가능 한 파 라토프 가 에 피토프 에 결합 할 것 인지 의 여부 및 어떻게 잘 결합 할지 를 결정 하 는데 에 피토프 의 형태 가 중요 할 뿐 만 아니 라 , 에 피토프 와 파라 토프 사이 의 상호 작용 그 자체 가 변이체 항체 를 설계 하 는 데 큰 정보 의 공급원 이 다 . 당업자 가 이해 하 게 되 는 바 와 같이 , 이러 한 상호 작용 을 연구 할 수 있 는 다양 한 방식 이 존재 한다 . 한 가지 방식 은 아마도 상기 기재 된 바 와 같이 생성 된 구조 모델 을 사용 하 고 , 이어서 프로그램 , 예컨대 InsightII ( 엑셀 리스 , 캘리포니아주 샌디에고 ) ( 도킹 모듈 을 가지 며 , 다른 것 들 중 에서 파라 토프 및 그 의 에 피토프 사이 의 입체 형태 적 및 배향 적 공간 에 대한 몬테 카를로 ( Monte Carlo ) 검색 을 수행 할 수 있 음 ) 을 이용 하 는 것 이 다 . 그 결과 로 에 피토프 가 파 라토프 와 상호 작용 하 는지 의 여부 및 어떻게 상호 작용 하 는지 평가 할 수 있 다 . 한 실시 양태 에서 , 오직 에 피토프 의 단편 또는 변이체 가 관련 상호 작용 을 결정 하 는 것 을 돕 는데 사용 된다 . 한 실시 양태 에서 , 전체 에 피토프 는 파 라토프 와 에 피토프 사이 의 상호 작용 의 모델링 에 사용 된다 .