본원 에서 사용 되 는 바 , " "" 비 교창 "" 은 두 서열 이 최적 으로 정렬 된 후 ", 서열 이 같 은 개수 의 인접 한 위치 로 이루어진 참조 서열 과 비교 될 수 있 는 것 인 , 20 내지 600 개 , 일반 적 으로 는 약 50 내지 약 200 개 , 더욱 일반 적 으로 약 100 내지 약 150 개 로 이루어진 군 으로부터 선택 되 는 인접 한 위치 의 개수 중 어느 하나 로 이루어진 세그먼트 를 언급 하 는 것 을 포함 한다 . 비교 를 위한 서열 정렬 방법 은 당업 계 에 주지 되 어 있 다 . 비교 를 위한 서열 의 최적 의 정렬 은 예컨대 , 문헌 [ Smith & Waterman , Adv . Appl . Math . 2 : 482 ( 1981 ) ] 의 국소 적 상동 성 알고리즘 에 의해 , 문헌 [ Needleman & Wunsch , J . Mol . Biol . 48 : 443 ( 1970 ) ] 의 상동성 정렬 알고리즘 에 의해 , 문헌 [ Pearson & Lipman , Proc . Nat ' l . Acad . Sci . USA 85 : 2444 ( 1988 ) ] 의 유사 성 방법 에 대한 탐색 에 의해 , 이 들 알고리즘 ( 위스콘신 제네 틱 스 소프트웨어 패키지 ( Wisconsin Genetics Software Package , 미국 위스콘신주 매디슨 사이언스 드라이브 575 제 네 틱 스 컴퓨터 그룹 ) 에서 GAP , BESTFIT , FASTA 및 TFASTA ) 의 컴퓨터 화 된 이행 에 의해 , 또는 수동 정렬 및 시각 적 검사 ( 예컨대 , 문헌 [ Current Protocols in Molecular Biology ( Ausubel et al . , eds . 1995 supplement ) ] 참조 ) 에 의해 수행 될 수 있 다 .