제휴 상대 물류 법인 의 최 대주주 와 특수 관계 에 있 지 아니할 것 
 3 . 제 휴 물류 법인 의 주주 가 주식 교환 등 으로 취득 한 주식 과 제휴 상대 물류 법인 이 주식 교환 등 으로 보유 한 주식 을 각각 1 년 이상 보유 하 도록 하 는 계약 을 제휴 물류 법인 과 제휴 상대 물류 법인 간 에 체결 할 것 
 ② 제 1 항 을 적용 하 는 경우 물류 산업 의 범위 , 최 대주주 의 범위 및 특수 관계 의 범위 에 관한 사항 은 대통령령 으로 정한다 . 
 ③ 제 1 항 에 따른 물류 기업 의 전략 적 제휴 를 위한 주식 교환 등 에 대한 과세 특례 에 관하 여 는 제 46 조 의 2 제 2 항 및 제 3 항 을 준용 한다 . 이 경우 " 제휴 법인 " 은 " 제휴 물류 법인 " 으로 본다 . 
 
 제 46 조 의 4 ( 자 가 물류 시설 의 양 도 차익 에 대한 법인세 과세 특례 ) 
 ① 1 년 이상 계속 하 여 사업 을 한 중소기업 에 해당 하 는 내국 법인 이 대통령령 으로 정하 는 자 가 물류 시설 ( 이하 이 조 에서 " 자 가 물류 시설 " 이 라 한다 ) 을 2013 년 12 월 31 일 까지 양도 함 으로써 발생 하 는 양 도 차익 에 상당 하 는 금액 에 대해서 는 대통령령 으로 정하 는 바 에 따라 계산 한 금액 을 해당 사업 연도 의 소득 금액 을 계산 할 때 익금 에 산입 하 지 아니할 수 있 다 . 이 경우 해당 금액 은 양도일 이 속하 는 사업 연도 종료 일 이후 3 년 이 되 는 날 이 속하 는 사업 연도 부터 3 개 사업 연도 의 기간 동안 균분 한 금액 이상 을 익금 에 산입 하 여야 한다 . < 개정 2011 . 12 . 31 > 
 ② 제 1 항 을 적용 받 은 내국 법인 이 자 가 물류 시설 의 양도일 이후 3 년 이내 에 해당 사업 을 폐업 하 거나 해산 한 경우 또는 다음 각 호 의 어느 하나 에 해당 하 는 요건 을 충족 하 지 못한 경우 에 는 그 사유 가 발생 한 날 이 속하 는 사업 연도 의 소득 금액 을 계산 할 때 대통령령 으로 정하 는 바 에 따라 계산 한 금액 을 익금 에 산입 하 여야 한다 . 이 경우 익금 에 산입 할 금액 에 대해서 는 제 33 조제 3 항 후단 을 준용 한다 . < 개정 2011 . 12 . 31 , 2018 . 12 . 24 > 
 1 . 자 가 물류 시설 을 양도 한 후 대통령령 으로 정하 는 기간 동안 각 사업 연도 에 지출 한 물류비용 중 「 법인세법 」 제 2 조제 12 호 에 따른 특수 관계 인 외 의 자 에게 지출 한 물류비용 ( 이하 이 조 및 제 104 조 의 14 에서 " 제 3 자 물류비용 " 이 라 한다 ) 이 100 분 의 70 이상 일 것 
 2 . 대통령령 으로 정하 는 기간 동안 각 사업 연도 의 제 3 자 물류비용 이 자 가 물류 시설 의 양 도 차익 에 가목 및 나목 의 비율 을 곱하 여 계산 한 금액 이상 일 것 
 가 . 「 법인세법 」 제 55 조 에 따른 세율 
 나 . 금융 기관 의 이자 율 을 고려 하 여 대통령령 으로 정하 는 이자율 
 ③ 제 1 항 및 제 2 항 을 적용 하 는 경우 물류비용 의 범위 , 양 도 차익 명세서 의 제출 , 그 밖 에 필요 한 사항 은 대통령령 으로 정한다 . 
 
 제 46 조 의 5 ( 물류 사업 분할 에 대한 과세 특례 ) 내국 법인 이 다음 각 호 의 요건 을 모두 갖추 어 2009 년 12 월 31 일 이전 에 물류 사업 부문 을 분할 한 후 대통령령 으로 정하 는 물류 전문 법인 ( 이하 이 조 에서 " 물류 전문 법인 " 이 라 한다 ) 과 합병 하 는 경우 로서 분할 로 신설 되 는 법인 또는 분할 합병 의 상대방 법인 이 분할 법인 또는 소멸 한 분할 합병 의 상대방 법인 의 자산 을 평가 하 여 승계 한 경우 그 승계 한 자산 ( 대통령령 으로 정하 는 자산 만 해당 한다 ) 의 가액 중 해당 자산 에 대한 분 할 평가 차익 에 상당 하 는 금액 은 「 법인세법 」 제 46 조제 1 항 각 호 외 의 본문 에 따라 분할 등 기일 이 속하 는 사업 연도 의 소득 금액 을 계산 할 때 손금 에 산입 할 수 있 다 . 다만 , 분할 법인 과 분할 로 신설 되 는 법인 또는 분할 합병 의 상대방 법인 이 「 법인세법 」 제 2 조제 12 호 에 따른 특수 관계 인 에 해당 하 는 경우 에 는 그러 하 지 아니하 다 . < 개정 2011 . 12 . 31 , 2018 . 12 . 24 > 
 1 . 분할 등 기일 현재 1 년 이상 계속 하 여 사업 을 한 내국 법인 이 대통령령 으로 정하 는 바 에 따라 분할 하 는 것 일 것 
 2 . 「 법인세법 」 제 46 조제 1 항 제 2 호 및 제 3 호 에 해당 할 것 
 
 제 46 조 의 6 ( 물류 법인 의 합병 시 이월 결손금 의 승 계 에 대한 과세 특례 ) 물류 산업 을 경영 하 는 법인 ( 이하 이 조 에서 " 물류 법인 " 이 라 한다 ) 이 2009 년 12 월 31 일 까지 다른 물류 법인 을 합병 하 는 경우 로서 다음 각 호 의 요건 을 모두 갖춘 경우 에 는 합병 등 기일 현재 합병 으로 인하 여 소멸 하 는 법인 ( 이하 " 피 합병 법인 " 이 라 한다 ) 의 「 법인세법 」 제 13 조제 1 항 제 1 호 에 따른 결손금 은 대통령령 으로 정하 는 금액 의 범위 에서 같 은 법 제 45 조 에 따라 합병 법인 의 각 사업 연도 의 과세 표준 을 계산 할 때