2 개 의 아미노산 서열 사이 의 동일 성 퍼센트 는 또한 PAM 120 가중치 잔기 표 , 갭 길 이 페널티 12 및 갭 페널티 4 를 이용 하 는 ALIGN 프로그램 ( 버전 2 . 0 ) 에 혼입 된 문헌 [ E . Meyers and W . Miller , ( 1988 ) Comput . Appl . Biosci . 4 : 11 - 17 ] 의 알고리즘 을 이용 하 여 결정 할 수 있 다 . 또한 , 2 개 의 아미노산 서열 사이 의 동일 성 퍼센트 는 GCG 소프트웨어 패키지 ( www . gcg . com 에서 이용 가능 함 ) 내의 GAP 프로그램 에 혼입 된 문헌 [ Needleman and Wunsch ( 1970 ) J . Mol . Biol . 48 : 444 - 453 ] 의 알고리즘 을 이용 하 여 , 블로섬 ( Blossom ) 62 매트릭스 또는 PAM 250 매트릭스 , 및 갭 가중치 16 , 14 , 12 , 10 , 8 , 6 또는 4 , 및 길 이 가중치 1 , 2 , 3 , 4 , 5 또는 6 을 사용 하 여 결정 할 수 있 다 .