알려진 리간드 ( 표 2 ) 와 TLR 9 사이 의 가능 한 상호 작용 은 분리 된 분자 도킹 ( separate molecular dockings ) 을 통해 계산 되 었 으며 , TLR 7 의 소분 자 결합 공동 에 상응 하 는 site I ( F 343 , Y 345 , S 350 , F 375 , F 402 , D 534 *, Y 536 *, G 563 *, G 565 *)( Zhang Z , et al . ( 2016 ) Immunity 45 ( 4 ) : 737 - 748 ) 및 TLR 9 의 CpG DNA 결합 부위 에 상응 하 는 site II ( W 47 , F 49 , K 51 , S 72 , R 74 , H 76 , H 77 , W 96 , P 99 , S 104 , P 105 , M 106 , F 108 ) ( Ohto U , et al . ( 2015 ) Nature 520 ( 7549 ) : 702 - 705 ) 를 고려 하 였 다 . 도킹 은 triangle matcher placement 방법 과 London dG scoring function 을 사용 하 여 수행 되 었 다 . 리간드 포즈 ( ligand pose ) 는 MMFF 94 x force field 와 GBVI / WSA dG scoring function 을 사용 하 여 다시 점수 가 매겨졌 다 . 도킹 포즈 ( docked pose ) 는 그 들 의 결합 친화 도 , 즉 S - score 에 기초 하 여 등급 이 매겨졌 다 .