표적 화 도메인 은 표적 핵산 상 의 표적 서열 에 상보 적 인 , 예 를 들 어 적어도 80 , 85 , 90 , 95 또는 99 % 상보 적 인 , 예 를 들 어 완전히 상보 적 인 뉴클레오타이드 서열 을 포함 한다 . 표적 화 도메인 은 RNA 분자 의 부분 이 며 , 따라서 염기 우라실 ( U ) 을 포함 할 것 인 반면 , gRNA 분자 를 인코딩 하 는 임의 의 DNA 는 염기 티민 ( T ) 을 포함 할 것 이 다 . 이론 에 얽매이 기 를 원하 지 않 지만 , 표적 서열 과 표적 화 도메인 의 상보성 이 표적 핵산 과 gRNA 분자 / Cas 9 분자 복합체 의 상호 작용 의 특이 성 에 기여 한다고 여겨진다 . 표적 화 도메인 과 표적 서열 쌍 에서 , 표적 화 도메인 에서 의 우라실 염기 는 표적 서열 에서 의 아데닌 염기 와 쌍 을 이룰 것 으로 이해 된다 .