이 기술 들 을 사용 하 는 바이오 마커 발굴 및 검출 방법 은 진단 적 바이오 마커 의 확인 에 대한 심각 한 제한 사항 을 가진다는 것 이 일반 적 으로 받아들여 지 고 있 다 . 이러 한 제한 사항 은 존재비 가 낮 은 바이오 마커 의 검출 불 가능 , 전체 동적 범위 ( dynamic range ) 의 프로테 옴 을 지속 적 으로 포함 하 는 것 에 대한 불 가능 , 샘플 처리 및 분리 에서 의 비 재현 성 ( irreproducibility ) 및 방법 의 견고성 ( robustness ) 의 결여 를 포함 한다 . 게다가 , 이러 한 연구 들 은 데이터 안 에 편견 이 도입 되 며 , 표적 질병 집단 안 에서 바이오 마커 를 확인 하 고 입증 하 기 위해 필요 한 분포 ( distribution ) 및 랜덤 화 ( randomization ) 의 면 에서 적절 한 대 조군 을 포함 하 는 샘플 집단 의 복잡 성 을 충분히 처리 할 수 없 다 .