하 기 개시 된 바 와 같이 최대 상응 하 도록 배열 되 었 을 때 , 2 개 의 서열 에서 뉴클레오타이드 또는 아미노산 의 서열 이 동일 한 경우 , " 2 개 의 폴리 뉴클레오타이드 또는 폴리펩타이드 서열 은 "" 동일 하 다 "" 고 말 해진다 . 서열 유사 성 의 국소 적 영역 을 확인 하 고 비교 하 기 위한 비교 윈도우 에서 서열 들 을 비교 함 으로써 전형 적 으로 2 개 의 서열 을 비교 한다 . 본원 에서 이용 되 는 "" 비교 윈도우 "" 는 약 20 개 이상 ", 일반 적 으로 30 개 내지 약 75 개 , 40 개 내지 약 50 개 의 연속 적 인 위치 의 절편 을 의미 하 고 , 여기 서 서열 은 2 개 의 서열 을 최적 으로 배열 한 후 동일 한 수 의 연속 적 인 위치 의 기준 서열 에 대해 비교 될 수 있 다 .