퍼센트 서열 동일 성 은 비교 창 에 걸쳐 최적 으로 정렬 된 2 개 의 서열 을 비교 함 으로써 결정 되 며 , 여기 서 비교 창 내 폴리뉴클레오티드 또는 폴리펩티드 서열 의 일부 는 2 개 서열 의 최적 정렬 에 대해 ( 첨가 또는 결실 을 포함 하 지 않 는 ) 참조 서열 과 비교 하 여 첨가 또는 결실 ( 즉 , 갭 ) 을 포함 할 수 있 다 . 퍼센트 는 두 서열 에서 동일 한 핵산 염기 또는 아미노산 잔기 가 존재 하 는 위치 의 개수 를 결정 하 여 일치 하 는 위치 의 개수 를 산출 하 고 , 일치 된 위치 의 개수 를 비교 창 내 총 위치 의 개수 로 나누 고 그 결과 에 100 을 곱하 여 퍼센트 서열 동일 성 을 산출 하 여 계산 된다 .