2 개 의 서열 사이 의 동일 성 % 의 결정 은 당 분야 의 숙련자 들 에게 공지 된 수학 적 알고리듬 을 이용 하 여 달성 될 수 있 다 . 2 개 의 서열 을 비교 하 기 위한 수학 적 알고리듬 의 예 는 [ Karlin and Altschul ( 1990 ) Proc . Natl . Acad . Sci . USA 87 : 2264 - 2268 ] 의 알고리듬 , 및 [ Karlin and Altschul ( 1993 ) Proc . Natl . Acad . Sci . USA 90 : 5873 - 5877 ] 에서 와 같 은 개질 된 것 이 다 . [ Altschul , et al ( 1990 ) J . Mol . Biol . 215 : 403 - 410 ] 의 NBLAST 및 XBLAST 프로그램 이 이런 알고리듬 에 혼입 되 었 다 . BLAST 뉴클레오타이드 서치 는 NBLAST 프로그램 , 점수 = 100 , 단어 길 이 = 12 를 이용 하 여 수행 되 어 본 발명 의 핵산 분자 에 상동 성 인 뉴클레오타이드 서열 을 수득 할 수 있 다 . BLAST 단백질 서치 는 XBLAST 프로그램 , 점수 = 50 , 단어 길 이 = 3 을 이용 하 여 수행 되 어 본 발명 의 단백질 분자 와 상동성 인 아미노산 서열 을 수득 할 수 있 다 . 비교 목적 을 간극 이 있 는 정렬 을 수득 하 기 위해 , 갭 드 BLAST ( Gapped BLAST ) 를 [ Altschul et al . ( 1997 ) Nucliec Acids Res . 25 : 3389 - 3402 ] 에 개시 된 바 와 같이 이용 할 수 있 다 . 다르 게 는 PSI - Blast 를 이용 하 여 분자 들 사이 의 거리 관계 를 검출 하 는 반복 서치 를 수행 할 수 있 다 . BLAST , 갭 드 BLAST 및 PSI - Blast 프로그램 을 이용 할 경우 , 각각 의 프로그램 의 디폴트 변수 ( 예 를 들 면 XBLAST 및 NBLAST ) 를 이용 할 수 있 다 . http : / / www . ncbi . nlm . nih . gov 를 참고 할 수 있 다 . 서열 비교 에 이용 되 는 수학 적 알고리듬 의 다른 예 는 [ Myers and Miller , CABIOS ( 1989 ) ] 의 알고리듬 이 다 . GCG 서열 정렬 프로그램 패키지 의 일부 인 ALIGN 프로그램 ( 버 젼 2 . 0 ) 이 이런 알고리듬 에 혼입 되 었 다 . 당 분야 에 공지 된 서열 분석 을 위한 다른 알고리듬 은 [ Torellis and Robotti ( 1994 ) Comput . Appl . Biosci . , 10 : 3 - 5 ] 에 개시 된 ADVANCE 및 ADAM ; 및 [ Pearson and Lipman ( 1988 ) Proc . Natl . Acad . Sci . 85 : 2444 - 8 ] 에 개시 된 FASTA 를 포함 한다 . FASTA 내 에서 , ktup 은 서치 의 속도 및 민감 성 을 설정 하 는 제어 옵션 이 다 .