분자 동역학 은 전형 적 으로 수백 내지 수천 개 의 입자 들 로 이루어진 계 에 적용 된다 . 그런 작 은 계 는 필연 적 으로 표면 효과 가 나타날 수 밖에 없 다 . 표면 효과 가 관심 의 대상 이 아니 라면 주 기 경계 조건 ( periodic boundary condition ) 에 의해 표면 효과 를 없애 주 어야 만 덩치 ( bulk ) 에서 의 계 의 성질 을 알 수 있 다 .