GAGE 분석 전 , 카운트 행렬 의 균질 성 을 이루 고 , 표본 전반 에 걸친 과도 하 게 큰 발현 의 변화 를 보이 는 유전자 의 영향력 을 감소 시키 기 위해 가공 되 지 않 은 읽 기 카운트 ( raw read count ) 에 대해 분산 - 안정 변환 ( variance - stabilizing transformation ) 을 실시 하 였 다 . GAGE 분석 은 Bioconductor 패키지 ' gage ' 의 ' gage ' 함수 가 지원 하 는 ' compare ' 인수 로 통제 할 수 있 는 집단 간 비교 를 기반 으로 시행 하 였 다 . PPV 비 보인자 와 비교 하 여 PPV 보인자 의 종양 에서 Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes ( KEGG ) 경로 를 구성 하 는 유전자 성분 들 의 상향 및 하향 조절 을 동시 에 측정 하 였 다 .