본원 에서 사용 되 는 바 와 같이 , " "" 실질 적 인 동일 성 "" 은 적어도 20 개 잔기 위치 의 비교 창 ", 빈번 하 게 는 적어도 30 - 50 개 잔기 의 비교 창 에 걸쳐 참조 서열 과 비교 함 으로써 적어도 80 % 의 서열 동일 성 , 적어도 85 % 의 동일 성 , 적어도 89 내지 95 % 의 서열 동일 성 , 보다 일반 적 으로 는 적어도 99 % 의 서열 동일 성 을 갖 는 폴리뉴클레오티드 또는 폴리펩티드 서열 을 지칭 하 고 , 여기 서 서열 동일 성 백분율 은 비교 창 에 걸쳐 참조 서열 의 총 20 % 이하 인 결실 또는 부가 를 포함 하 는 서열 에 참조 서열 을 비교 함 으로써 계산 된다 . 폴리펩티드 에 적용 되 는 일부 특정 실시 양태 에서 , " 용어 "" 실질 적 인 동일 성 "" 은 2 개 의 폴리펩티드 서열 이 예 를 들 어 디폴트 갭 가중치 를 사용 한 프로그램 GAP 또는 BESTFIT 에 의해 최적 으로 정렬 될 때 ", 적어도 80 % 의 서열 동일 성 , 바람직 하 게 는 적어도 89 % 의 서열 동일 성 , 적어도 95 % 의 서열 동일 성 또는 그 초과 의 서열 동일 성 ( 예 를 들 어 , 99 % 의 서열 동일 성 ) 을 공유 한다는 것 을 의미 한다 . 일부 실시 양태 에서 , 비교 하 고자 하 는 서열 에서 동일 하 지 않 은 잔기 의 위치 는 보존 적 아미노산 치환 과 상이 하 다 .