본 발명 은 하나 의 종 에 존재 하 는 단백질 상호 작용 관계 를 이종 에 대한 단백질 상호 작용 관계 의 상동 성 을 이용 하 여 검증 하 는 방법 및 시스템 에 관한 것 이 다 . 본 발명 에 따른 단백질 상호 작용 검증 방법 은 ( a ) 한 종 의 소스 단백질 들 과 관련 성 이 높 은 이종 단백질 들 을 다른 종 의 전체 이종 단백질 들 로부터 필터링 하 는 단계 를 포함 하 는 한 종 의 소스 단백질 들 및 하나 이상 의 다른 종 의 이종 단백질 들 사이 의 하나 이상 의 상동 관계 를 생성 하 는 단계 ; ( b ) 상기 생성 된 단백질 상동 관계 를 이용 하 여 특정 소스 단백질 상호 작용 관계 에 대응 하 는 하나 이상 의 이종 단백질 상호 작용 관계 를 생성 하 는 단계 ; 및 ( c ) 상기 생성 된 하나 이상 의 이종 단백질 상호 작용 관계 가 상기 하나 이상 의 다른 종 에 존재 하 는지 여부 를 평가 하 는 단계 ; 를 포함 한다 . 본 발명 에 따르 면 , 고 비용 의 생물학 적 실험 을 통하 지 않 고서 도 기존 의 저 비용 으로 쉽 게 실험 을 할 수 있 는 하등 생물 의 단백질 상호 작용 관계 들 을 이용 하 여 특정 고등 생물 의 단백질 상호 작용 관계 를 자동 으로 검증 할 수 있 다 .