서열 정렬 및 % 동일 성 계산 은 예 를 들 어 표준 Clustal Omega 파라미터 : 매트릭스 Gonnet , 갭 개구 페널티 6 , 갭 연장 패널 티 1 을 사용 하 여 결정 될 수 있 다 . 대안 적 으로 표준 EMBOSS 니들 파라미터 : 매트릭스 BLOSUM 62 , 갭 개구 페널티 10 , 갭 연장 패널 티 0 . 5 가 사용 될 수 있 다 . 임의 의 다른 적합 한 파라미터 가 대안 적 으로 사용 될 수 있 다 .