서열 비교 를 위해 , 전형 적 으로 하나 의 서열 은 표준 서열 로서 작용 하 고 이것 과 시험 서열 이 비교 된다 . 서열 비교 알고리듬 을 사용 하 는 경우 시험 및 표준 서열 은 컴퓨터 에 입력 하 고 경우 에 따라 서브 서열 배위 를 지정 하 고 서열 알고리듬 프로그램 파라미터 를 지정 한다 . 이어서 서열 비교 알고리듬 은 지정 된 프로그램 파라미터 를 기초 로 표준 서열 과 대비 하 여 시험 서열 ( 들 ) 에 대한 % 서열 동일 성 을 계산 한다 .