아직 성 정체 성 장애 에 대한 원인 은 밝혀 지 지 않 았 다 . 유전 적 인 이유 와 성 호르몬 문제 , 뇌 의 구조 적 문제 등 생물학 적 원인 과 함께 정신 사회 적 원인 이 제기 되 기 도 했 지만 인과 관계 가 뚜렷 하 지 는 않 았 다 . 가령 아들 ( 딸 ) 을 원하 는 부모 가 자녀 를 원하 는 방식 대로 키울 경우 , 타고난 성과 는 다른 정체 성 을 갖 게 된다는 가설 도 있 고 , 부모 의 정신 병리 와 불화 가 많 은 가정 일수록 자녀 들 이 성 정체 성 장애 를 겪 는다는 등 의 보고 는 있 지만 역시 명확 한 원인 은 못 된다 .