PCR 은 실험 방법 이 간단 하 며 , 소량 의 DNA 를 이용 해서 짧 은 시간 에 간편 하 게 많 은 수 의 시료 에 대한 실험 을 수행 할 수 있 으나 재현 성 에서 문제점 이 확인 되 고 있 다 . RFLP 에 의한 유전자 지문 은 DNA 분석 용 으로 는 별다른 불편 한 점 이 없 으나 , 유 전자 지문 에 비해 여러 가지 프로브 에 대한 적용 이 어렵 기 때문 에 다양 한 DNA 의 다형성 ( polymorphism ) 을 관찰 할 수 가 없 지만 , 염기 서열 을 알 지 못하 는 영역 에 대해서 특정 제한 사이트 ( restriction site ) 의 유무 를 손쉽 게 판별 할 수 있 는 장점 을 가지 고 있 다 .