또한 , 상기 증폭 된 표적 서열 은 검출 가능 한 표지 　 물질 로 표지 될 수 있 다 . 상기 표지 　 물질 은 바람직 하 게 는 형광 을 발하 는 　 물질 일 수 있 으나 , 이 에 제한 되 지 않 는다 . 현재 실시간 PCR 에 사용 되 는 검출 방법 ( detection chemistry ) 은 일반 적 으로 Sybr Green I 을 이용 하 는 비 특이 적 방법 과 혼성 화 프로브 ( hybridization probe ) 를 이용 하 는 특이 적 방법 으로 나뉜다 . Sybr Green I 은 이중 나선 DNA 에 비 특이 적 으로 결합 하 여 형광 을 방출 하 며 실시간 PCR 기기 는 이 형광 의 양 을 측정 하 여 DNA 의 양 을 확인 할 수 있 다 . 혼 성 화 프로브 는 특이 적 으로 상보 적 인 염기 서열 에 혼성 화 되 어 PCR 반응 중 에 형광 을 방출 한다 . 예 를 들 어 , 대표 적 인 혼성 화 프로브 로서 택 맨 프로브 ( taqman probe , dual labeled fluorogenic probe ) 는 5 '- 말단 에 는 형광 리포터 가 , 3 '- 말단 에 는 소광 제 ( quencher ) 가 결합 되 어 있 다 . 택 맨 프로브 의 형광 리포터 는 소광 제 와 근접 하 여 존재 하 는 경우 , 형광 이 상쇄 되 어 검출 되 지 않 는다 . 택 맨 프로브 가 특이 적 표적 염기 서열 에 혼성 화 되 어 PCR 증폭 이 진행 되 면 Taq DNA 폴리머 라 제의 5 '- 3 ' 엑소 뉴클레아제 ( exonuclease ) 활성 에 의해 택 맨 프로브 가 분해 되 면서 형광 리포터 가 자유 롭 게 방출 되 고 , 그 로 인해 소광 제 와 멀 어 지 면서 형광 을 발산 하 게 된다 . 이 를 측정 하 여 실시간 으로 표적 DNA 조각 의 생성량 을 모니터링 하 는 것 이 다 .