플래그 폴 은 crRNA 및 tracr 둘 모두 로부터 의 부분 을 함유 한다 . crRNA 플래그 폴 영역 은 tracr 의 일부분 과 상보 적 이 고 , 실시 형태 에서 , 적어도 일부 생리 적 조건 , 예 를 들 어 정상 적 인 생리 적 조건 하 에서 이중 영역 을 형성 하 기 에 충분 한 tracr 의 일부분 에 대한 상보성 을 갖 는다 . 실시 형태 에서 , crRNA 플래그 폴 영역 은 5 내지 30 뉴클레오타이드 길이 이 다 . 실시 형태 에서 , crRNA 플래그 폴 영역 은 5 내지 25 뉴클레오타이드 길이 이 다 . crRNA 플래그 폴 영역 은 박테리아 CRISPR 배열 로부터 의 반복 서열 의 자연 적 발생 부분 과 상동성 을 공유 할 수 있 거나 , 이 로부터 유래 될 수 있 다 . 실시 형태 에서 , 본원 에 개시 된 crRNA 플래그 폴 영역 , 예 를 들 어 S . 피 오 게 네스 또는 S . 써 모필 루스 , crRNA 플래그 폴 영역 과 적어도 50 % 의 상동 성 을 갖 는다 .