본원 에 기술 된 방법 의 구 현예 는 , 부착 된 앰 플리 콘 을 가지 는 인코딩 입자 들 을 포함 하 는 제 2 인코딩 된 입자 세트 를 제공 하 는 것 을 포함 한다 . 상기 제 2 인코딩 입자 세트 의 앰 플리 콘 들 은 , 모두 합하 여 실질 적 으로 전체 제 2 주형 DNA 서열 을 나타내 는 DNA 서열 을 포함 한다 . 상기 제 2 인코딩 입자 세트 의 앰 플리 콘 들 은 , 검출 가능 하 게 표지 된 샘플 DNA 와 , 그리고 검출 가능 하 게 표지 된 기준 DNA 와 혼성 화 된다 . 상기 제 2 인코딩 입자 세트 의 앰 플리 콘 들 과 검출 가능 하 게 표지 된 샘플 DNA 의 특이 적 인 혼성 화 를 의미 하 는 , 제 1 신호 를 검출 한다 . 상기 제 2 인코딩 된 입자 세트 의 앰 플리 콘 들 과 검출 가능 하 게 표지 된 기준 DNA 의 특이 적 인 혼성 화 를 의미 하 는 , 제 2 신호 를 검출 한다 . 상기 제 1 및 제 2 신호 를 비교 하 여 , 제 1 신호 와 제 2 신호 간 의 차이 를 검출 하 며 , 이러 한 차이 는 샘플 DNA 와 기준 DNA 간 의 차이 를 의미 한다 .