본원 에서 사용 되 는 바 와 같이 , " "" 동일 성 "" 이 란 즉 ", 갭 과 삽입 을 고려 하 여 서열 매칭 이 최대 가 되 도록 서열 을 정렬 시킬 때 , 두 개 이상 의 서열 에서 상응 하 는 위치 에서 동일 한 뉴클레오티드 또는 아미노산 잔기 의 백분율 을 의미 한다 . 서열 은 일반 적 으로 지정 영역 , 예 를 들 어 , 적어도 약 20 , 25 , 30 , 35 , 40 , 45 , 50 , 55 , 60 , 65 또는 그 초과 의 아미노산 또는 뉴클레오티드 길이 의 영역 에 걸쳐서 최대 일치 하 도록 정렬 되 며 , 참조 아미노산 또는 뉴클레오티드 의 전장 까지 일 수 있 다 . 서열 비교 를 위해 , 전형 적 으로 하나 의 서열 이 참조 서열 로서 작용 하 며 , 이 서열 에 시험 서열 이 비교 된다 . 서열 비교 알고리즘 을 이용 하 는 경우 , 시험 및 참조 서열 이 컴퓨터 프로그램 에 입력 되 고 , 필요 하 다면 하위 서열 좌표 가 지정 되 며 , 서열 알고리즘 프로그램 파라미터 가 지정 된다 . 이어서 서열 비교 알고리즘 은 지정 된 프로그램 파라미터 에 기초 하 여 , 참조 서열 대비 시험 서열 ( 들 ) 에 대한 % 서열 동일 성 을 계산 한다 .