폴리펩티드 서열 비교 를 위하 여 , 일반 적 으로 하나 의 서열 이 참 고 서열 로 작용 하 여 , 후보 서열 들 과 비교 된다 . 정렬 은 당업자 에게 이용 가능 한 다양 한 방법 , 예 를 들 어 , 시각 적 정렬 , 또는 최대 정렬 을 달성 하 기 위해 공지 된 알고리즘 을 사용 하 여 공개 적 으로 이용 가능 한 소프트웨어 를 사용 하 여 수행 될 수 있 다 . 이러 한 프로그램 은 BLAST 프로그램 , ALIGN , ALIGN - 2 ( Genentech , South San Francisco , Calif . ) 또는 Megalign ( DNASTAR ) 을 포함 한다 . 최대 정렬 을 달성 하 기 위해 , 정렬 에 사용 된 매개변수 는 당업자 에 의해 결정 될 수 있 다 . 출원 의 목적 을 위한 폴리펩티드 서열 의 서열 비교 를 위해 , 2 개 의 단백질 서열 을 디폴트 매개변수 와 함께 , 정렬 시키 기 위한 BLASTP 알고리즘 표준 단백질 BLAST 가 사용 된다 .