염기서열 및 아미노산 서열 의 동일 성 은 , Karlin and Altschul 에 의한 알고리즘 BLAST ( Proc . Natl . Acad . Sci . USA ( 1993 ) 90 : 5873 - 7 ) 에 의해 결정 할 수 있 다 . 이 알고리즘 을 토대 로 하 여 , BLASTN 이나 BLASTX 로 불리 는 프로그램 이 개발 되 어 있 다 ( Altschul et al . , J . Mol . Biol . ( 1990 ) 215 : 403 - 10 ) . BLAST 를 토대 로 하 여 BLASTN 에 의해 염기 서열 을 해석 하 는 경우 에 는 , 파라미터 는 예 를 들 면 score = 100 , wordlength = 12 로 한다 . 또한 , BLAST 를 토대 로 하 여 BLASTX 에 의해 아미노산 서열 을 해석 하 는 경우 에 는 , 파라미터 는 예 를 들 면 score = 50 , wordlength = 3 으로 한다 . BLAST 와 Gapped BLAST 프로그램 을 사용 하 는 경우 에 는 , 각 프로그램 의 디폴트 파라미터 를 사용 한다 . 이 들 의 해석 방법 의 구체 적 인 수법 은 공지 이 다 ( NCBI ( National Center for Biotechnology Information ) 의 BLAST ( Basic Local Alignment Search Tool ) 의 웹 사이트 를 참조 ; http : / / www . ncbi . nlm . nih . gov ) .