일부 실시 양태 에서 , 코돈 은 바람직 하 게 는 단백질 생성 을 위해 선택 된 숙주 세포 에 의한 이용 을 위해 최적 화 된다 . 예 를 들 어 , 박테리아 에서 사용 되 는 바람직 한 코돈 은 전형 적 으로 박테리아 에서 의 발현 에 사용 된다 . 결과 적 으로 , 조작 된 효소 폴리펩티드 를 코딩 하 는 코돈 최적 화 된 폴리뉴클레오티드 는 전장 코딩 영역 내 의 코돈 위치 의 약 40 %, 50 %, 60 %, 70 %, 80 %, 90 % 또는 90 % 초과 로 바람직 한 코돈 을 함유 한다 .