상기 ( c ) 단계 에서 , 상기 대상 염색체 부위 를 검출 할 수 있 는 게놈 DNA 단편 들 을 선별 한다 . 이때 게놈 DNA 단편 의 염색체 상 위치 , 염기서열 , 질병 관련 성 및 기능 들 을 분석 하 여 , 적절 한 게놈 DNA 단편 을 선택 한다 . 바람직 하 기 로 는 염기서열 내 반복 서열 함유 비율 이 최대 85 % 이 며 , 게놈 DNA 단편 을 이루 는 염기 서열 이 염색체 내 단일 위치 성 ( single locus ) 을 가지 는 것 을 프로브 로 선택 하 는 것 이 좋 다 . 프로브 는 상기 대상 염색체 부위 의 전체 , 일부 또는 이 들 의 상 보체 서열 을 포함 할 수 있 다 .