퍼센트 ( %) 아미노산 서열 동일 성 은 서열 들 을 정렬 하 고 필요 하 다면 간극 ( gap ) 을 도입 하 여 최대 퍼센트 서열 동일 성 을 달성 한 후 임의 의 보존 적 치환 을 서열 동일 성 의 일부 로서 간주 하 지 않 고 기준 폴리펩타이드 서열 내 의 아미노산 잔기 와 동일 한 후보 서열 내 의 아미노산 잔기 의 백분율 로서 정의 된다 . 퍼센트 아미노산 서열 동일 성 을 측정 하 기 위한 정렬 은 당업자 의 기술 내 에 있 는 다양 한 방식 , 예 를 들 면 , 공개 적 으로 입수 가능 한 컴퓨터 소프트웨어 , 예컨대 , BLAST , BLAST - 2 , ALIGN 또는 Megalign ( DNASTAR ) 소프트웨어 의 이용 을 통해 달성 될 수 있 다 . 당업자 는 비교 되 는 서열 들 의 전체 길이 에 걸쳐 최대 정렬 을 달성 하 기 위해 필요 한 임의 의 알고리즘 을 포함 하 는 , 서열 정렬 을 위한 적절 한 파라미터 를 결정 할 수 있 다 . 그러나 , 본원 의 목적 상 % 아미노산 서열 동일 성 값 은 서열 비교 컴퓨터 프로그램 ALIGN - 2 의 이용 을 통해 발생 된다 . ALIGN - 2 서열 비교 컴퓨터 프로그램 은 제 넨 테크 인 코포 레이티 드 ( Genentech , Inc . ) 에 의해 만들 어 졌 고 , 소스 코드 는 미국 저작 권 협회 ( U . S . Copyright Office , 미국 워싱톤 디 씨 20559 소재 ) 에 사용 자 문서 로 출원 되 었 고 , 상기 미국 저작 권 협회 에서 상기 코드 는 미국 저작 권 수탁 번호 TXU 510087 하 에 등록 되 어 있 다 . ALIGN - 2 프로그램 은 제 넨 테크 인 코포 레이티 드 ( 미국 캘리포니아주 사우 쓰 샌프란시스코 소재 ) 로부터 공개 적 으로 입수 될 수 있 거나 상기 소스 코드 로부터 편집 될 수 있 다 . ALIGN - 2 프로그램 은 디지털 UNIX V 4 . 0 D 를 포함 하 는 UNIX 작동 시스템 상 에서 사용 을 위해 편집 되 어야 한다 . 모든 서열 비교 파라미터 들 은 ALIGN - 2 프로그램 에 의해 설정 되 고 변경 되 지 않 는다 .