단백질 상호 작용 ( protein - protein interaction ) 은 생체 내 에서 특정 한 생물학 적 작용 이 수행 되 기 위해 여러 단백질 들 이 상호 간 에 형성 하 는 관계 로 정의 할 수 있 다 . 즉 , 단백질 상호 작용 관계 는 하나 의 단백질 이 다른 단백질 과 특정 한 상호 작용 을 형성 한다고 해석 할 수 있 다 . 일반 적 으로 단백질 상호 작용 관계 는 이스트 투 하이브리드 ( yeast two hybrid ) 와 같 은 대용량 방법 ( high - throughput screening ) 에 의해 실험 되 고 있 다 . 그러나 , 이 실험 데이터 에 는 실제로 상호 작용 을 하 지 않 는 많 은 오류 ( false positive ) 를 포함 하 고 있 다 . 이 오류 를 검출 하 기 위해서 면역 침강 ( co - immunoprecipitation ) 과 같 은 생물학 적 실험 을 수행 할 수 있 으나 , 방대 한 단백질 상호 작용 관계 에 대해 이 실험 을 수행 하 기 에 는 매우 많 은 비용 이 요구 된다 .