제 2 장 에서 는 분자 동역학 에 필요 한 기초 지식 을 정리 해 본다 . 먼저 제 1 절 에서 분자 동역학 시늉 에서 고전 어림 을 하 여도 되 는 당위 성 을 확인 한 후 에 뉴턴 과 해밀턴 의 역학 체계 에 대해 알아본다 . 이어 위상 공간 에 대한 정의 와 위상 공간 에서 위상 점 들 의 분포 에 관한 리우빌 정리 ( Liouville theorem ) 를 살펴본다 . 또 동역학 계 를 분류 하 는 것 에 대해서 도 살펴본다 . 이어 입자 들 간 의 부딪힘 에 의한 위상 궤적 의 불 안정 성 에 대해서 도 살펴본다 . 제 2 절 에서 는 통계 역학 에서 의 기본 용어 , 개념 과 방법 을 간단히 살펴본다 . 먼저 열역학 의 여러 법칙 들 과 통계 역학 의 관계 를 살펴본다 . 거시 열역학 적 계 를 기술 하 기 위한 깁스 의 앙상블 ( Gibb ' s ensemble ) 에 대해 정의 하 고 미시 정준 앙상블 ( microcanonical ensemble ) , 정준 앙상블 ( canonical ensemble ) 의 방법 과 그 수식 화 에 대해 알아본다 . 미시 계 에 대한 가역 운동 방정식 에서 어떻게 해서 거 시계 를 지배 하 는 방정식 에 비가역성 이 나타나 는 지 에 대해서 도 알아본다 . 거 시계 의 열역학 적 평균 , 요동 과 확률 분포 에 대해서 알아본다 . 제 3 절 에서 는 기체 분자 의 운동 론 과 수송 이론 의 기본 에 대해 간단히 알아본다 . 아울러 유체 역학 에 대해서 도 설명 한다 . 마지막 절 에서 는 셈 틀 처리 에서 필연 적 으로 나타나 는 오차 발생 과 셈법 ( algorithm ) 에 대해 살펴본다 . 또 분자 동역학 에서 많이 사용 되 는 셈 틀 언어 의 특성 에 대해서 도 간략 하 게 살펴본다 .