다만 , 현재 암 줄기세포 는 암 줄기세포 표지 자 를 인식 하 는 항체 와 MACS 또는 유세포 분류기 를 이용 하 여 분리 하 는 것 이 일반 적 이나 이 에 한계점 이 존재 한다 . 보다 구체 적 으로 암 세포주 에 따라 다양 한 암 줄기세포 표지자 가 발현 되 는 특성 으로 인하 여 다양 한 암 줄기세포 연구 를 수행 하 게 되 는 경우 다양 한 항체 를 필요 로 하 게 되 는데 , 이 에 따라 암 세포주 에 맞 는 표지 자 를 이용 해야 한다는 점 에서 암 줄기세포 연구 수행 효율 이 낮 아 지 고 , 필요 로 하 는 비용 이 증가 하 게 된다는 한계점 이 존재 한다 .