단계 4 , 변이체 ( SNP 및 INDEL ) 분석 : 변이체 ( SNP 및 삽입 결실 ) 를 식별 하 기 위해 0 . 0001 이상 에서 설정 된 대립 유전자 빈도 검출 한계 와 함께 VarDict 변이체 콜러 ( caller ) ( ZhongWu Lai 에 의해 변형 된 버전 1 . 0 ' Cas 9 aware ', 문헌 [ Lai et al , Nucleic Acids Res . , 2016 , 44 ( 11 ) : e 108 ] , PMID : 27060149 ) 를 사용 하 여 , 정렬 된 리드 의 BAM 파일 을 가공 하 였 다 . Cas 9 어 웨어 ( aware ) VarDict 콜러 는 공개 도메인 패키지 를 기초 로 하 지만 , PAM 서열 의 5 ' 에 3 개 염기 에 위치 한 gRNA 표적 화 도메인 서열 에서 잠재 적 인 Cas 9 뉴클레아제 절단 부위 로 , 변이체 사건 의 정렬 영역 에서 반복 적 인 서열 로 인해 발생 된 모호 한 변이체 콜 ( call ) 로 이동 할 수 있 다 . SAMtools 스트립 트 를 사용 하 여 , 1 개 시료 앰 플리 콘 당 리드 커버리지 를 계산 하 여 , 표적 - 적중 및 표적 - 외 부위 가 1000 배 초과 의 서열 커버리지 에서 커버 되 는지 결정 하 였 다 . 1000 배 미만 의 서열 커버리지 를 갖 는 부위 를 플래그 하 였 다 .