식물체 를 이용 한 유용 재조합 단백질 의 생산 시스템 은 크 게 4 종류 로 구분 할 수 있 다 . 첫째 는 잎 에서 발현 된 단백질 을 이용 하 는 법 , 둘째 는 곡물 과 콩 의 종자 를 이용 하 는 법 , 셋째 는 과실 과 열매 를 이용 하 는 법 그리고 마지막 으로 면사 와 기름 종자 를 이용 하 는 법 등 이 있 다 . 이 들 모두 는 각각 의 장점 을 가지 고 있 지만 현재 대두 하 고 있 는 환경 영향 적 면 에서 모두 문제점 을 가지 고 있 다 . 식물 유전 공학 분야 에서 현재 대두 되 고 있 는 첫 번 째 문제 는 식물 의 생 육 시 주변 환경 에 의해 식물 의 성장 이 안정 적 이 지 못하 고 저해 되 어 산출량 이 낮 아 질 수 있 다는 문제점 이 며 , 다른 문제 는 형질 전환 된 식물 에 의해 주변 의 식물 들 이 오염 될 수 있 다는 것 이 다 . 물론 아직 까지 는 과학 적 인 분석 을 통해 심각 한 문제 를 일으킨다는 것 을 밝혀낸 보고 는 없 으나 , 유전자 조작 콩 이나 옥수수 의 경우 를 보 건대 식물 유전 공학 에 의해 생산 되 는 외래 단백질 발현 식물체 의 생산 시 앞 으로 환경 적 인 면 에 대한 문제 가 제기 될 소지 가 크 다 .