재 · 부품 · 장비 관련 R & D 가 활성 화 될 것 이 라고 밝힌 바 있 다 . 연구 개발비 세액 공제 대상 기술 확대 를 통해 해당 분야 연구 개발 이 촉진 될 것 이 라는 기대 를 드러낸 것 이 다 . 
 정부 의 신 성장 동력 · 원천 기술 연구 개발비 세액 공제 대상 확대 추진 에 도 불구 하 고 , 기업 쪽 에서 는 정부 정책 으로 인한 실익 이 피부 에 잘 와 닿 지 않 는다고 말 한다 . 자율 주행 관련 기업 부설 연구소 를 운영 하 고 있 는 A 사 의 경우 , 신 성장 동력 · 원천 기술 대상 기술 인 ' 자율 주행 기술 ' 을 연구 하 고 있 다 . 하지만 세액 공제 는 신 성장 동력 · 원천 기술 연구 개발비 세액 공제 가 아닌 일반 연구 인력 개발비 세액 공제 를 적용 하 고 있 다 . 
 이 는 기업 실무 상 자율 주행 전담 부서 인원 이 라 해도 10 % 미만 의 적 은 비중 이나마 가끔 씩 은 일반 연구 개발 업무 를 수행 할 수 밖에 없 는 상황 이 발생 하 기 때문 이 다 . 기업 으로서 는 관련 세법 규정 에 ' 전담 ' 이 라는 용어 가 있 기 때문 에 해당 연구 인원 이 세액 공제 요건 을 충족 하 는지 , 또 향후 세무 조사 에서 문제 가 발생 하 지 는 않 을지 에 대한 우려 가 있 어 일반 연구 인력 개발비 세액 공제 를 적용 하 는 것 이 다 . 
 신 성장 동력 · 원천 기술 연구 개발비 세액 공제 는 그 요건 을 매우 엄격 하 게 정하 고 있 다 . 조 특법 시행령 제 9 조 및 시행 규칙 제 7 조 에서 는 신 성장 동력 · 원천 기술 연구 개발비 세액 공제 를 적용 하 기 위해서 는 신 성장 동력 · 원천 기술 연구 를 전담 하 는 전담 부서 가 있 어야 하 며 , 연구원 의 경우 에 는 신 성장 동력 · 원천 기술 연구 개발 업무 에 만 종사 하 여야 한다고 규정 하 고 있 다 . 
 전담 이 라는 문언 으로 인해 일부 대 기업 을 제외 한 중견 및 중소기업 의 경우 에 는 현실 적 으로 신 성장 동력 · 원천 기술 연구 개발비 세액 공제 의 요건 을 충족 하 기 가 어려운 상황 이 발생 하 고 있 다 . 물론 과세 당국 입장 에서 보 자면 조세 특례 제도 악용 사례 를 근절 하 기 위해 조세 특례 제도 를 엄격 하 게 적용 할 수 밖에 없 는 상황 이 다 . 
 이러 한 현실 적 인 문제 로 인해 정부 가 신 성장 동력 · 원천 기술 을 적극 지원 하 고자 마련 한 조세 특례 제한 제도 가 기업 들 에게 실질 적 으로 도움 을 주 지 못하 고 있 는 상황 이 발생 하 고 있 는 것 으로 보인다 . 
 따라서 , 기업 의 연구 개발 에 대한 투자 의 지 를 북돋우 며 , 보다 정교 하 고 공정 한 세제 혜택 을 위해 연구원 들 의 업무 기여 도 를 반영 해 신 성장 동력 · 원천 기술 연구 개발 과 일반 연구 및 인력 개발 을 구별 하 여 적용 할 수 있 도록 향후 세법 을 개정 하 는 것 이 바람직 하 다고 생각 된다 . 
 이 를 위해 아래 와 같 은 제도 도입 을 생각 해 볼 수 있 다 . 신 성장 동력 · 원천 기술 세액 공제 를 적용 받 으려는 자 에 대한 조건 을 2 가지 로 가져가 는 안 이 다 . 
 우선 , 1 ) 신 성장 동력 · 원천 기술 에 100 % 전담 부서 및 전담 연구원 을 두 는 기업 의 경우 에 는 기존 규정 을 적용 한다 . 2 ) 신 성장 동력 · 원천 기술 을 100 % 전담 하 지 는 않 으나 일정 비율 이상 ( 80 % 이상 ) 을 전담 하 는 부서 및 연구원 을 두 는 기업 의 경우 , 연구원 들 의 업무 시간 및 업무 활동 을 전산 화 및 데이터베이스 ( Database ) 화 할 수 있 는 ERP 장비 또는 시스템 을 갖출 것 을 의무 화 해 세무 신고 시 이 를 첨부 하 여 제출 하 도록 하 고 , 전체 인건비 중 신 성장 동력 · 원천 기술 에 해당 하 는 비율 만 을 신 성장 동력 · 원천 기술 세액 공제 대상 인건비 로 간주 하 는 것 이 다 . 
 이 와 관련 해 현재 대부분 의 중견 및 중소기업 은 주 52 시간 근무 제 실시 등 으로 인해 업무 시간 을 엄격 하 게 관리 하 고 프로젝트 별 로 시간 을 관리 하 는 프로그램 을 이미 갖추 고 있 으므로 추가 적 인 투자 없이 동 항목 을 무리없이 적용 가능 할 것 으로 판단 된다 . 모쪼록 새로운 기술 이 도입 되 고 요구 되 는 시대 의 흐름 에 맞춰 법 적용 에 있 어서 도 이 를 반영 해 입법 취지 를 최대한 살릴 수 있 는 합리 적 이 고 효율 적 인 방안 이 마련 됐 으면 한다 . 
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