카운터 올리 고 뉴클레오티드 를 첨가 할 때 의 바람직 한 양태 로서 는 , 2 가 양 이온 을 함유 하 는 반응계 중 에서 결합 시키 는 것 을 들 수 있 다 . 보다 바람직 하 게 는 , 2 가 양 이온 이 마그네슘 이온 인 것 을 들 수 있 다 . 여기 에서 「 2 가 양 이온 을 함유 하 는 반응계 」 란 , 상기 단일 가닥 DNA ( 플러스 가닥 ) 와 상기 단일 가닥 고정 화 올리 고 뉴클레오티드 를 결합 시키 기 위해 이용 되 는 어닐링 버퍼 중 에 2 가 양 이온 을 함유 하 는 반응계 를 의미 하 고 , 구체 적 으로 는 예 를 들 면 , 마그네슘 이온 을 구성 요소 로 하 는 염 ( 예 를 들 면 , MgOAc 2 , MgCl 2 등 ) 이 1 mM ∼ 600 mM 의 농도 로 포함 되 는 것 이 좋 다 .