본원 에서 사용 되 는 바 와 같이 , " "" 바람직 한 """," "" 최적 의 "" 및 "" 고 코돈 사용 편향성 "" 코돈 은 단독 으로 또는 조합 하 여 사용 될 때 ", 단백질 코딩 영역 에 있 어서 동일 아미노산 을 코딩 하 는 다른 코돈 보다 더 높 은 빈도 로 사용 되 는 코돈 을 상호 교환 가능 하 게 지칭 한다 . 바람직 한 코돈 은 단일 유전자 에서 의 코돈 사용 , 공통 적 인 기능 또는 기원 의 유전자 세트 , 고도 로 발현 된 유전자 , 전체 유기체 의 집합 적 단백질 코딩 영역 에서 의 코돈 빈도 , 관련 유기체 의 집합 적 단백질 코딩 영역 에서 의 코돈 빈도 , 또는 이 들 의 조합 과 관련 하 여 결정 될 수 있 다 . 유전자 발현 수준 에 따라 그 의 빈도 가 증가 하 는 코돈 은 일반 적 으로 발현 을 위한 최적 코돈 이 다 . 특정 유기체 에서 의 코돈 빈도 ( 예 를 들 어 , 코돈 사용 , 관련 동의 코돈 사용 ) 및 코돈 선호도 를 결정 하 기 위해 , 예 를 들 어 클러스터 분석 또는 대응 분석 등 을 사용 하 는 다 변량 분석 , 및 유전자 에 사용 된 코돈 의 효과 적 인 수 를 비롯 한 다양 한 방법 이 공지 되 어 있 다 ( 예 를 들 어 , GCG CodonPreference , Genetics Computer Group Wisconsin Package ; CodonW , Peden , University of Nottingham ; McInerney , Bioinform . , 14 : 372 - 73 [ 1998 ] ; Stenico et al . , Nucl . Acids Res . , 222437 - 46 [ 1994 ] ; 및 Wright , Gene 87 : 23 - 29 [ 1990 ] 참조 ) . 코돈 사용 표 가 다수 의 상이 한 유기체 에 대해 이용 가능 하 다 ( 예 를 들 어 , Wada et al . , Nucl . Acids Res . , 20 : 2111 - 2118 [ 1992 ] ; Nakamura et al . , Nucl . Acids Res . , 28 : 292 [ 2000 ] ; Duret , et al . , supra ; Henaut and Danchin , in Escherichia coli and Salmonella , Neidhardt , et al . ( eds . ) , ASM Press , Washington D . C . , p . 2047 - 2066 [ 1996 ] 참조 ) . 코돈 사용 을 수득 하 기 위한 데 이타 공급원 은 단백질 을 코딩 할 수 있 는 임의 의 이용 가능 한 뉴클레오티드 서열 에 의존 할 수 있 다 . 이러 한 데 이타 세트 는 발현 된 단백질 을 코딩 하 는 것 으로 실제 공지 된 핵산 서열 ( 예 를 들 어 , 완전 한 단백질 코딩 서열 - CDS ) , 발현 된 서열 태그 ( ESTS ) , 또는 게놈 서열 의 예측 된 코딩 영역 ( 예 를 들 어 , Mount , Bioinformatics : Sequence and Genome Analysis , Chapter 8 , Cold Spring Harbor Laboratory Press , Cold Spring Harbor , N . Y . [ 2001 ] ; Uberbacher , Meth . Enzymol . , 266 : 259 - 281 [ 1996 ] ; 및 Tiwari et al . , Comput . Appl . Biosci . , 13 : 263 - 270 [ 1997 ] 참조 ) 을 포함 한다 .