예 를 들 어 , 화합물 의 20 개 의 핵 염기 중 18 개 가 표적 영역 에 상보 적 이 고 , 따라서 특이 적 으로 하이브리드 화 되 는 화합물 은 90 퍼센트 상보 성 을 나타낼 것 이 다 . 이러 한 예 에서 , 나머지 비 - 상보 적 핵 염기 는 상보 적 핵 염기 와 군집 을 이루 거나 산재 되 어 있 을 수 있 고 , 서로 또는 상보 적 핵 염기 와 인접 할 존재 할 필요 는 없 다 . 이 와 같이 , 표적 핵산 과 완전 한 상보성 의 2 개 의 영역 이 측 접 된 4 개 의 비 - 상보 적 핵 염기 를 갖 는 18 개 핵 염기 길이 의 화합물 은 표적 핵산 과 77 . 8 % 의 전체 상보성 을 가질 것 이 다 . 화합물 과 표적 핵산 의 영역 의 상보성 퍼센트 는 당 분야 에 공지 된 BLAST 프로그램 ( 기본 국소 정렬 검색 도구 ) 및 PowerBLAST 프로그램 ( 문헌 [ Altschul et al . , J . Mol . Biol . , 1990 , 215 , 403 410 ] ; 문헌 [ Zhang and Madden , Genome Res . , 1997 , 7 , 649 656 ] ) 을 이용 하 여 일상 적 으로 결정 될 수 있 다 . 상동성 퍼센트 , 서열 동일 성 또는 상보성 은 , 예 를 들 어 , 스미스 및 워터맨 ( Smith and Waterman ) 의 알고리즘 을 이용 하 는 디폴트 설정 을 이용 한 Gap 프로그램 ( Wisconsin Sequence Analysis Package , Version 8 for Unix , Genetics Computer Group , University Research Park , Madison Wis . ) 에 의해 결정 될 수 있 다 ( Adv . Appl . Math . , 1981 , 2 , 482 489 ) .