로 주어진다 . 실행 의 초기 에 있 어서 는 에너지 가 퍼텐셜 성분 과 운동 성분 사이 에서 서로 교환 되 고 있 으므로 , 온도 가 미리 설정 된 값 을 벗어나 게 된다 . 이 를 감안 하 여 속도 눈금 잡 기 가 비김 되 기 에 이르 게 될 때 까지 계속 이루어져야 한다 . 보통 수백 시간 단계 동안 행해 지 고 , 그 결과 열역학 상태 를 우리 가 원 하 는 상태 에 가까워 지 기 는 하지만 꼭 같 게 되 지 는 않 는다 . 이 과정 은 안 비김 분자 동역학 에서 외부 힘 에 의해 생긴 열 을 제거 하 는 경우 에 도 사용 된다 .