실시 예 1 . 3 과 동일 한 방법 으로 준비 된 HLA DR 이 결실 된 섬 유아 세포 가 정상 적 으로 HLA DR 이 결실 되 었 는지 확인 하 기 위하 여 , 획득 된 두 개 의 클론 을 이용 하 여 T 7 엔 도 뉴클레아제 1 분석법 ( T 7 E 1 assay ) , 형광 중합효소 연쇄 반응 ( fluorescence polymerase chain reaction ) , 및 염기 서열 분석 ( sequencing analysis ) 을 실시 하 였 다 . 실험 을 실시 하 기 위하 여 각각 의 섬 유아 세포 의 클론 으로부터 뉴 클레오 스핀 - 조직 키트 ( NucleoSpin - Tissue kit , Macherey - Nagel ) 를 이용 하 여 제조사 에서 제공 되 는 프로토콜 에 따라 지노 믹 DNA ( genomic DNA ) 를 분리 하 였 다 . 그리고 T 7 E 1 분석법 을 위해서 분리 된 genomic DNA 를 주형 ( template ) 으로 하 여 forward primer ( 5 '- CCTGGGTTTGCAGAGAGCAGAC - 3 ', 서열 번호 11 ) 및 reverse primer ( 5 '- CCTACACTTCTCCTCTTCCCAGA - 3 ', 서열 번호 12 ) 세트 를 이용 하 여 중합효소 연쇄 반응 을 실시 하 여 , 표적 서열 을 포함 하 는 유전자 부위 를 증폭 시켰 다 . 그리고 증폭 된 유전자 ( amplicon ) 를 95 ℃ 에서 5 분 간 가열 시킨 후 에 , 85 ℃ 까지 초당 2 ℃ 씩 떨어지 도록 냉각 시키 고 , 다시 25 ℃ 까지 초당 0 . 1 ℃ 씩 떨어지 도록 서서히 냉각 시켜 이 형 2 중 가닥 DNA ( heteroduplex DNA ) 가 형성 되 도록 하 였 다 . 그리고 5 U 의 T 7 엔 도 뉴클레아제 1 을 처리 하 고 , 37 ℃ 에서 15 분 간 반응 시킨 후 에 2 % 아가로스 겔 을 이용 하 여 전기영동 하 였 다 . 그 결과 는 도 3 에 나타내 었 다 . 형광 중합효소 연쇄 반응 을 위해서 는 , 상기 프라이머 서열 의 5 ' 에 FAM 이 결합 되 어 있 는 프라이머 서열 을 이용 하 였으며 , 중합효소 로 는 Hipi Plus Taq polymerase 를 이용 하 여 중합효소 연쇄 반응 을 실시 하 였으며 , 그 결과 는 ㈜ 마크 로 젠 ( Macrogen ) 에 의뢰 하 여 분석 하 였으며 , 도 4 에 나타내 었 다 . 염기 서열 분석 은 증폭 된 유전자 를 전기영동 을 통해 분리 하 고 , Cosmo Gentech 에 의뢰 하 였으며 , 그 결과 는 도 5 에 나타내 었 다 .