두 서열 의 동일 성 퍼센트 는 이 서열 들 에 의해 공유 된 동일 한 위치 의 수 의 함수 이 며 ( 즉 , 동일 성 % = 동일 한 위치 의 수 / 총 위치 수 x 100 ) , 이때 두 서열 의 최적 정렬 을 위해 도입 되 어야 하 는 갭 의 수 와 각 갭 의 길이 를 고려 한다 . 두 서열 의 서열 비교 와 동일 성 % 결정 은 서열 - 분석 소프트웨어 의 수학 알고리즘 을 이용 하 여 달성 될 수 있 다 . 단백질 분석 소프트웨어 는 보존 성 아미노산 치환 을 포함 하 여 다양 한 치환 , 결실 및 다른 변형 들 에 할당 된 유사 성 값 을 사용 하 여 유사 한 서열 들 을 일치 시킨다 .