일 구 현 에서 , 상기 형광 표지 는 형광 염료 분자 ( fluorescent dye molecule ) 이 다 . 어떤 구현 에서 , 상기 형광 염료 분자 는 인돌 륨 고리 의 3 - 탄소 상 의 치환기 가 화학 적 반응기 ( chemically reactive group ) 또는 복합 물질 ( conjugated substance ) 을 포함 하 는 , 적어도 하나 의 치환 된 인돌 륨 고리 시스템 ( indolium ring system ) 을 포함 한다 . 어떤 구현 에서 , 상기 염료 분자 는 예 를 들 어 , 알렉사 플루오르 488 ( AlexaFluor 488 ) , 알렉사 플루오르 532 ( AlexaFluor 532 ) , 알렉사 플루오르 647 ( AlexaFluor 647 ) , 알렉사 플루오르 680 ( AlexaFluor 680 ) 또는 알렉사 플루오르 700 ( AlexaFluor 700 ) 과 같 은 알렉사 플루오르 분자 를 포함 한다 . 다른 구현 에서 , 상기 염료 분자 는 예 를 들 어 , 두 개 의 상이 한 알렉사 플루오르 분자 와 같 은 제 1 형 및 제 2 형 의 염료 분자 를 포함 한다 . 다른 구현 에서 , 상기 염료 분자 는 제 1 형 및 제 2 형 염료 분자 를 포함 하 고 , 두 개 의 염료 분자 는 서로 다른 방출 스펙트럼 ( emissioni spectra ) 를 가진다 .