단백질 에 대한 테스트 화합물 의 결합 및 친화성 을 평가 하 기 위해 , 예 를 들 면 , 친화성 선택 - 질량 분광 측정 분석 을 이용 한다 . 1 μ M 의 펩 티 도미 메 틱 거대 고리 및 5 μ M 의 hMDM 2 를 사용 하 는 시스템 광범위 제어 실험 에 대해 요약 된 하 기 대표 적 인 절차 에 따라 단백질 - 리간드 결합 실험 을 수행 한다 . 펩 티 도미 메 틱 거대 고리 의 40 μ M 저장 용액 의 1 ㎕ DMSO 분취 액 을 19 ㎕ 의 PBS ( 인산염 완충 식염수 : 50 mM , pH 7 . 5 , 150 mM NaCl 을 함유 하 는 인산염 완충제 ) 에 용해 시킨다 . 생성 된 용액 을 반복 된 피펫 팅 으로 혼합 하 고 10 , 000 g 에서 10 분 동안 원심 분리 하 여 정화 한다 . 생성 된 상청 액 의 4 ㎕ 분취 액 에 4 ㎕ 의 PBS 중 의 10 μ M hMDM 2 를 첨가 한다 . 따라서 , 각각 의 8 . 0 ㎕ 실험 샘플 은 PBS 중 의 5 . 0 μ M 농도 로 40 pmol ( 1 . 5 ㎍) 의 단백질 , 1 μ M 펩 티 도미 메 틱 거대 고리 및 2 . 5 % DMSO 를 함유 한다 . 이 로써 각각 의 농도 점 에 대해 제조 된 중복 샘플 을 실온 에서 60 분 동안 인 큐 베이 션 한 후 , 5 . 0 ㎕ 주 입물 의 크기 배제 크로마토그래피 - LC - MS 분석 전 에 4 ℃ 로 냉각 시킨다 . 표적 단백질 , 단백질 - 리간드 착 물 및 비 결합 된 화합물 을 함유 하 는 샘플 을 SEC 컬럼 상 에 주입 하 는데 , 이때 상기 착 물 은 신속 한 SEC 단계 에 의해 비 결합 성분 으로부터 분리 된다 . UV 검출기 를 이용 하 여 SEC 컬럼 용출 물 을 모니터링 하 여 , SEC 컬럼 의 공극 용적 에서 용출 되 는 초기 용출 단백질 분획 이 컬럼 상 에 보유 된 비 결합 된 성분 으로부터 잘 분리 되 는 것 을 확인 한다 . 단백질 및 단백질 - 리간드 착 물 을 함유 하 는 피크 는 1 차 UV 검출기 로부터 용출 된 후 샘플 루프 ( loop ) 로 들어가 고 , 이 루프 에서 SEC 단계 의 유동 스트림 으로부터 제거 되 고 밸 빙 ( valving ) 기 작 을 통해 LC - MS 로 직접 적 으로 옮겨진다 . 펩 티 도미 메 틱 거대 고리 의 ( M + 3 H ) 3 + 이온 을 예측 된 m / z 에서 ESI - MS 로 관찰 하 여 단백질 - 리간드 착 물 의 검출 을 확인 한다 .