DNA ( 게놈 또는 cDNA ) , 또는 RNA ( 예 를 들 어 , mRNA ) 를 비롯 한 , 이러 한 AAVhu 68 캡시드 를 암호 화 하 는 핵산 서열 을 설계 하 는 것 은 관련 기술 분야 의 기술 에 포함 된다 . 특정 실시 형태 에서 , AAVhu 68 vp 1 캡시드 단백질 을 암호 화 하 는 핵산 서열 이 서열 번호 1 에 제공 된다 ( 또한 도 1 B 내지 도 1 D 참고 ) . 다른 실시 형태 에서 , 서열 번호 1 과 70 % 내지 99 . 9 % 의 동일 성 의 핵산 서열 은 AAVhu 68 캡시드 단백질 을 발현 하 도록 선택 될 수 있 다 . 특정 다른 실시 형태 에서 , 핵산 서열 은 서열 번호 1 과 적어도 약 75 % 동일 하 거나 , 적어도 80 % 동일 하 거나 , 적어도 85 %, 적어도 90 %, 적어도 95 %, 적어도 97 % 동일 하 거나 , 또는 적어도 99 % 내지 99 . 9 % 동일 하 다 . 이러 한 핵산 서열 은 다양 한 방법 에 의해서 설계 될 수 있 는 선택 된 시스템 ( 즉 , 세포 유형 ) 에서 의 발현 에 대해서 코돈 - 최적 화 될 수 있 다 . 이러 한 최적 화 는 입수 가능 한 온라인 ( 예 를 들 어 , 젠 아트 ( GeneArt ) ) 방법 , 공개 된 방법 또는 코돈 최적화 서비스 를 제공 하 는 회사 , 예 를 들 어 , DNA 2 . 0 ( 미국 캘리포니아주 멘 로 파크 소재 ) 을 사용 하 여 수행 될 수 있 다 . 한 코돈 최적화 방법 은 예 를 들 어 , 본 명세서 에 참고 로 전문 이 포함 된 미국 국제 특허 공개 제 WO 2015 / 012924 호 에 기술 되 어 있 다 ( 또한 , 예 를 들 어 , 미국 특허 공개 제 2014 / 0032186 호 및 미국 특허 공개 제 2006 / 0136184 호 참고 ) . 적합 하 게 는 , 이러 한 산물 에 대한 오픈 리딩 프레임 ( ORF ) 의 전체 길이 는 변형 된다 . 그러나 , 일부 실시 형태 에서 , ORF 의 단편 이 변경 될 수 있 다 . 이러 한 방법 중 하나 를 사용 함 으로써 , 임의 의 주어진 폴리펩타이드 서열 에 빈도 를 적용 할 수 있 고 , 폴리펩타이드 를 암호 화 하 는 코돈 - 최적 화 된 암호 영역 의 핵산 단편 을 생산 할 수 있 다 . 코돈 에 대한 실제 변화 를 수행 하 기 위해서 또는 본 명세서 에 기술 된 바 와 같 은 코돈 - 최적 화 된 암호 영역 을 합성 하 기 위해서 다수 의 선택 이 사용 가능 하 다 . 이러 한 변형 또는 합성 은 당업자 에게 널리 공지 된 표준 및 일상 적 인 분자 생물학 조작 을 사용 하 여 수행 될 수 있 다 . 한 접근 법 에서 , 각각 80 내지 90 개 뉴클레오타이드 길이 의 일련 의 상보성 올리 고 뉴클레오타이드 쌍 및 목적 하 는 서열 의 길이 의 스 패닝 은 표준 방법 에 의해서 합성 된다 . 이러 한 올리 고 뉴클레오타이드 쌍 은 , 어닐링 시 , 이것 이 응집 성 ( cohesive ) 단부 를 함유 하 는 , 80 내지 90 개 의 염기 쌍 의 이중 가닥 단편 을 형성 하 도록 합성 되 고 , 예 를 들 어 , 쌍 내 의 각각 의 올리 고 뉴클레오타이드 는 쌍 내 의 다른 올리 고 뉴클레오타이드 와 상보성 인 영역 을 넘어서 서 3 , 4 , 5 , 6 , 7 , 8 , 9 , 10 또는 그 초과 의 염기 를 연장 하 도록 합성 된다 . 올리 고 뉴클레오타이드 의 각각 의 쌍 의 단일 가닥 단부 는 올리 고 뉴클레오타이드 의 또 다른 쌍 의 단일 가닥 단부 와 어닐링 하 도록 설계 된다 . 올리 고 뉴클레오타이드 쌍 은 어닐링 되 는 것 이 허용 되 며 , 이어서 이러 한 이중 가닥 단편 중 대략 5 내지 6 개 는 응집 성 단일 가닥 단부 를 통해서 함께 어닐링 되 는 것 이 허용 되 고 , 이어서 이것 은 함께 결찰 되 고 , 표준 박테리아 클로닝 벡터 , 예 를 들 어 , 인 비트 로 젠 사 ( Invitrogen Corporation ) ( 미국 캘리포니아주 칼스 배드 소재 ) 로부터 입수 가능 한 TOPO ( 등록 상표 ) 벡터 내 에 클로닝 된다 . 이어서 작 제물 은 표준 방법 에 의해서 서열 결정 된다 . 함께 결찰 된 80 내지 90 개 의 염기 쌍 단편 의 5 내지 6 개 의 단편 , 즉 , 약 500 개 의 염기 쌍 의 단편 으로 이루어진 이러 한 작 제물 중 몇몇 이 제조 되 어 , 전체 목적 하 는 서열 이 일련 의 플라스미드 작 제물 에서 표현 된다 . 이어서 , 이러 한 플라스미드 의 삽 입물 은 적절 한 제한 효소 로 절단 되 고 , 함께 결찰 되 어 최종 작 제물 을 형성 한다 . 이어서 , 최종 작 제물 은 표준 박테리아 클로닝 벡터 내 에 클로닝 되 고 , 서열 결정 된다 . 추가 방법 은 당업자 에게 즉시 자명 할 것 이 다 . 또한 , 유전자 합성법 은 상업 적 으로 쉽 게 입수 가능 하 다 .