변법 2 에 있 어서 의 , 제 1 공정 의 종료 직후 부터 제 3 공정 의 개시 직전 까지 의 사이 에 , 추가 적 으로 실시 하 는 , ( i ) 제 1 공정 에서 분리 된 단일 가닥 DNA , 및 적어도 1 종류 의 메틸화 감수 성 제 한 효소 의 인식 배열 을 그 일부 로서 갖 는 마스킹 용 올리 고 뉴클레오티드 를 혼합 하 는 공정 , 및 ( ii ) 이전 공정 에 의해 얻 어 진 혼합물 ( 중 에 존재 하 는 목적 으로 하 는 DNA 영역 에서 DNA 가 메틸 화 되 어 있 지 않 은 단일 가닥 DNA ) 을 상기 의 메틸화 감수 성 제 한 효소 에 의해 소화 하 는 공정 은 , 구체 적 으로 는 예 를 들 면 , 이하 와 같이 실시 하 면 된다 . 제 1 공정 에서 분리 된 단일 가닥 DNA 를 포함 하 는 용액 10 μ L 에 , 최 적 인 10 × 완충액 을 3 μ L , 메틸화 감수성 효소 ( HhaI , HhaI 등 ) 를 15 U , 상기 메틸화 감수성 효소 의 인식 배열 중 1 개소 의 특정 개소 에 대한 마스킹 용 올리 고 뉴클레오티드 를 약 10 pmol , 그 밖 에 , 필요 에 따라 BSA 등 을 적당량 더 하 고 , 다음 에 당해 혼합물 에 멸균 초 순수 를 더 해 액량 을 30 μ L 로 하 여 , 37 ℃ 로 예 를 들 면 1 시간 ∼ 하룻밤 인 큐 베이 션 한다 . 이 에 의해 , 목적 으로 하 는 DNA 영역 에서 메틸 화 되 어 있 지 않 은 당해 개소 는 소화 되 게 된다 ( 처리 용액 ) . 예 를 들 면 , 당해 조작 을 복합체 형성 전 에 실시 하 는 경우 에 는 , 복합체 형성 및 / 또는 분리 시 에 세정 조작 을 실시 하 므로 , 상기 의 처리 용액 을 복합체 형성 에 직접 사용 하 면 된다 . 또 , 당해 조작 을 복합체 분리 후 에 실시 하 는 경우 에 는 , 처리 용액 중 에 존재 하 는 부유 의 단일 가닥 DNA ( 당해 메틸화 감수 성 제 한 효소 의 인식 부위 가 메틸 화 되 어 있 지 않 고 , 그 때문 에 소화 되 어 생성 된 단일 가닥 DNA ) 를 처리 용액 중 으로부터 제거 할 필요 가 있 으므로 , 복합체 형성 및 / 또는 분리 시 에 실시 하 는 세정 조작 과 동일 한 세정 조작 을 , 당해 공정 종료 후 에 재차 실시 할 필요 가 있 다 .