네트워크 기반 의 생명 정보 통합 분석 및 시각화 시스템 개발 
 Development of an integrated database of biological networks and analysis system with network visualization 
 NDSL 검색 ( 이상혁 ) 
 TRKO 201000014303 
 1355048827 
 시스템 생물학 , 생물학 적 조정 망 , 오 믹스 생물학 , 유전체 기능 예측 , 신호 전달 , 전사 조절 systems biology , network biology , omics biology , genome annotation , signaling pathway , transcription regulation 
 Biological interpretation of large - scale omics data is getting a huge challege , particularly in the context of diagnositic / therap . .. 
 Biological interpretation of large - scale omics data is getting a huge challege , particularly in the context of diagnositic / therapeutic application and drug development . The objectives of this project are 1 ) development of an integrated knowledgebase including gene annotation , molecular networks ( regulatory , signaling , PPI ) and other information ( disease , drug , miRNA ) , 2 ) building analytic framework for the tri - partite network of gene - disease - drug for drug repositioning & combinatorial therary . 3 ) Visualization of complex & multi - layered networks in an intuitive user interface ( UI ) . 4 ) development of a web application for the integrated knowledgebase . 
 As a result , a comprehensive set of information ( gene , disease , drug , pathway , network , ontology , gene expression ) has been collected and organized . Several softwares and web applications were developed including GARNET ( Gene Annotation Relationship Network Tools , gene set analysis application ) , PharmDB 2 ( semantic mediawiki - based web application ) , phExplorer 2 ( network visualization software ) and IdMapper ( a java - based ID conversion tool ) . A few more useful tools are being developed as pilot projects e . g . ontology - based , semi - automatic curation system for microarray data . The scope of data integration is expanded to several model organisms ( mouse , chicken ) other than human . 
 The utility of these tools has been or being validated in various aspects of systems biology studies including the extraction of 11 lung cancer drug candidates and a comprehensive miRNA target - cancer signature analysis . The resulting databases and softwares will be useful to uncover a new insight on the gene - disease - drug relationship . 
 - Molecular network ( Pathway , 전사 조절 ) , Gene Function , Gene Expression , Gene Annotation DB 들 과 miRNA 에 의한 조절 관계 에 관한 통합 정보 구축 
 - Drug - Ge . .. 
 - Drug - Gene - Disease 통합 DB 로 알려진 PharmDB 와 , Drug - Gene 정보 를 포함 하 고 있 는 DrugBank , Disease 정보 를 제공 하 는 OMIM , GAD 등 에 대한 통합 정보 시스템 구축 
 - " 유전자 - 질병 - 신약 " 이 들 인자 들 의 상호 기 작과 연결 네트워크 를 알 기 위해서 질병 표준 온톨로지 체계 선정 과 유전자 - 질병 사이 의 관련 데이터 분석 과 데이터베이스화 
 - 다양 한 유전자 발현 데이터 를 포함 한 Garnet Plus 개발 
 제 1 절 연구 개발 의 배경 . .. 12 
 제 2 절 연구 개발 의 필요 성 . .. 13 . .. 
 제 1 절 국내 . 외 연구 사례 . .. 15 
 1 . 생체 조절 네트워크 통합 관련 . .. 15 
 2 . 유전자 - 질병 - 신약 통합 정보 시스템 관련 . .. 22 
 3 . 네트워크 자료 분석 워크 벤치 개발 관련 . .. 27 
 제 1 절 통합 생명 정보 시스템 완성 . .. 31 
 1 . 생체 조절 네트워크 통합 DB 모델 개발 . .. 31 
 2 . 생체 조절 네트워크 통합 DB 확장 . .. 36 
 3 . 통합 정보 시스템 테이터 확충 . .. 39 
 4 . 통합 생명 정보 시스템 활용 웹 사이트 구축 . .. 44 
 제 2 절 유전자 - 질병 - 신약 네트워크 관계 의 분석 . .. 47 
 1 . 통합 생명 정보 네트워크 분석 알고리즘 개발 . .. 47 
 2 . 통합 생명 정보 분석 을 통한 약물 신규 효능 발굴 . .. 50 
 3 . 질병 관련 microRNA 기능 분석 . .. 51 
 4 . Drug / Chenmical perturbation network 분석 . .. 57 
 제 3 절 실험 연구자 를 위한 통합 정보 분석 웹 사이트 구축 . .. 59 
 1 . Gene Annotation Relationship Network Tools ( GARNeT ) 개발 . .. 59 
 2 . 통합 생명 정보 시스템 데이터 확충 . .. 70 
 3 . 사용 자 편 의 툴 개발 . .. 71 
 제 1 절 연구 개발 목표 및 달성 도 . .. 78 
 제 2 절 관련 분야 의 기여 도 . .. 82 
 제 6 장 연구 개발 과정 에서 수집 한 해외 기술 정보 . .. 97 
 제 1 절 Pathway 관련 선도 기업 의 제품 기능 소개 . .. 97 
 [ 보고서 ] 인공지능 가상 인 체 기술 을 이용 한 약물 의 효능 및 부작용 분석 
 [ 보고서 ] Drug Repositioning 기술 을 이용 한 신약 개발 활용 시스템 구축 
 [ 보고서 ] 대용량 유전자 시 그 너 쳐 기반 의 조절 네트워크 , pathway 및 약물 유전체 통합 분석 시스템 개발 
 [ 보고서 ] 복합제 개발 을 위한 인공지능 추천 시스템