라벨 을 모니터링 하 는 핵산 서열 검출 에서 , 생성 된 산물 이 동일 하 다는 것 을 추론 하 는 다른 검출 방법 과 달리 , MS ( mass spectrometer ) 는 생성 된 산물 의 분자량 을 측정 할 수 있 는 가장 직접 적 인 검출 방법 이 다 ( Rose et al . , Nat . Biotechnol . , 16 : 1347 , 1998 ) . MS 는 분자 의 기본 적 인 특성 을 결정 하 기 때문 에 , 라벨 은 필요 로 하 지 않 는다 . 고해상도 MS 는 염기 가 하나 만 달라도 DNA 분자 를 쉽 게 구별 할 수 있 다 . MS 의 또 다른 장점 은 , 각 샘플 을 연속 적 으로 분석 하 더라도 각 샘플 을 분석 하 는 데 10 - 3 초 밖에 걸리 지 않 으며 , 작업 처리 량 ( throughput ) 이 매우 크 다는 것 이 다 . 더욱이 , 적절 하 게 프로브 를 고안 한다면 , 적당 한 멀티 플렉 싱 ( multiplexing ) 도 가능 하 다 . 그러나 MS 검출 방법 은 분석 대상 이 고 순도 를 가지 고 있 어야 한다는 단점 을 지니 고 있 다 .