일반 적 으로 가수 분해 단백질 의 활성 을 측정 하 는 방법 으로 는 합성 된 기질 을 사용 하 여 가수 분해 단백질 에 의해 생성 된 산물 을 초고압 액체 크로마토그래피 ( High Performance Liquid Chromatography ) 로 측정 하 거나 ( Bjurlin , M . S . Bloomer , S . and Nelson , C . J . Biotechnol . Lett . 2002 , 24 , 191 ) , 얇 은 막 전기영동 ( thin - layer electrophoresis ) 으로 측정 하 는 방법 이 있 다 ( Kotler , M . Katz , R . A . Danho , W . Leis , J . Skalka , A . M . Proc . Natl . Acad . Sci . U . S . A . 1988 . 85 , 4185 ) . 그러나 , 이 방법 은 과정 이 복잡 하 고 시간 이 많이 소요 될 뿐 만 아니 라 기질 에 대한 정량 분석 이 어려운 단점 이 있 다 . 이러 한 문제점 때문 에 , 현재 는 가수 분해 단백질 의 활성 을 측정 하 기 위해 형광 물질 을 이용 하 는 방법 이 주로 활용 되 고 있 다 . 예 를 들 어 , 프로 티 아제 ( protease ) 의 경우 에 는 형광 발생 펩타이드 ( fluorogenic peptide ) 를 기질 로 사용 하 거나 ( Harris , J . L . Backes , B . J . Leonetti , F . Mahrus , S . Ellman , J . A . and Craik , C . S . Proc . Natl . Acad . Sci . U . S . A . 2000 , 97 , 7754 ) , 펩타이드 기질 에 형광 물질 쌍 이나 혹은 형광 물질 - 형광 억제제 ( quencher ) 의 쌍 을 부착 시켜 형광 공명 에너지 전이 ( Forster resonance energy transfer , FRET ) 을 이용 하 는 방법 이 널리 사용 되 고 있 다 ( Matayoshi , E . D . Wang , G . T . Krafft , G . A . Erickson , J . Science , 1990 , 247 , 954 ; US Publication No . 20050014160 ) . 특히 , FRET 에 의한 방법 은 한 쌍 으로 구성 된 공 여체 ( donor ) 와 수용체 ( acceptor ) 의 거리 에 크 게 의존 하 기 때문 에 가수 분해 단백질 의 활성 을 보다 정확 하 게 측정 할 수 있 는 방법 으로 알려져 있 다 . FRET 이 란 형광 물질 인 공 여체 가 빛 에너지 를 흡수 하 여 여기 ( excitation ) 되 면 형광 으로 방출 하 는 대신 , 10 nm 이 내 에 근접 해 있 는 수용체 에 공명 현상 을 통해 비 복사 에너지 ( non - radiative energy ) 가 전달 됨 으로써 수용체 의 장파장 형광 이 방출 ( emission ) 되 는 원리 이 다 . 수용체 와 공 여체 가 10 nm 이상 의 거리 에 있 거나 , 수용 체 의 흡광 파장 이 공 여체 의 발광 파장 영역 과 중복 ( overlap ) 되 지 않 을 경우 에 는 공명 에 의한 에너지 전이 는 발생 하 지 않 기 때문 에 공 여체 의 여기 가 수용체 의 발광 으로 이어지 지 않 는다 . 그러나 , 이러 한 형광 공명 에너지 전이 를 이용 한 가수 분해 단백질 의 측정 방법 은 두 형광 물질 이 초기 외부 빛 에너지 에 의해 빠르 게 감쇠 ( photobleaching ) 될 수 있 기 때문 에 장시간 측정 이 어렵 고 , 적절 한 공 여체 - 수용체 의 쌍 은 극히 제한 적 으로 사용 되 고 있 어서 하나 의 광원 으로 여러 종류 의 가수 분해 단백질 을 동시 에 측정 하 는 것 은 불 가능 하 다 .