유칼립투스 나무 는 들어가 는 물 의 양 에 비해 바이오매스 생성 률 이 높 지만 , 이 나무 도 넓 은 지역 에 심 을 경우 에 는 그 지역 의 물 을 많이 빨 아 들여서 지하수면 을 낮추 는 결과 를 가져온다 . 이 는 바이오매스 를 생산 하 기 위한 경작지 의 면적 도 고려 해야 만 한다는 것 을 보여준다 . 바이오매스 식물 을 경작 하 기 위해 농약 이나 비료 를 많이 사용 하 면 지하수 에 영향 을 주 고 토양 속 의 인 농도 를 높이 는 등 여러 가지 부정 적 인 결과 를 가져올 수 있 다 . 그러므로 농약 이나 비료 를 별로 필요 로 하 지 않 는 식물 을 잘 선택 하 는 것 도 중요 하 다 . 바이오매스 를 경작 할 때 또 하나 발생 할 수 있 는 문제 는 이 로 인해 식량 경작지 가 줄어들 수 있 다는 것 이 다 . 이 는 브라질 에서 대부분 의 수송 용 연료 를 공급 하 는 에탄올 을 얻 기 위한 대 규모 사탕수수 플랜테이션 이 식량 생산 경작지 를 감소 시키 고 , 숲 을 파괴 하 는 것 에서 볼 수 있 다 . 브라질 의 에탄올 생산 과정 에서 는 또 한 대 규모 발효 공장 의 가동 으로 하천 과 토양 이 크 게 오염 되 는 결과 도 나타났 다 .