" 용어 "" 동일 성 "" 은 중합체 분자 사이 ", 예 를 들 어 , 폴리 뉴클레오타이드 분자 ( 예 를 들 어 , DNA 분자 및 / 또는 RNA 분자 ) 사이 그리고 / 또는 폴리펩타이드 분자 사이 의 전반 적 관련 성 을 지칭 한다 . 두 폴리 핵산 서열 의 동일 성 백분율 의 계산 은 , 예 를 들 어 , 최적 의 비교 목적 을 위해 두 서열 을 정렬 함 으로써 수행 될 수 있 다 ( 예 를 들 어 , 갭 은 최적 의 정렬 을 위해 제 1 핵산 서열 과 제 2 핵산 서열 중 하나 또는 둘 다 에 도입 될 수 있 고 , 비 - 동일 서열 은 비교 목적 을 위해 무시 될 수 있 다 ) . 소정 의 실시 형태 에서 , 비교 목적 을 위해 정렬 되 는 서열 의 길이 는 기준 서열 길이 의 적어도 30 %, 적어도 40 %, 적어도 50 %, 적어도 60 %, 적어도 70 %, 적어도 80 %, 적어도 90 %, 적어도 95 % 또는 100 % 이 다 . 이어서 , 대응 하 는 뉴클레오타이드 위치 에서 뉴클레오타이드 가 비교 된다 . 제 1 서열 내 위치 가 제 2 서열 내 대응 하 는 위치 와 동일 한 뉴클레오타이드 에 의해 점유 된다면 , 분자 는 해당 위치 에서 동일 하 다 . 두 서열 사이 의 동일 성 백분율 은 서열 에 의해 공유 되 는 동일 한 위치 의 수 의 함수 이 며 , 두 서열 의 최적 의 정렬 을 위해 도입 될 것 이 필요 로 되 는 갭 의 수 , 및 각각 의 갭 의 길이 를 고려 한다 . 서열 의 비교 및 두 서열 사이 의 동일 성 백분율 의 결정 은 수학 적 알고리즘 을 이용 하 여 달성 될 수 있 다 . 예 를 들 어 , 두 핵산 서열 사이 의 동일 성 백분율 은 문헌 [ Computational Molecular Biology , Lesk , A . M . , ed . , Oxford University Press , New York , 1988 ; Biocomputing : Informatics and Genome Projects , Smith , D . W . , ed . , Academic Press , New York , 1993 ; Sequence Analysis in Molecular Biology , von Heinje , G . , Academic Press , 1987 ; Computer Analysis of Sequence Data , Part I , Griffin , A . M . , and Griffin , H . G . , eds . , Humana Press , New Jersey , 1994 ; 및 Sequence Analysis Primer , Gribskov , M . and Devereux , J . , eds . , M Stockton Press , New York , 1991 ] 에 기재 된 것 과 같 은 방법 을 이용 하 여 결정 될 수 있 고 ; 이 들 각각 은 본 명세서 에 참고 로 편입 된다 . 예 를 들 어 , 두 핵산 서열 사이 의 동일 성 백분율 은 PAM 120 가중치 잔기 표 , 12 의 갭 길 이 페널티 및 4 의 갭 페널티를 이용 하 여 ALIGN 프로그램 ( 버전 2 . 0 ) 에 편입 된 , 마이어스 ( Meyers ) 및 밀러 ( Miller ) 의 알고리즘 ( CABIOS , 1989 , 4 : 11 - 17 ) 을 이용 하 여 결정 될 수 있 다 . 두 핵산 서열 사이 의 동일 성 백분율 은 , 대안 적 으로 , NWSgapdna . CMP 매트릭스 를 이용 하 는 GCG 소프트웨어 패키지 에서 GAP 프로그램 을 이용 하 여 결정 될 수 있 다 . 서열 사이 의 동일 성 백분율 을 결정 하 기 위해 흔히 사용 되 는 방법 은 본 명세서 에 참고 로 편입 된 문헌 [ Carillo , H . , and Lipman , D . , SIAM J Applied Math . , 48 : 1073 ( 1988 ) ] 에 개시 된 것 을 포함 하 지만 , 이 들 로 제한 되 지 않 는다 . 동일 성 을 결정 하 기 위한 기법 은 공공연 하 게 이용 가능 한 컴퓨터 프로그램 에서 체계 화 된다 . 두 서열 사이 의 상동 성 을 결정 하 기 위한 예시 적 컴퓨터 소프트웨어 는 GCG 프로그램 패키지 , 문헌 [ Devereux , J . , et al . , Nucleic Acids Research , 12 ( 1 ) , 387 ( 1984 ) ] , BLASTP , BLASTN 및 FASTA Altschul , 문헌 [ S . F . et al . , J . Molec . Biol . , 215 , 403 ( 1990 ) ] 을 포함 하 지만 , 이 들 로 제한 되 지 않 는다 .