상동성 재조합 은 2 개 의 상동성 DNA 분자 간 에 일어난다 . 이것 을 DNA 크로스오버 라고 도 한다 . 상동성 재조합 에 의하 여 한 DNA 세그먼트 가 유사 한 서열 을 가진 다른 DNA 세그먼트 를 대체 할 수 있 다 . 이 과정 은 DNA 의 상동성 영역 간 의 파괴 및 재 연합 을 포함 하 며 , 이것 은 특수 효소 에 의해 매개 된다 . 이 기술 은 게놈 내 의 어떤 다른 유전자좌 에 는 영향 없이 한 대립 형질 을 유전 조작 된 구성체 로 대체 하 는 것 을 가능 하 게 한다 . 상동성 재조합 을 이용 하 여 숙주 세포 게놈 의 특정 의 기지 유전자좌 에 트랜스 젠 의 삽입 을 지시 하 는 것 이 가능 하 다 . 표적 유전자좌 의 DNA 서열 을 알 면 어떤 유전자 를 유전 적 으로 변형 된 DNA 구성체 로 대체 함 으로써 표적 서열 을 치환 하 거나 결실 시키 는 것 이 가능 하 다 . 이 기술 은 정상 유전자 를 발견 하 여 분리 한 다음 , " 그것 을 결함 있 는 카피 로 생체 내 치환 함 으로써 그 기능 을 결정 하 는 것 을 포함 한다 . 이 과정 은 "" 유전자 녹아웃 "" 이라고 알려져 있 으며 ", 이것 은 상동성 재조합 을 이용 한 특정 유전자 의 표적 화 를 가능 하 게 한다 . 표적 유전자 의 클로닝 된 카피 를 이 들 이 기능 을 상실 하 도록 변경 한 다음 ES 세포 에 도입 하 면 , 거기 서 이 들 이 세포 게놈 의 상동성 유전자 와 재조합 되 어 정상 유전자 가 기능 이 상실 된 카피 로 치환 된다 .