2 개 의 뉴클레오티드 서열 사이 의 퍼센트 동일 성 은 NWSgapdna . CMP 매트릭스 및 40 , 50 , 60 , 70 또는 80 의 갭 가중 치 및 1 , 2 , 3 , 4 , 5 또는 6 의 길 이 가중치 를 사용 하 는 GCG 소프트웨어 패키지 내 의 GAP 프로그램 ( http : / / www . gcg . com 에서 이용 가능 ) 을 사용 하 여 결정 될 수 있 다 . PAM 120 가중치 잔기 표 , 갭 길 이 페널티 12 및 갭 페널티 4 를 사용 하 여 ALIGN 프로그램 ( 버 젼 2 . 0 ) 내 로 혼입 된 문헌 [ E . Meyers and W . Miller ( CABIOS , 4 : 11 - 17 ( 1989 ) ) ] 의 알고리즘 을 사용 하 여 2 개 의 뉴클레오티드 또는 아미노산 서열 사이 의 퍼센트 동일 성 을 또한 결정 할 수 있 다 . 또한 , 2 개 의 아미노산 서열 사이 의 퍼센트 동일 성 은 블로섬 ( Blossum ) 62 매트릭스 또는 PAM 250 매트릭스 및 갭 가중치 16 , 14 , 12 , 10 , 8 , 6 , 또는 4 및 길 이 가중치 1 , 2 , 3 , 4 , 5 , 또는 6 을 사용 하 는 GCG 소프트웨어 패키지 내 의 GAP 프로그램 ( http : / / www . gcg . com 에서 이용 가능 ) 내 로 혼입 된 문헌 [ Needleman and Wunsch ( J . Mol . Biol . ( 48 ) : 444 - 453 ( 1970 ) ) ] 알고리즘 을 사용 하 여 결정 할 수 있 다 .