제 2 접근 법 은 주어진 박테리아 종 의 관심 균주 의 특이 적 인 컬렉션 의 시퀀싱 에 의존 한다 . 원 ( raw ) 시퀀싱 데이터 는 게놈 조립 체 ( assembler ) ( 스페이드 ( spades ) ) 덕분 에 콘 틱 ( contigs ) 으로 조립 될 수 있 다 ( 문헌 [ Bankevich , A . et al . 2012 , J . Comput . Biol . 19 , 455 - 77 ] ) . 그 후 에 , 콘 틱 은 RASTK ( 문헌 [ Brettin , T . et al . , 2015 , Sci Rep 5 , 8365 ] ) 또는 프로카 파이프라인 ( prokka pipeline ) ( 문헌 [ Seemann , T . , 2014 , Bioinformatics 30 , 2068 - 9 ] ) 덕분 에 주석 이 달린다 ( annotated ) . 각각 의 균주 에 대해 , 모든 주석 이 달린 단백질 을 , 1 e - 120 의 e - 값 을 역치 로 하 여 R - M 의 각각 의 REBASE 추출 된 목록 에 대하 여 블라 스팅 하 였 다 ( blasted ) . 관심 박테리아 종 의 균주 중 적어도 10 % 에 존재 하 고 80 % 이상 의 동일 성 퍼센트 를 갖 는 R - M 시스템 만 선택 된다 . 10 % 역치 는 선택 된 빈도 에 따라 조정 될 수 있 다 .