탐침 의 구조 는 크 게 3 가지 영역 으로 나누 어 지 며 , 구아닌 인식 슬라이드 에 고정 화 되 는 영역 , 목표 유전자 와 반응 하 는 영역 그리고 이 두 영역 을 연결 하 며 일정 한 공간 을 만들 어 주 는 영역 으로 나누 어 지 며 , 공간 을 만들 어 주 는 영역 은 경우 에 따라 생략 가능 한 영역 이 다 . 표 1 의 탐침 2 를 예 로 들 면 슬라이드 에 고정 화 될 영역 GGGGGGGGG , 공간 을 만들 어 주 는 영역 TTT , 목표 유전자 와 반응 하 는 영역 ATGACAGAAGTCATCTAAGGACG 을 예 로 들 수 있 으며 , 이 는 여기 에 국한 되 지 않 고 모든 탐침 설계 에 적용 되 는 기술 이 며 , 또한 구아닌 의 연속 되 는 숫자 는 9 개 에 국한 되 지 않 으며 , 5 ~ 15 범위 에서 도 가능 하 고 , 공간 을 만들 어 주 는 영역 은 A , T , C 중 어떤 염기 든 제한 을 두 지 않 으며 , 서열 순서 에 도 제한 을 두 지 않 으며 , 염기 숫자 또한 0 ~ 12 정도 로 제한 을 두 지 않 는다 . 또한 목표 유전자 는 표 1 의 염기 서열 전체 또는 일부 를 포함 하 는 서열 로 제한 을 둔다 . 표 1 의 탐침 중 C 1 은 칩 과 PCR 결과물 과 의 반응 시 교잡 할 수 있 는 탐침 으로 이 에 상보 적 인 Cy 3 labeled primer 가 PCR 시약 에 포함 되 어 있 어 증폭 유무 와 상관없이 증폭 결과 와 교잡 반응 을 하 면 항상 양성 으로 나오 는 양성 대조 이 다 . 이 는 두 가지 역할 을 할 수 있 는데 , 첫째 는 칩 분석 시 전체 탐침 들 의 기준 을 잡 을 수 있 는 것 이 고 , 둘째 는 교잡 반응 이 잘못 되 었 을 때 이 탐침 을 대 조군 으로 결과 를 분석 할 수 있 는 것 이 다 . 또한 , C 2 탐침 은 칩 교잡 반응 시 비 특이 적 으로 붙 는 것 을 확인 하 기 위한 음성 대조 이 다 .