동일 성 : 본 명세서 에서 사용 되 는 용어 , “ 동일 성 ” 은 폴리머 분자 들 간 의 , 예컨대 , 폴리뉴클레오티드 분자 들 ( 예컨대 , DNA 분자 들 및 / 또는 RNA 분자 들 ) 간 의 및 / 또는 폴리펩티드 분자 들 간 의 전체 적 인 관련 성 을 지칭 한다 . 2 개 폴리뉴클레오티드 서열 들 의 퍼센트 동일 성 의 계산 은 , 예 를 들 면 , 최적 의 비교 를 위해 2 개 의 서열 들 을 정렬 함 으로써 수행 될 수 있 다 ( 예컨대 , 최적 정렬 을 위해 제 1 및 제 2 핵산 서열 들 중 하나 또는 둘 모두 에 갭 이 도입 될 수 있 고 비 - 동일 성 서열 들 은 비교 목적 에서 무시 될 수 있 다 ) . 특정 구체 예 들 에서 , 비교 목적 을 위해 정렬 된 서열 의 길이 는 기준 서열 의 최소한 30 %, 최소한 40 %, 최소한 50 %, 최소한 60 %, 최소한 70 %, 최소한 80 %, 최소한 90 %, 최소한 95 %, 또는 100 % 길이 이 다 . 그 후 상응 하 는 뉴클레오티드 위치 들 에서 의 뉴클레오티드 들 을 비교 한다 . 제 1 서열 에서 의 위치 가 제 2 서열 의 상응 하 는 위치 에서 와 동일 한 뉴클레오티드 에 점유 되 면 , 이 때 이 분자 들 은 해당 위치 에서 동일 하 다 . 2 개 서열 들 간 퍼센트 동일 성 은 , 갭 의 수 , 그리고 2 개 서열 들 의 최적 정렬 을 위해 도입 될 필요 가 있 는 각 갭 의 길이 를 고려 한 , 해당 서열 들 이 공유 하 는 동일 한 위치 들 의 수 의 함수 이 다 . 2 개 서열 들 간 의 퍼센트 동일 성 의 서열 비교 및 결정 은 수학 적 알고리즘 을 사용 하 여 이루어질 수 있 다 . 예 를 들 면 , 2 개 뉴클레오티드 서열 들 간 의 퍼센트 동일 성 은 , 가령 , Computational Molecular Biology , Lesk , A . M . , ed . , Oxford University Press , New York , 1988 ; Biocomputing : Informatics and Genome Projects , Smith , D . W . , ed . , Academic Press , New York , 1993 ; Sequence Analysis in Molecular Biology , von Heinje , G . , Academic Press , 1987 ; Computer Analysis of Sequence Data , Part I , Griffin , A . M . , and Griffin , H . G . , eds . , Humana Press , New Jersey , 1994 ; and Sequence Analysis Primer , Gribskov , M . and Devereux , J . , eds . , M Stockton Press , New York , 1991 에 기재 된 방법 들 을 사용 하 여 결정 될 수 있 으며 ; 이 들 각각 은 본 명세서 에 참 고 문헌 으로 포함 된다 . 예 를 들 면 , 2 개 뉴클레오티드 서열 들 간 의 퍼센트 동일 성 은 Meyers 및 Miller 의 알고리즘 ( CABIOS , 1989 , 4 : 11 - 17 ) 을 사용 하 여 결정 될 수 있 는데 , 이 알고리즘 은 PAM 120 잔기 중량 표 , 갭 길 이 페널티 12 및 갭 페널티 4 를 사용 하 는 ALIGN 프로그램 ( 버전 2 . 0 ) 에 통합 되 어 있 다 . 뉴클레오티드 서열 들 간 의 퍼센트 동일 성 은 , 대안 적 으로 , NWSgapdna . CMP 행렬 을 사용 하 는 GCG 소프트웨어 패키지 에 있 는 GAP 프로그램 을 사용 하 여 결정 될 수 있 다 . 서열 들 간 의 퍼센트 동일 성 을 결정 하 기 위해 통상 적 으로 이용 되 는 방법 들 에 는 , Carillo , H . , and Lipman , D . , SIAM J Applied Math . , 48 : 1073 ( 1988 ) 에 개시 된 방법 들 이 포함 되 나 이 에 제한 되 는 것 은 아니 며 ; 이 문헌 은 본 명세서 에 참 고 문헌 으로 포함 된다 . 동일 성 을 결정 하 기 위한 기술 들 은 공중 이 이용 가능 한 컴퓨터 프로그램 들 에 암호 화 되 어 있 다 . 2 개 서열 들 간 의 상동 성 을 결정 하 기 위한 예시 적 인 컴퓨터 소프트웨어 에 는 , GCG 프로그램 패키지 , Devereux 등 , Nucleic Acids Research , 12 ( 1 ) : 387 , 1984 , BLASTP , BLASTN , 및 FASTA , Altschul , S . F . 등 , J . Molec . Biol . , 215 , 403 , 1990 이 포함 되 나 이 에 제한 되 는 것 은 아니 다 .