상기 프로브 와 표적 핵산 의 결합 ( 일반 으로 , 혼성 화 라고 도 함 ) 은 , 서열 의존 적 으로 일어나 는 것 으로 다양 한 조건 에서 수행 될 수 있 다 . 일반 적 으로 혼성 화 반응 은 특정 한 이온 강도 및 pH 에서 특정 서열 에 대한 Tm 보다 약 5 ℃ 낮 은 온도 에서 이루어진다 . 상기 Tm 은 표적 서열 에 상보 적 인 프로브 의 50 % 가 표적 서열 에 결합 한 상태 를 의미 한다 . 혼 성 화 반응 조건 의 예 는 , pH 7 . 0 내지 8 . 3 , 0 . 01 내지 1 . 0 M Na + 이온 농도 일 수 있 다 . 또한 , 표적 핵산 과 프로브 의 특이 성 을 높이 기 위하 여 는 , 표 적 핵산 과 프로브 의 결합 을 불 안정 하 게 하 는 조건 , 예 를 들 면 , 높 은 온도 , 높 은 농도 의 불 안정 화제 ( 예 를 들 면 포름 아미드 ) 의 존재 하 에서 수행 되 는 것 일 수 있 다 .