현재 질산화 공정 에서 미생물 의 선택 적 정량 을 위해 가장 많이 사용 되 는 방법 은 블롯 결합법 ( blot hybridization ) 와 FISH ( fluorescence in situ hybridization ) 법 이 다 . 이 들 방법 은 15 - 25 개 의 염기 로 구성 된 형광 표지 를 부착 한 올리 고 뉴클레오티드 프로브 ( oligonucleotide probe ) 를 사용 한다 . 이 들 프로브 는 대상 미생물 에 만 존재 하 는 16 S rRNA 염기 서열 과 상보 적 ( complementary ) 인 염기 서열 을 가지 도록 설계 되 며 , 형광 또는 방사성 표지 가 부착 되 어 있 다 . 따라서 특정 미 생물 또는 미생물 그룹 만 의 16 S rRNA 와 결합 된 후 , 발광 되 는 형광 또는 방사능 의 세기 로써 생물량 을 간접 적 으로 정량 할 수 있 다 ( Rittmann and McCarty . 2001 . Environmental Biotechnology . McGraw - Hill , 581 - 585 ) . 많 은 종류 의 생물 공정 에서 이 들 결합법 에 의해 다양 한 종류 의 미생물 군집 들 이 정량 되 었 고 , 반응 의 진행 에 따른 군집 구조 의 변화 를 규명 함 으로써 해당 공정 에 대한 이해 를 크 게 발전 시켰 다 ( Bouvier and del Giorgio . 2003 . FEMS Microbiol . Ecol . 44 : 3 - 15 ; Nogueira et al . 2002 . Water Res . 36 : 469 - 481 ; Wagner et al . 1998 . Wat . Sci . Tech . 37 : 441 - 449 ) .