SVM 의 여러 구현 들 중 에 SVM 의 특성 벡터 차원 이 높 을 때 에 도 빠른 속도 를 보이 는 TinySVM ( http : / / cl . aist - nara . ac . jp / ~ taku - ku / software / TinySVM ) 을 사용 하 였 다 . 또한 , SVM 을 훈련 ( traning ) 하 기 위해서 는 긍정 예제 와 부정 예제 가 필요 한데 긍정 예제 는 DIP 의 상호 작용 데이터 를 사용 하 였 고 부정 예제 는 현재 이 와 관련 된 데이터베이스 가 없 으므로 DIP 에 존재 하 지 않 는 단백질 쌍 을 사용 하 였 다 .