또 「 생물 유래 검체 중 에 포함 되 는 게놈 DNA 유래 의 DNA 시료 」 가 , 적어도 1 종류 이상 의 메틸화 감수 성 제 한 효소 로 소화 처리 되 어 이루어지 는 DNA 시료 인 것 을 바람직 한 양태 의 하나 로서 들 수 있 다 . 생물 유래 검체 그 자체 를 미리 메틸화 감수 성 제 한 효소 로 소화 처리 해 둠 으로써 , 제 3 공정 의 메틸 화 된 DNA 의 검출 혹은 정량 을 정밀 도 좋 게 할 수 있 다 . 당해 방법 은 , 상기 한 바 와 같 은 「 DNA 의 남 은 조각 」 을 없애 는데 유용 하 다 . 생물 유래 검체 그 자체 를 메틸화 감수 성 제 한 효소 에 의해 소화 처리 하 는 방법 으로서 는 , 생물 유래 검체 중 에 포함 되 는 게놈 DNA 가 이중 가닥 DNA 로서 존재 하 고 있 는 경우 에 는 , 메틸화 감수 성 제 한 효소 를 이용 하 여 , 일반 적 인 제한 효소 처리 를 실시 하 면 된다 . 또 생물 유래 검체 중 에 포함 되 는 게놈 DNA 가 단일 가닥 DNA 로서 존재 하 고 있 는 경우 또는 생물 유래 검체 중 에 포함 되 는 게놈 DNA 가 이중 가닥 DNA 와 단일 가닥 DNA 의 양자 로서 혼재 하 고 있 는 경우 에 는 , 변법 1 및 변법 2 에 준 한 방법 으로 소화 처리 를 실시 하 면 된다 . 구체 적 으로 는 예 를 들 면 , 검체 액 10 μ L 에 , 최 적 인 10 × 완충액 을 5 μ L , 단일 가닥 DNA 를 소화 할 수 있 는 메틸화 감수 성 제 한 효소 ( HhaI ) 를 15 U , 그 밖 에 , 필요 에 따라 BSA 등 을 적당량 더 하 고 , 다음 에 당해 혼합물 에 멸균 초 순수 를 더 해 액량 을 50 μ L 로 하 여 , 37 ℃ 로 예 를 들 면 1 시간 ∼ 하룻밤 인 큐 베이 션 한다 . 또는 , 검체 액 10 μ L 에 , 최 적 인 10 × 완충액 을 5 μ L , 메틸화 감수 성 제 한 효소 ( HpaII , HhaI ) 를 15 U , 상기 메틸화 감수성 효소 의 인식 배열 중 1 개소 의 특정 개소 에 대한 마스킹 용 올리 고 뉴클레오티드 를 약 15 pmol , 그 밖 에 , 필요 에 따라 BSA 등 을 적당량 더 하 고 , 다음 에 당해 혼합물 에 멸균 초 순수 를 더 해 액량 을 50 μ L 로 하 여 , 37 ℃ 로 예 를 들 면 1 시간 ∼ 하룻밤 인 큐 베이 션 한다 . 또한 , 생물 유래 검체 가 , 미리 정제 되 어 이루어지 는 검체 인 경우 에 는 , 일반 적 으로 이용 되 는 양 의 제한 효소 를 이용 하 여 소화 처리 를 실시 하 면 되 고 , 생물 유래 검체 가 , 조직 용해액 , 세포 용해액 등 인 경우 에 는 , 대 과잉 의 메틸화 감수 성 제 한 효소 , 예 를 들 면 , DNA 량 에 대해 500 배량 또는 그 이상 의 메틸화 감수 성 제 한 효소 를 이용 하 여 소화 처리 를 실시 하 면 된다 .