게놈 획득 및 / 또는 소실 에 대해 분석 할 게놈 DNA 샘플 은 검출 가능 한 표지 물 로 표지 한다 . 기준 DNA 는 또한 샘플 DNA 대비 검출 가능 한 표지 물 로 표지 한다 . 샘플 및 기준 DNA 는 사용 되 는 샘플 구성 에 따라 동일 하 거나 상이 한 검출 가능 한 표지 물 로 표지 할 수 있 다 . 예 를 들 어 , 여러 가지 검출 가능 한 표지 물 로 표지 된 샘플 DNA 및 기준 DNA 를 , 특정 구 현예 에서 인코딩 입자 에 부착 된 앰 플리 콘 들 과 혼성 화 하 기 위해 , 동일 한 용기 에서 함께 사용 할 수 있 다 . 다른 구 현예 에서 , 검출 가능 한 동일 표지 물 로 표지 된 샘플 DNA 및 기준 DNA 는 입자 에 부착 된 앰 플리 콘 들 과 의 혼성 화 를 위해 분리 된 용기 에서 사용 될 수 있 다 .