AFLP 기술 은 게놈 DNA 의 총 다이제스트 ( total digest ) 로부터 얻 은 제한 단편 ( restriction fragment ) 에 대한 선택 적 PCR 증폭 에 기초 를 두 며 , 이 기술 은 크 게 3 단계 로 나누 어 진다 . 우선 제한 효소 를 이용 하 여 게놈 DNA 를 다 이제 스 쳔 한 후 제한 사이트 ( restriction site ) 와 상보 적 인 염기 서열 을 가진 올리 고 뉴클레오티드 어댑터 를 잘려진 DNA 단편 양쪽 말단 에 라 이게 이 션 함 으로써 선별 용 프라이머 ( selective primer ) 를 이용 한 PCR 수행 시 제한 단편 ( restriction fragment ) 의 증폭 이 선택 적 으로 일어나 다양 한 DNA 다 형성 을 나타낸다 . 증폭 된 단편 은 아크릴아마이드 젤 상 의 전기영동 을 통해 다 형성 을 확인 한다 . 이러 한 AFLP 과정 은 2 개 의 제한 효소 , 즉 6 개 의 염기 서열 부위 를 인지 하 여 자르 는 희귀 절단 효소 ( rare cutter enzyme , six - base recognition enzyme ) 인 EcoR Ⅰ 효소 와 Pst Ⅰ 효소 를 사용 하 여 게놈 DNA 를 이중 절단 ( double digestion ) 하 고 , PCR 증폭 시 프라이머 를 어닐링 ( annealing ) 시키 기 위한 인지 부위 로써 사용 될 어댑터 를 절단 된 제한 단편 들 의 양쪽 말단 에 라 이게 이 션 시킨 후 , 이 DNA 단편 을 주형 으로 사용 하 여 어댑터 와 제한 사이트 의 정보 를 포함 하 는 서열 을 가진 프라이머 를 사용 하 여 PCR 을 수행 함 으로써 DNA 단편 에 대한 정보 없이 도 PCR 수행 시 선택 적 인 증폭 이 일어나 게 한다 .