서열 비교 를 위해 , 전형 적 으로 하나 의 서열 이 시험 서열 과 비교 되 는 참조 서열 로 작용 한다 . 서열 비교 알고리즘 을 이용 하 는 경우 에 , 시험 및 참조 서열 을 컴퓨터 에 입력 하 고 , 필요 한 경우 에 는 하위 서열 좌표 를 지정 하 고 , 서열 알고리즘 프로그램 파라미터 를 지정 한다 . 디폴트 프로그램 파라미터 를 사용 할 수 있 거나 , 또는 대안 적 인 파라미터 를 지정 할 수 있 다 . 이어서 , 서열 비교 알고리즘 은 프로그램 파라미터 를 기반 으로 하 여 참조 서열 에 대한 시험 서열 의 서열 동일 성 퍼센트 를 계산 한다 .