ALIGN - 2 가 아미노산 서열 비교 에 사용 되 는 경우 에 , 소정 의 아미노산 서열 B 에 대한 , 이것 과 , 또는 이 에 대항 한 소정 의 아미노산 서열 A 의 % 아미노산 서열 동일 성 ( 대안 적 으로 소정 의 아미노산 서열 B 에 대한 , 이것 과 , 또는 이 에 대항 한 소정 의 % 아미노산 서열 동일 성 을 갖 거나 포함 하 는 소정 의 아미노산 서열 A 로서 표현 될 수 있 음 ) 은 하 기 한 바 대로 계산 된다 :