상기 실시 예 2 의 방법 으로 유전자 를 추출 한 후 , 상기 표 1 에 나타낸 16 S rDNA 프라이머 를 사용 하 여 PCR 을 실시 하 여 유전자 를 증폭 시키 고 시퀀싱 ( Illumina MiSeq sequencer ) 을 수행 하 였 다 . 결과 를 Standard Flowgram Format ( SFF ) 파일 로 출력 하 고 GS FLX software ( v 2 . 9 ) 를 이용 하 여 SFF 파일 을 sequence 파일 ( . fasta ) 과 nucleotide quality score 파일 로 변환 한 다음 리드 의 신용 도 평가 를 확인 하 고 , window ( 20 bps ) 평균 base call accuracy 가 99 % 미만 ( Phred score < 20 ) 인 부분 을 제거 하 였 다 . 질 이 낮 은 부분 을 제거 한 후 , 리드 의 길이 가 300 bps 이상 인 것 만 이용 하 였으며 ( Sickle version 1 . 33 ) , 결과 분석 을 위해 Operational Taxonomy Unit ( OTU ) 은 UCLUST 와 USEARCH 를 이용 하 여 시퀀스 유사 도 에 따라 클러스터 링 을 수행 하 였 다 . 구체 적 으로 속 ( genus ) 은 94 %, 과 ( family ) 는 90 %, 목 ( order ) 은 85 %, 강 ( class ) 은 80 %, 문 ( phylum ) 은 75 % 시퀀스 유사 도 를 기준 으로 클러스터 링 을 하 고 각 OTU 의 문 , 강 , 목 , 과 , 속 레벨 의 분류 를 수행 하 고 , BLASTN 와 GreenGenes 의 16 S DNA 시퀀스 데이터베이스 ( 108 , 453 시퀀스 ) 를 이용 하 여 97 % 이상 의 시퀀스 유사 도 갖 는 박테리아 를 분석 하 였 다 ( QIIME ) .