자의 적 인 세무 조사 의 위험 마저 있 어 조세 공평 의 원칙 에 현저히 반하 는 예외 적 인 경우 를 제외 하 고 는 금지 될 필요 가 있 으므로 ( 대법원 2010 . 12 . 23 . 선고 2008 두 10461 판결 참조 ) , 구 국세 기본법 제 81 조 의 4 , 구 국세 기본법 시행령 ( 2013 . 2 . 15 . 대통령령 제 24366 호 로 개정 되 기 전 의 것 , 이하 ‘ 구 국세 기본법 시행령 ’ 이 라 한다 ) 제 63 조 의 2 및 구 조사 사무 처리 규정 제 12 조 에서 중복 세무 조사 금지 를 정하 고 있 다 . 
 위 와 같 은 입법 취지 와 관련 규정 들 에 비추 어 보 면 , 구 국세 기본법 제 81 조 의 4 제 2 항 각호 및 구 국세 기본법 시행령 제 63 조 의 2 각호 에서 정한 예외 적 인 사유 에 해당 하 지 않 는 한 중복 세무 조사 는 허용 되 지 않 고 , 과세 관청 은 세무 조사 착수 후 라도 중복 세무 조사 사실 이 확인 되 는 경우 에 는 즉시 조사 를 철회 하 고 조사 반 을 철수 하 는 등 필요 한 조치 를 취하 여야 하 며 ( 구 조사 사무 처리 규정 제 12 조 제 1 항 ) , 부분 조사 가 이루어진 부분 에 대하 여 전부 조사 라는 명목 으로 다시 조사 할 수 도 없 다 ( 구 조사 사무 처리 규정 제 12 조 제 3 항 ) . 다만 구 조사 사무 처리 규정 제 12 조 제 1 항 단서 전단 , 제 3 조 제 2 호 는 자료상 혐의 자료 , 위장 가공 자료 , 범칙 조사 파생 자료 중 세무 조사 에 의하 지 않 고 단순 사실 확인 만 으로 처리 할 수 있 는 업무 , 세무 조사 과정 에서 실시 하 는 납세자 의 거래처 또는 거래 상대방 에 대한 사실 여부 확인 , 민원 처리 등 을 위한 현지 출장 · 확인 이나 탈세 제보 자료 , 과세 자료 등 의 처리 를 위한 일회성 확인 업무 등 은 현장 확인 으로서 세무 조사 에 해당 하 지 않 는다고 규정 하 고 있 다 . 
 ( 2 ) 이 사건 조사 가 세무 조사 인지 현장 확인 인지 에 관하 여 보 건대 , 앞서 본 인정 사실 , 앞서 든 증거 및 을 6 호 증 의 각 기재 에 변론 전체 의 취지 를 종합 하 여 인정 할 수 있 는 다음 의 사정 , 즉 ① 조사 담당 공무원 들 은 이 사건 조사 당시 이 사건 부동산 을 방문 하 여 이 사건 양수 법인 의 대표 소외 1 에게 소외 1 명의 로 작성 된 확인서 의 진정 성립 여부 를 확인 한 이외 에 도 소외 1 과 이 사건 양수 법인 의 직원 에게 이 사건 공사 여부 등 에 관하 여 질문 하 고 답변 을 들 은 후 그 내용 을 기재 한 진술서 를 받 고 , 옥외 크레인 의 설치 여부 와 관련 하 여 유형 자산 감가상각비 명세서 를 제출 받 았 는데 , 이 는 단순히 이 사건 공사 와 관련 하 여 기존 에 과세 관청 이 확보 하 고 있 는 소외 1 명의 로 작성 된 확인서 등 의 과세 자료 처리 를 위한 일회성 확인 이 아니 라 질문 조사 권 또는 질문 검사 권 에 근거 하 여 납세자 의 거래처 또는 거래 상대방 에 대한 거래 사실 등 사실 관계 여부 를 확인 한 업무 에 해당 한다고 보이 는 점 , ② 그런데 구 조사 사무 처리 규정 제 3 조 제 2 호 다목 에서 는 위 와 같 은 거래 상대방 에 대한 거래 사실 등 사실 관계 여부 확인 은 ‘ 세무 조사 과정 에서 실시 하 는 ’ 것 으로 한정 하 고 있 고 , ‘ 거래 상대방 에 대한 조사 가 필요 한 경우 ’ 는 구 국세 기본법 제 81 조 의 4 제 2 항 제 2 호 에서 예외 적 재조사 허용 사유 중 하나 로 규정 하 고 있 으므로 , 세무 조사 가 종료 된 이후 동일 한 세목 및 과세 기간 에 대하 여 거래 상대방 에 대한 거래 사실 등 사실 관계 여부 를 추가 로 확인 하 는 것 은 현장 확인 이 아니 라 세무 조사 에 해당 한다고 할 것 인데 , 이 사건 조사 는 1 차 세무 조사 가 종료 된 후 1 년 8 개월 여 가 지나 이 사건 공사비 를 필요 경비 로 인정 할지 여부 에 관하 여 거래 상대방 에 대하 여 이루어진 점 등 에 비추 어 이 사건 조사 는 금지 되 는 중복 세무 조사 에 해당 한다 . 
 나 ) 이 사건 처분 이 이 사건 조사 에 기초 한 것 인지 여부 
 ( 1 ) 납세자 에 대한 부과 처분 이 종전 과 같 은 세목 및 같 은 과세 기간 에 대하 여 중복 하 여 실시 된 위법 한 세무 조사 에 기초 하 여 이루어진 경우 에 는 위법 하나 ( 대법원 2006 . 6 . 2 . 선고 2004 두 12070 판결 참조 ) , 과세 관청 이 중복 하 여 실시 한 위법 한 세무 조사 로 얻 은 과세 자료 를 판단 의 근거 로 삼 지 않 고 부과 처분 을 하 거나 , 위법 한 세무 조사 에 의한 과세 자료 를 배제 하 고서 도 납세자 에 대한 부과 처분 과 동일 한 부과 처분 이 가능 한 경우 에 는 납세자 에 대한 부과 처분 은 위법 한 세무 조사 에 기초 하 여 이루어진 것 이 아니 어서 허용 된다고 할 것 이 다 . 
 ( 2 ) 갑 1 내지 4 , 6 , 8 호 증 , 을 1 내지 3 , 5 , 10 내지 12 호 증 ( 가지번호 가 있 는 경우 가지번호 포함 ) 의 각 기재 에 변론 전체 의 취지 를 종합 하 면 , 원고 는 1 차