본 발명 의 프로브 는 자연 적 으로 발생 하 는 dNMP ( 즉 , dAMP , dGMP , dCMP 및 dTMP ) , 변형 된 뉴클레오티드 , 또는 비 - 자연 발생 뉴클레오티드 로 구성 될 수 있 다 . 상기 프라이머 또한 리보 뉴클레오티드 를 포함 할 수 있 다 . 예 를 들 어 , 본 발명 의 프로브 는 펩티드 핵산 ( peptide nucleic acid ( PNA ) ( M . Egholm et al . , Nature , 365 : 566 - 568 ( 1993 ) ) , 포스 포로 로 티오 에이트 ( phosphorothioate ) DNA , 포스 포로 디 티오 에이트 ( phosphorodithioate ) DNA , 포스 포라 미 데이트 ( phosphoramidate ) DNA , 아미드 - 결합 ( amide - linked ) DNA , MMI - 연결 ( MMI - linked ) DNA , 2 '- O - 메틸 RNA , 알파 - DNA 및 메틸 포스 포 네이트 ( methylphosphonate ) DNA 와 같 은 백본 변형 을 갖 는 뉴클레오티드 , 2 '- O - 메틸 RNA , 2 '- 플 루 오로 RNA , 2 '- 아미노 RNA , 2 '- O - 알킬 DNA , 2 '- O - 알릴 DNA , 2 '- O - 알키 닐 DNA , 헥소오스 ( hexose ) DNA , 피 라 노실 ( pyranosyl ) RNA , 및 앤 히 드로 헥시톨 ( anhydrohexitol ) DNA 와 같 은 당 변형 ( sugar modifications ) 을 갖 는 뉴클레오티드 , 및 C - 5 치환 된 피리미딘 ( 플 루 오로 -, 브로모 -, 클로로 -, 아이도 ( iodo ) -, 메틸 -, 에틸 -, 비닐 ( vinyl ) -, 포르 밀 ( formyl ) -, 에티 닐 ( ethynyl ) -, 프로 피 닐 ( propynyl ) -, 알키 닐 ( alkynyl ) -, 티 아 졸릴 ( thiazolyl ) -, 이미 다 졸릴 ( imidazolyl ) -, 피리 딜 ( pyridyl ) - 을 포함 하 는 치환체 들 ) , C - 7 치환체 들 을 갖 는 7 - 데 아 자 퓨 린 ( deazapurines ) ( 플 루 오로 -, 브로모 -, 클로로 -, 아이도 ( iodo ) -, 메틸 -, 에틸 -, 비닐 ( vinyl ) -, 포르 밀 ( formyl ) -, 알키 닐 ( alkynyl ) -, 알케 닐 ( alkenyl ) -, 티 아 졸릴 ( thiazolyl ) -, 이미 다 졸릴 ( imidazolyl ) -, 피리 딜 ( pyridyl ) - 을 포함 하 는 치환체 들 ) , 이노신 ( inosine ) , 및 디 아미노 퓨 린 ( diaminopurine ) 와 같 은 염기 변형 ( base modifications ) 을 갖 는 뉴클레오티드 를 포함 할 수 있 다 . 본 명세서 에 사용 된 용어 “ 프라이머 ” 는 핵산 가닥 ( 주형 ) 에 상보 적 인 프라이머 연장 산물 ( primer extension product ) 의 합성 이 일어나 는 조건 하 에 놓여 질 때 , 다시 말 해 , 뉴클레오티드 및 DNA 중합효소 와 같 은 중합 반응 시약 의 존재 하 고 적절 한 온도 및 pH 에 있 는 경우 , 합성 의 개 시점 으로 작용 가능 한 , 올리 고 뉴 클레 오디드 를 의미 한다 . 프라이머 의 적절 한 길이 는 프라이머 의 온도 , 적용 및 소스 를 포함 하 는 여러 요소 들 에 따르 며 , 보통 , 15 - 30 뉴클레오티드 길 이 다 . 짧 은 프라이머 는 주형 에 안정 한 혼성 화 2 중 구조 를 형성 하 는 데 보통 낮 은 온도 를 필요 로 한다 .