본원 에서 사용 된 바 와 같이 , 두 개 의 아미노산 서열 간 의 퍼센트 상동성 은 두 개 의 서열 간 의 퍼센트 동일 성 과 동등 하 다 . 두 개 의 서열 간 의 퍼센트 동일 성 은 갭 ( gap ) 의 수 , 및 각 갭 의 길이 를 고려 하 여 서열 에 의해 공유 되 는 동일 한 위치 의 수 의 함수 이 며 ( 즉 , % 상동성 = 동일 한 위치 의 #/ 위치 의 총 # x 100 ) , 두 개 의 서열 의 최적 의 정렬 이 도입 될 필요 가 있 다 . 두 개 의 서열 간 의 서열 의 비교 및 퍼센트 동일 성 의 결정 은 수학 적 알고리즘 을 사용 하 여 달성 될 수 있 으며 , 하 기 비 - 제한 적 예 에서 기술 된 바 와 같 다 .