게놈 DNA 유래 의 DNA 시료 에 포함 되 는 목적 으로 하 는 DNA 영역 을 포함 하 는 단일 가닥 DNA ( 플러스 가닥 ) 와 혼합 시키 는 마스킹 용 올리 고 뉴클레오티드 는 , 1 종류 여도 되 고 복수 종류 여도 된다 . 복수 종류 를 이용 하 면 , 목적 으로 하 는 영역 의 DNA 를 포함 하 는 단일 가닥 DNA 의 메틸화 감수 성 제 한 효소 의 인식 부위 의 대부분 이 이중 가닥 DNA 상태 가 되 고 , 메틸화 감수 성 제 한 효소 로 의 , 상기 의 「 DNA 의 남 은 조각 」 을 최소한 으로 억제 할 수 있 다 . 단 , 마스킹 용 올리 고 뉴클레오티드 가 이중 가닥 DNA 를 형성 한 개소 에 는 , 메틸화 DNA 항체 를 결합 할 수 없 어 지 므로 , 마스킹 용 올리 고 뉴클레오티드 를 , 너무 많 은 메틸화 감수 성 제 한 효소 인식 부위 에 대해 이용 하 는 것 은 적절 하 지 않 으며 , 적당 한 종류 를 이용 하 는 것 이 바람직 하 다 . 만일 , 목적 으로 하 는 DNA 영역 에 포함 되 는 모든 메틸화 감수 성 제 한 효소 의 인식 부위 에 마스 킹 용 올리 고 뉴클레오티드 를 사용 하 면 , 당해 인식 부위 에 있 어서 의 메틸 화 되 어 있 는 염기 ( 사이토신 ) 와 메틸화 DNA 항체 의 결합 이 저해 되 어 , 원 하 는 복합체 의 형성 확립 이 낮 아 질 가능 성 이 있 다 ( 당해 인식 부위 이외 의 CpG 에 , 메틸화 DNA 항체 는 물론 결합 되 지만 , 메틸화 DNA 항체 를 검출 혹은 정량 하 는 경우 , 그 검출 감도 및 정량 정밀도 는 낮 아 진다 ) . 마스킹 용 올리 고 뉴클레오티드 는 , 예 를 들 면 , 목적 으로 하 는 DNA 영역 에 포함 되 는 몇 개소 존재 하 는 메틸화 감수 성 제 한 효소 의 인식 배열 중 , 메틸 화 되 어 있 는 경우 에 는 소화 하 지 않 고 메틸 화 되 어 있 지 않 은 경우 에 는 소화 하 고 싶 은 개소 ( 예 를 들 면 , 질환 환자 검체 에서 는 100 % 메틸 화 되 어 있 고 , 정상 인 검체 에서 는 100 % 메틸 화 되 어 있 지 않 은 개소 등 ) 에 따라 설계 하 며 , 이것 을 사용 하 는 것 이 특히 유용 하 다 .