메틸화 감수 성 제 한 효소 에 의한 소화 처리 에서 의 염려 점 으로서 , 메틸 화 되 어 있 지 않 은 사이토신 을 포함 하 는 인식 배열 을 완전히 소화 할 수 없 을 ( 소위 「 DNA 의 남 은 조각 」 ) 우려 를 들 수 있 다 . 이러 한 우려 가 문제 가 되 는 경우 에 는 , 메틸화 감수 성 제 한 효소 의 인식 부위 가 많이 존재 하 면 , 「 DNA 의 남 은 조각 」 을 최소한 으로 억제 할 수 있 으므로 , 목적 으로 하 는 DNA 영역 으로서 는 , 메틸화 감수 성 제 한 효소 의 인식 부위 를 적어도 1 개 이상 갖 고 있 고 , 그 인식 부위 가 많 으면 많 을수록 좋 다고 생각 된다 .