본원 에 따른 일 구현 예 에서 는 특히 이온 을 4 개 의 전극 주로 구성 되 는 사중 양극 에 유도 하 여 질량 / 전하 ( m / z ) 비율 에 따라 분석 하 는 방식 의 예 를 들 면 Triple Quadrupole ( Q 1 , Q 2 , Q 3 ) 질량분석기 를 이용 한 다중 반응 모니터링 ( Multiple reaction monitoring , MRM ) 모드 가 사용 된다 . MRM 질량 분석법 의 원리 는 선정 된 타 겟 단백질 들 을 모두 펩타이드 로 가 수분 해 시킨 후 에 , 각 타 겟 단백질 들 에 특이 적 인 mass to charge ( m / z ) 를 가지 는 펩타이드 ( precursor ion , MS 1 ) 를 선택 한다 . 이 특이 적 인 펩타이드 를 충돌 시켰 을 때 ( Quadruple 2 , Q 2 ) , 발생 하 는 파편 들 중 에서 특징 적 인 m / z 를 가지 는 특이 적 질량 을 가진 단편 ( fragmentation ion , MS 2 ) 을 선택 한다 . MS 1 / MS 2 에서 각각 얻 어 지 는 precursor ion / fragment ion 의 쌍 을 타 겟 단백질 의 특이 적 transition ( 타 겟 단백질 의 특이 적 질량 지문 ) 이 라 명명 하 며 , 이 transition 들 을 모든 타 겟 단백질 ( 300 단백질 이상 ) 에 대해서 측정 하 면 시료 에 있 는 모든 타 겟 단백질 의 양 을 동시 에 상대 혹은 절대 정량 할 수 있 다 . 상대 혹은 절대 정량 을 위해서 는 SIS ( 동위 원소 치환 된 동일 아미노산 순서 의 ) 펩타이드 를 표준 물질 로 사용 하 는데 , 측정 시료 의 input 표준 물질 ( SIS 펩타이드 ) 양 을 알 고 있 기 때문 에 타 겟 펩타이드 양 을 비례 적 으로 계산 할 수 있 는 원리 이 다 . MS 2 를 통과 한 transition 은 검출기 에서 digital signal 로 전환 되 어 peak chromatogram 으로 전환 되 며 peak 면적 을 계산 하 여 상대 및 절대 정량 분석 을 수행 할 수 있 게 된다 . 이러 한 원리 로 MRM 은 목적 하 는 분석 대상 만 을 높 은 민감 도로 선택 적 으로 검출 및 정량 이 가능 하 다 .