변법 1 에 있 어서 의 , 제 1 공정 의 종료 직후 부터 제 3 공정 의 개시 직전 까지 의 사이 에 추가 적 으로 실시 하 는 , 제 1 공정 에서 분리 된 단일 가닥 DNA 를 , 적어도 1 종류 의 단일 가닥 DNA 를 소화 할 수 있 는 메틸화 감수 성 제 한 효소 에 의해 소화 처리 하 는 공정 은 , 구체 적 으로 는 예 를 들 면 , 이하 와 같이 실시 하 면 된다 . 제 1 공정 에서 분리 된 단일 가닥 DNA 를 포함 하 는 용액 10 μ L 에 , 최 적 인 10 × 완충액 을 3 μ L , 단일 가닥 을 소화 할 수 있 는 메틸화 감수성 효소 ( HhaI ) 를 15 U , 그 밖 에 , 필요 에 따라 BSA 등 을 적당량 더 하 고 , 다음 에 당해 혼합물 에 멸균 초 순수 를 더 해 액량 을 30 μ L 로 하 여 , 37 ℃ 로 예 를 들 면 1 시간 ∼ 하룻밤 인 큐 베이 션 한다 . 이 에 의해 , 목적 으로 하 는 DNA 영역 에서 메틸 화 되 어 있 지 않 은 HhaI 인식 부위 는 소화 되 게 된다 ( 처리 용액 ) . 예 를 들 면 , 당해 공정 을 복합체 형성 전 에 실시 하 는 경우 에 는 , 복합체 형성 및 / 또는 분리 시 에 세정 조작 을 실시 하 므로 , 상기 의 처리 용액 을 복합체 형성 에 직접 사용 하 면 된다 . 또 당해 공정 을 복합체 분리 후 에 실시 하 는 경우 에 는 , 처리 용액 중 에 존재 하 는 부유 의 단일 가닥 DNA ( 당해 메틸화 감수 성 제 한 효소 의 인식 부위 가 메틸 화 되 어 있 지 않 고 , 그 때문 에 소화 되 어 생성 된 단일 가닥 DNA ) 를 처리 용액 중 으로부터 제거 할 필요 가 있 으므로 , 복합체 형성 및 / 또는 분리 시 에 실시 하 는 세정 조작 과 동일 한 세정 조작 을 , 당해 공정 종료 후 에 재차 실시 할 필요 가 있 다 .