특정 실시 형태 에서 , rAAVhu 68 은 하 기 표 에 언급 된 위치 에서 1 개 , 2 개 , 3 개 , 4 개 또는 그 초과 의 탈아마이드 화 된 잔기 의 조합 물 을 포함 하 는 하위 집단 을 갖 는 vp 1 단백질 , vp 2 단백질 및 vp 3 단백질 을 갖 는 AAVhu 68 캡시드 를 갖 는다 . rAAV 에서 의 탈아마이드 화 는 2 D 젤 전기영동 법 , 및 / 또는 질량 분석법 , 및 / 또는 단백질 모델링 기술 을 사용 하 여 결정 될 수 있 다 . 온라인 크로마토그래피 는 Acclaim PepMap 칼럼 및 NanoFlex 소스 를 갖 는 Q Exactive HF ( 써 모 피셔 사이언 티 픽사 ( Thermo Fisher Scientific ) ) 에 커플링 된 Thermo UltiMate 3000 RSLC 시스템 ( 써 모 피셔 사이언 티 픽사 ) 을 사용 하 여 수행 될 수 있 다 . MS 데이터 는 조사 스캔 ( 200 내지 2000 m / z ) 으로부터 의 가장 풍부 한 서열 결정 전 ( not - yet - sequenced ) 전구체 이온 을 동 력학 적 으로 선택 하 는 Q Exactive HF 에 대한 데이터 의존 적 인 탑 - 20 방법 을 사용 하 여 획득 된다 . 서열 결정 은 예측 된 자동 이득 제어 로 결정 된 1 e 5 이온 의 목표 값 을 사용 한 고 에너지 충돌 분열 단편 화 를 통해서 수행 되 고 , 전 구체 의 단리 는 4 m / z 의 창 으로 수행 되 었 다 . 조사 스캔 은 m / z 200 에서 120 , 000 의 분해능 으로 획득 되 었 다 . HCD 스펙트럼 에 대한 분해능 은 50 ms 의 최대 이온 주입 및 30 의 정규 화 된 충돌 에너지 를 사용 하 여 m / z 200 에서 30 , 000 으로 설정 될 수 있 다 . S - 렌즈 RF 수준 은 50 에서 설정 되 어 , 소화 로부터 펩타이드 에 의해서 점유 된 m / z 영역 의 최적 의 전달 을 제공 할 수 있 다 . 전 구체 이온 은 단편 화 선택 으로부터 단일 , 비 배정 , 또는 6 및 더 높 은 전하 상태 로 제외 될 수 있 다 . BioPharma Finder 1 . 0 소프트웨어 ( 써 모 피셔 사이언 티 픽사 ) 가 획득 된 데이터 의 분석 을 위해서 사용 될 수 있 다 . 펩타이드 맵 핑 을 위해서 , 고정 된 변형 으로서 설정 된 카바 마이도 메틸화 ; 및 가변 변형 으로서 설정 된 산화 , 탈아마이드 화 , 및 포스 포 릴 화 , 10 - ppm 질량 정확도 , 높 은 프로테아제 특이 성 및 MS / MS 스펙트럼 에 대한 0 . 8 의 신뢰 수준 을 갖 는 단기 식 단백질 FASTA 데이터베이스 를 사용 하 여 탐색 을 수행 한다 . 적합 한 프로테아제 의 예 는 예 를 들 어 , 트립신 또는 키모트립신 을 포함 할 수 있 다 . 탈아마이드 화 된 펩타이드 의 질량 분석 법 적 식별 은 비교 적 간단 한데 , 그 이유 는 탈아마이드 화 가 무 손상 분자 + 0 . 984 Da 의 질량 ( - OH 와 - NH 2 기 간 의 질량 차이 ) 에 추가 되 기 때문 이 다 . 특정 펩타이드 의 백분율 탈아마이드 화 는 탈아마이드 화 된 펩타이드 의 질량 면적 을 , 탈아마이드 화 된 펩타이드 와 네이티브 펩타이드 의 면적 의 합 으로 나눔 으로써 결정 된다 . 가능 한 탈아마이드 화 부위 의 수 를 고려 하 여 , 상이 한 부위 에서 탈아마이드 화 된 동중 원소 종 ( isobaric species ) 이 단일 피크 에서 동시 에 이동 할 수 있 다 . 결론 적 으로 , 다수 의 잠재 적 인 탈아마이드 화 부위 를 갖 는 펩타이드 로부터 기원 한 단편 이온 을 사용 하 여 탈아마이드 화 의 다수 의 부위 를 위치 시키 거나 구별 할 수 있 다 . 이러 한 경우 에 , 관찰 된 동위 원소 패턴 내 의 상대 강도 를 사용 하 여 상이 한 탈아마이드 화 된 펩타이드 이성질체 의 상대 풍부도 를 구체 적 으로 결정 할 수 있 다 . 이러 한 방법 은 , 모든 이성질체 종 에 대한 단편 화 효율 성 이 동일 하 고 , 탈아마이드 화 부위 에 의존 적 이 라고 가정 한다 . 이러 한 예시 적 인 방법 에 대한 다수 의 변경 이 사용 될 수 있 음 이 당업자 에 의해서 이해 될 것 이 다 . 예 를 들 어 , 적합 한 질량 분석기 는 , 예 를 들 어 , 사극 자 비행 시간 질량 분석기 ( quadrupole time of flight 　 mass spectrometer : QTOF ) , 예컨대 , Waters Xevo 또는 Agilent 6530 또는 오비트 랩 장비 ( orbitrap instrument ) , 예컨대 , Orbitrap Fusion 또는 Orbitrap Velos ( 써 모 피셔 사 ( Thermo Fisher ) ) 를 포함 할 수 있 다 . 적합 하 게 는 액체 크로마토그래피 시스템 은 예 를 들 어 , Waters 또는 Agilent 시스템 으로부터 의 Acquity UPLC 시스템 ( 1100 또는 1200 시리즈 ) 을 포함 한다 . 적합 한 데이터 분석 소프트웨어 는 예 를 들 어 , MassLynx ( 워터스 사 ( Waters ) ) , Pinpoint 및 Pepfinder ( 써 모 피셔 사이언 티 픽사 ) , Mascot ( 매트릭스 사이언스 사 ( Matrix Science ) ) , Peaks DB ( 바이오 인포 매 틱 스 솔루션 즈 사 ( Bioinformatics Solutions ) ) 를 포함 할 수 있 다 . 추가 의 다른 기술 은 예 를 들 어 , 문헌 [ X . Jin et al , Hu Gene Therapy Methods , Vol . 28 , No . 5 , pp . 255 - 267 , published online June 16 , 2017 ] 에 기술 될 수 있 다 .