여러 적용 에서 아데노바이러스 벡터 의 잠재 적 능력 은 다중 유전자 변형 을 빠르 고 체계 적 으로 조작 하 고 조합 할 수 있 는 능력 으로 인해 저지 되 었 다 . 주로 사용 되 는 주 된 방법 은 게놈 중 적절 한 위치 에서 의 적합 한 제한 효소 부위 의 독특 한 이용 가능 성 에 따라 달라지 고 , 일반 적 으로 는 체계 적 인 사용 을 따르 지 않 거나 , 신속 한 단일 단계 로 정확 한 복합 변형 을 일으킨다 . 거대 게놈 DNA 단편 의 조작 및 독특 한 제한 부위 의 부족 으로 인해 상기 방법 은 기술 상 도전 과제 가 되 었 으며 , 한계 에 이르 게 되 었 다 . 또 다른 방법 에서 는 변형 시키 고자 하 는 게놈 영역 을 포함 하 는 보다 작 은 ' 셔틀 ' 벡터 , 및 바이러스 게놈 을 포함 하 는 ' 골격 ( backbone ) ' 벡터 를 생성 하 여야 한다 . 이러 한 벡터 의 경우 주요 속도 제한 단계 는 재조합 인데 , 이 는 포유 동물 세포 에서 의 상동성 재조합 에 의해 ( 이 는 빈도 가 극도 가 낮 은 이벤트 이 며 , 무작위 부위 에서 발생 하 고 , 원 하 는 재조 합체 를 단리 시키 기 위해서 는 다회 에 걸친 플라크 정제 가 수행 되 어야 한다 ) , 또는 특별 한 박테리아 균주 에서 의 상동성 재조합 에 의해 발생 한다 . 이러 한 방법 에 는 한계 가 있 다 .