항체 의 일반 적 인 구조 적 측면 뿐 만 아니 다 , 파라 토프 와 에 피토프 사이 의 보다 특정 한 상호 작용 이 구조 적 접근 법 을 통해 조사 될 수 있 다 . 한 실시 양태 에서 , CDR 의 구조 는 파 라토프 에 기여 하 며 , 이 를 통해 항체 가 에 피토프 에 결합 할 수 있 다 . 이러 한 파 라토프 의 형태 는 다수 의 방식 으로 결정 될 수 있 다 . 종래 의 구조 적 조사 접근 법 , 예컨대 NMR 또는 x 선 결정학 이 이용 될 수 있 다 . 이러 한 접근 법 은 파 라토프 단독 또는 에 피토프 에 결합 되 어 있 는 파 라토프 의 형태 를 조사 할 수 있 다 . 대안 적 으로 , 분자 모델 이 인 실리 코 생성 될 수 있 다 . 구조 는 상업 적 패키지 , 예컨대 엑셀 리스 ( Accelrys ) ( 캘리포니아주 샌디에고 ) 로부터 의 InsightII 모델링 패키지 의 도움 으로 상동성 모델링 을 통해 생성 될 수 있 다 . 간략 하 게 , 조사 될 항체 의 서열 을 이용 하 여 공지 된 구조 의 단백질 의 데이터베이스 , 예컨대 단백질 데이터 뱅크 를 검색 할 수 있 다 . 공지 된 구조 를 갖 는 상동 단백질 을 확인 한 후 에 , 이 들 상동 단백질 을 모델링 주형 으로 사용 한다 . 각각 의 가능 한 주형 을 정렬 시킬 수 있 으며 , 이 에 따라 주형 사이 의 서열 정렬 을 기반 으로 한 구조 가 생산 된다 . 이어서 , 미지 의 구조 를 갖 는 항체 의 서열 을 이 들 주형 과 정렬 시켜 미지 의 구조 를 갖 는 항체 에 대한 분자 모델 을 생성 할 수 있 다 . 당업자 가 이해 하 게 되 는 바 와 같이 , 이러 한 인 실리 코 구조 를 생성 하 기 위한 다수 의 대안 적 인 방법 이 존재 하 며 , 이 들 중 임의 의 것 이 이용 될 수 있 다 . 예 를 들 어 , QUANTA ( 폴 리젠 코 포레이 션 ( Polygen Corp . ) , 매사추세츠주 월섬 ) 및 CHARM ( 문헌 [ Brooks et al . , ( 1983 ) , J . Comp . Chem . 4 : 187 ] ) 을 이용 하 는 허여 된 미국 특허 번호 5 , 958 , 708 ( Hardman et al . ) ( 그 의 전체 내용 이 본원 에 참고 로 포함 됨 ) 에 기재 된 것 과 유사 한 방법 이 이용 될 수 있 다 .