당해 메틸화 감수 성 제 한 효소 의 , 마스킹 용 올리 고 뉴클레오티드 를 결합 시킨 상태 에서 의 소화 의 유무 를 조사 하 는 방법 으로 는 , 구체 적 으로 는 예 를 들 면 , 상기 의 단일 가닥 DNA 를 주형 으로 하 고 , 해석 대상 으로 하 는 사이토신 을 인식 배열 에 포함 하 는 DNA 를 증폭 가능 한 프라이머 쌍 을 이용 하 여 PCR 을 행하 고 , DNA 의 증폭 ( 증폭 산물 ) 의 유무 를 조사 하 는 방법 을 들 수 있 다 . 해석 대상 으로 하 는 사이토신 이 메틸 화 되 어 있 는 경우 에 는 , 증폭 산물 이 얻 어 진다 . 한편 , 해석 대상 으로 하 는 사이토신 이 메틸 화 되 어 있 지 않 은 경우 에 는 , 증폭 산물 을 얻 을 수 없 다 . 이 와 같이 하 여 , 증폭 된 DNA 의 양 을 비교 함 으로써 , 해석 대상 이 되 는 사이토신 의 메틸 화 되 어 있 는 비율 을 측정 할 수 있 다 .