보존 적 아미노산 치환 은 아미노산 잔기 가 유사 한 측쇄 를 갖 는 아미노산 잔기 로 교체 되 는 치환 이 다 . 유사 한 측쇄 를 갖 는 아미노산 잔기 의 패밀리 는 당업 계 에서 정의 되 어 있 다 . 이 들 패밀리 는 염기 성 측쇄 를 갖 는 아미노산 ( 예 를 들 면 , K , R , H ) , 산 성 측쇄 를 갖 는 아미노산 ( 예 를 들 면 , D , E ) , 비하전 된 극성 측쇄 를 갖 는 아미노산 ( 예 를 들 면 , G , N , Q , S , T , Y , C ) , 비극 성 측쇄 를 갖 는 아미노산 ( 예 를 들 면 , A , V , L , I , P , F , M , W ) , 베타 분지 된 측쇄 를 갖 는 아미노산 ( 예 를 들 면 , T , V , I ) 및 방향 족 측쇄 를 갖 는 아미노산 ( 예 를 들 면 , Y , F , W , H ) 을 포함 한다 . 따라서 , 폴리펩티드 내 의 예측 된 비 필수 아미노산 잔기 는 예 를 들 면 , 바람직 하 게 는 동일 한 측쇄 패밀리 로부터 의 또 다른 아미노산 잔기 로 교체 된다 . 허용 가능 한 치환 의 다른 예 는 등 전자 고려 에 기초 한 치환 ( 예 를 들 면 , 메티오닌 대신 에 노르 류신 ) 또는 다른 성질 에 기초 한 치환 ( 예 를 들 면 , 페닐알라닌 대신 에 티오 에 닐 알라닌 ) 이 다 .