대해서 만 장기 보유 특별 공제 가 적용 되 는 것 이 아니 라 전체 양도 차익 에 대하 여 장기 보유 특별 공제 가 적용 된다고 주장 하 면서 2015 . 6 . 9 . 피고 에게 양 도 소득세 122 , 531 , 588 원 을 환급 해 달 라는 내용 의 경정 청구 를 하 였으나 , 피고 는 2015 . 8 . 7 . 원고 에게 ‘ 이 사건 조합원 입주 권 의 관리 처분 계획 인가 일 이후 의 양 도 차익 에 대하 여 는 장기 보유 특별 공제 가 적용 되 지 않 는다 ’ 는 이유 로 위 경정 청구 를 거부 하 였 다 ( 이하 ‘ 이 사건 처분 ’ 이 라 한다 ) . 
 마 . 원고 는 이 사건 처분 에 불복 하 여 2015 . 8 . 25 . 이 의 신청 하 였으나 2015 . 9 . 18 . 기각 되 었 고 , 2015 . 12 . 15 . 조세 심판원 에 심판 청구 를 하 였으나 2016 . 3 . 22 . 기각 되 었 다 . 
 [ 인정 근거 ] 갑 제 1 내지 8 호 증 , 을 제 1 호 증 의 각 기재 , 변론 전체 의 취지 
 2 . 이 사건 처분 의 적법 여부 
 가 . 원고 의 주장 
 이 사건 조합원 입주 권 은 1 세대 1 주택 으로 의제 되 므로 , 장기 보유 특별 공제 적용 대상 양도 차익 은 관리 처분 계획 인가 전 양 도 차익 으로 한정 되 는 것 이 아니 라 전체 양도 차익 으로 보 아야 한다 . 따라서 이 와 다른 전제 에 선 이 사건 처분 은 위법 하 다 . 
 나 . 관계 법령 
 별지 관계 법령 기재 와 같 다 . 
 다 . 판단 
 아래 와 같 은 사정 들 에 비추 어 보 면 , 이 사건 처럼 1 세대 1 주택 을 보유 하 던 자 가 취득 한 조합원 입주 권 ( 9 억 원 초과 ) 을 양도 하 는 경우 에 도 양 도시 까지 의 양 도 차익 에 따른 장기 보유 특별 공제 가 적용 되 어야 한다 . 따라서 이 와 다른 전제 에 선 이 사건 처분 은 위법 하 다 . 
 ① 구 소득세법 시행령 ( 2015 . 6 . 1 . 법률 제 26302 호 로 개정 되 기 전 의 것 , 이하 같 다 ) 제 155 조 제 17 항 에 따라 구 소득세법 ( 2015 . 3 . 10 . 법률 제 13206 호 로 개정 되 기 전 의 것 , 이하 같 다 ) 제 89 조 에서 규정 하 는 비 과세 대상 인 1 세대 1 주택 으로 의제 되 는 이상 , 구 소득세법 제 95 조 에서 규정 하 는 장기 보유 특별 공제 대상 이 되 는지 를 판 단함 에 있 어서 도 주택 으로 봄 이 상당 하 다 . 
 ② 비 과세 대상 이 아닌 1 세대 1 주택 을 소유 하 다가 양도 하 는 경우 에 는 장기 보유 특별 공제 가 적용 되 는 반면 , 비 과세 대상 이 아닌 1 세대 1 주택 을 소유 하 다가 취득 한 조합원 입주 권 을 양도 하 는 경우 에 장기 보유 특별 공제 대상 에 해당 하 지 않 는다고 해석 하 다면 양자 사이 에 합리 적 인 근거 없 는 차별 이 발생 한다 . 
 ③ 소득세법 이 2013 . 1 . 1 . 법률 제 11611 호 로 개정 되 면서 제 95 조 제 2 항 에 ‘ 94 조 에 제 1 항 제 2 호 가목 에 따른 자산 중 조합원 입주 권 ( 조합원 으로부터 취득 한 것 은 제외 한다 ) 에 대하 여 그 자산 의 양 도 차익 ( 조합원 입주 권 을 양도 하 는 경우 에 는 「 도시 및 주거 환경 정비 법 」 제 48 조 에 따른 관리 처분 계획 인가 전 토지 분 또는 건물 분 의 양 도 차익 으로 한정 한다 ) 에 “ 부분 이 추가 되 었 다 . 그러나 종래 대법원 은 “ 구 소득세법 ( 2005 . 12 . 31 . 법률 제 7837 호 로 개정 되 기 전 의 것 ) 제 89 조 제 3 호 , 제 95 조 , 구 소득세법 시행령 ( 2005 . 2 . 19 . 대통령령 제 8705 호 로 개정 되 기 전 의 것 ) 제 154 조 , 제 155 조 제 16 항 , 제 156 조 , 제 159 조 의 2 제 2 호 , 제 160 조 의 취지 를 종합 하 면 , 재건축 조합 의 조합원 이 기존 주택 과 토지 를 재 건축 조합 에 제공 하 고 승인 된 사업 계획 에 따라 당해 조합 을 통하 여 취득 한 입주자 로 선정 된 지위 ( 분양 권 ) 를 양도 하 는 경우 구 소득세법 시행령 제 154 조 제 1 항 소정 의 1 세대 1 주택 비 과세 요건 을 갖춘 경우 에 는 그 분양 권 은 ‘ 부동산 을 취득 할 수 있 는 권리 ’ 에 해당 함 에 도 불구 하 고 시행령 제 155 조 제 16 항 이 정하 는 바 에 따라 ‘ 주택 ’ 으로 의제 되 고 ( 대법원 2005 . 3 . 11 . 선고 2004 두 9456 판결 참조 ) , 그 양 도 당시 실지 거래 가액 이 6 억 원 을 초과 하 는 고가 주택 에 해당 하 여 양 도 소득세 가 부과 되 는 경우 에 는 장기 보유 특별 공제 를 받 을 수 있 다 ( 대법원 2007 . 6 . 14 . 선고 2006 두 16854 판결 ) ” 는 입장 이 었 고 , 위 소득세법 개정 에 도 불구 하 고 현재 위 와 같 은 대법원 입장 을 변경 할 필요 성 은 특별히 엿보이 지 않 는다 . 
 3 . 결론 
 원고 의 청구 는 이유 있 어 이 를 인용 하 기 로 하 여 주문 과 같이 판결 한다 . 
 [ 별지 생략 ] 
 
 판사 <| name _ start |> 곽 은 정 <| name _ end |> 
 
 
 
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 서울 행정 법원 2016 . 11 . 24 . 선고 2016 구단 60150 판결 육아 휴직급 여부 지