두 개 의 아미노산 서열 또는 두 개 의 핵산 서열 의 백분율 동일 성 ( percent identity ) 를 결정 하 기 위해 , 상기 서열 들 을 최적 의 비교 목적 으로 정렬 시킨다 ( 예 를 들 면 , 최적 의 정렬 을 위해 제 1 및 제 2 아미노산 또는 핵산 서열 중 하나 또는 양자 모두 에 갭 ( gap ) 이 도입 될 수 있 고 비 - 상동성 서열 은 비교 목적 을 위해 무시 될 수 있 다 ) . 바람직 한 구체 예 에서 , 비교 목적 을 위해 정렬 된 기준 서열 ( reference sequence ) 의 길이 는 상기 기준 서열 의 길이 의 30 % 이상 , 바람직 하 게 는 40 % 이상 , 보다 바람직 하 게 는 50 % 이상 , 훨씬 더 바람직 하 게 는 60 % 이상 , 및 훨씬 더 바람직 하 게 는 70 %, 75 %, 80 %, 82 %, 84 %, 85 %, 86 %, 87 %, 88 %, 89 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, 99 % 이상 , 또는 100 % 이 다 . 그 후 , 상응 하 는 아미노산 위치 또는 뉴클레오티드 위치 에 있 는 아미노산 잔기 또는 뉴클레오티드 를 비교 한다 . 제 1 서열 의 한 위치 가 제 2 서열 의 상응 하 는 위치 와 동일 한 아미노산 잔기 또는 뉴클레오티드 에 의해 차지 되 는 경우 , 상기 분자 들 은 그 위치 에서 동일 하 다 ( 본 명세서 에서 사용 되 는 바 와 같이 , " 아미노산 또는 핵산 "" 동일 성 ( identity ) "" 은 아미노산 또는 핵산 "" 상동성 ( homology ) "" 과 동일 한 의미 이 다 ) . 두 서열 들 간 의 백분율 동일 성 은 상기 두 서열 의 최적 정렬 을 위해 도입 되 어야 하 는 갭 의 갯 수 ", 및 각 갭 의 길이 를 고려 한 , 상기 서열 들 간 에 공유 되 는 동일 한 위치 의 수 의 함수 이 다 .