PCR 연장 분석 은 먼저 단일염기 다형성 이 위치 하 는 염기 를 포함 하 는 DNA 단편 을 프라이머 쌍 으로 증폭 을 한 다음 , 반응 에 첨가 된 모든 뉴클레오티드 를 탈 인산화 시킴 으로써 불활성 화 시키 고 , 여기 에 SNP 특이 적 연장 프라이머 , dNTP 혼합물 , 디디 옥시 뉴클레오티드 , 반응 완충액 및 DNA 중합효소 를 첨가 하 여 프라이머 연장 반응 을 수행 함 으로써 이루어진다 . 이때 , 연장 프라이머 는 SNP 가 위치 하 는 염기 의 5 ' 방향 에 바로 인접 한 염기 를 3 ' 말단 으로 삼 으며 , dNTP 혼합물 에 는 디디 옥시 뉴클레오티드 와 동일 한 염기 를 갖 는 핵산 이 제외 되 고 , 상기 디디 옥시 뉴클레오티드 는 SNP 를 나타내 는 염기 종류 중 하나 에서 선택 된다 . 예 를 들 어 , A 에서 G 로 의 치환 이 있 는 경우 , dGTP , dCTP 및 TTP 혼합물 과 ddATP 를 반응 에 첨가 할 경우 , 상기 치환 이 일어난 염기 에서 프라이머 는 DNA 중합효소 에 의하 여 연장 되 고 , 몇 염기 가 지난 후 A 염기 가 최초 로 나타나 는 위치 에서 ddATP 에 의하 여 프라이머 연장 반응 이 종결 된다 . 만일 상기 치환 이 일어나 지 않 았 다면 , 그 위치 에서 연장 반응 이 종결 되 므로 , 상기 연장 된 프라이머 의 길이 를 비교 함 으로써 SNP 를 나타내 는 염기 종류 를 판별 할 수 있 게 된다 .