이 들 모델링 된 구조 를 이용 하 여 , 에 피토프 와 파라 토프 사이 의 상호 작용 에서 가장 중요 한 잔기 를 예측 할 수 있 다 . 이 에 따라 , 한 실시 양태 에서 , 항체 의 결합 특성 을 변경 시키 기 위해 어떠 한 잔기 를 변화 시킬지 용이 하 게 선택 할 수 있 다 . 예 를 들 어 , 도킹 모델 로부터 파 라토프 의 특정 잔기 의 측쇄 가 에 피토프 의 결합 을 입체 적 으로 방해 할 수 있 음 이 분명 해질 수 있 으며 , 이 에 따라 이 들 잔기 를 보다 작 은 측쇄 를 갖 는 잔기 로 변경 시키 는 것 이 유익 할 수 있 다 . 이 는 다수 의 방식 으로 결정 할 수 있 다 . 예 를 들 어 , 간단 하 게 2 개 의 모델 을 관찰 하 고 , 관능기 및 근접 성 을 기반 으로 상호 작용 을 평가 할 수 있 다 . 대안 적 으로 , 보다 유리 한 에너지 상호 작용 을 수득 하 기 위해 상기 기재 된 바 와 같이 에 피토프 및 파 라토프 의 반복 되 는 쌍 형성 을 수행 할 수 있 다 . 또한 , 항체 의 다양 한 변이체 에 대한 이 들 상호 작용 을 결정 하 여 항체 가 에 피토프 에 결합 할 수 있 는 대안 적 인 방식 을 결정 할 수 있 다 . 또한 , 다양 한 모델 을 조합 하 여 , 원 하 는 특정 한 특성 을 갖 는 항체 를 수득 하 기 위해 항체 의 구조 를 변경 시키 는 방법 을 결정 할 수 있 다 .