서열 의 비교 및 두 서열 들 간 의 백분율 동일 성 의 결정 은 수학 적 알고리즘 을 이용 하 여 이루어질 수 있 다 . 바람직 한 구체 예 에서 , 두 개 의 아미노산 서열 간 의 백분율 동일 성 은 BLOSUM 62 매트릭스 또는 PAM 250 매트릭스 , 및 16 , 14 , 12 , 10 , 8 , 6 , 또는 4 의 갭 가중치 ( gap weight ) 및 1 , 2 , 3 , 4 , 5 , 또는 6 의 길 이 가중치 ( length weight ) 를 이용 하 여 , GCG 소프트웨어 ( http : / / www . gcg . com 에서 입수 가능 함 ) 의 GAP 프로그램 에 반영 된 Needleman 등 ( 1970 ) J . Mol . Biol . 48 : 444 - 453 ) 의 알고리즘 을 이용 하 여 결정 된다 . 또 다른 바람직 한 구체 예 에서 , 두 개 의 뉴클레오티드 서열 간 의 백분율 동일 성 은 NWSgapdna . CMP 매트릭스 및 40 , 50 , 60 , 70 , 또는 80 의 갭 가중치 와 1 , 2 , 3 , 4 , 5 , 또는 6 의 길 이 가중치 를 이용 하 여 , GCG 소프트웨어 패키지 ( http : / / www . gcg . com 에서 입수 가능 함 ) 의 GAP 프로그램 을 이용 하 여 결정 된다 . 특히 바람직 한 파라미터 의 세트 ( 및 실무자 가 분자 가 본 발명 의 서열 동일 성 또는 상동성 한계 내 에 속하 는지 여부 를 결정 하 기 위해 어떤 파라미터 를 적용 해야 하 는지 확신 이 없 는 경우 이용 되 어야 하 는 파라미터 세트 ) 는 12 의 갭 페널티 ( gap penalty ) , 4 의 갭 연장 페널티 ( gap extend penalty ) 및 5 의 프레임 쉬프 트 갭 페널티에 의한 BLOSUM 62 평점 ( scoring ) 매트릭스 이 다 .