RNA 서열 분석 을 하 려고 하 는 샘플 에서 전체 RNA 분자 들 을 추출 하 여 해독 하 는 것 이 일반 적 인 방법 이 다 . 대부분 의 RNA 서열 분석 의 연구 목적 은 유전자 의 발현 에 대한 것 으로 주로 messenger RNA 를 대상 으로 염기 서열 과 그 수 를 분석 하 는 것 이 다 . 전체 RNA 분자 중 95 % 정도 에 해당 하 는 ribosomal RNA ( rRNA ) 를 제거 하 고 , messenger RNA ( mRNA ) 분자 를 cDNA 로 역전사 ( reverse transcription ) 한 후 양쪽 끝 에 sequencing adaptor 를 붙인다 . 이렇게 제작 한 라이브러리 를 중합효소 연쇄 반응 ( polymerase chain reaction ) 으로 증폭 하 고 이것 들 의 염기 서열 을 분석 하 는 것 이 다 .