폴리뉴클레오티드 또는 폴리펩티드 의 상동성 , 유사 성 또는 동일 성 은 예 를 들 어 , Smith and Waterman , Adv . Appl . Math ( 1981 ) 2 : 482 에 공지 된 대로 , 예 를 들 면 , Needleman et al . ( 1970 ) , J Mol Biol . 48 : 443 과 같 은 GAP 컴퓨터 프로그램 을 이용 하 여 서열 정보 를 비교 함 으로써 결정 될 수 있 다 . 요약 하 면 , GAP 프로그램 은 두 서열 중 더 짧 은 것 에서 의 기호 의 전체 수 로 , 유사 한 배열 된 기호 ( 즉 , 뉴클레오티드 또는 아미노산 ) 의 수 를 나눈 값 으로 정의 한다 . GAP 프로그램 을 위한 디폴트 파라미터 는 ( 1 ) 일진법 비교 매트릭스 ( 동일 성 을 위해 1 그리고 비 - 동일 성 을 위해 0 의 값 을 함유 함 ) 및 Schwartz and Dayhoff , eds . , Atlas Of Protein Sequence And Structure , National Biomedical Research Foundation , pp . 353 - 358 ( 1979 ) 에 의해 개시 된 대로 , Gribskov et al ( 1986 ) Nucl . Acids Res . 14 : 6745 의 가중 된 비교 매트릭스 ( 또는 EDNAFULL ( NCBI NUC 4 . 4 의 EMBOSS 버전 ) 치환 매트릭스 ) ; ( 2 ) 각 갭 을 위한 3 . 0 의 페널티 및 각 갭 에서 각 기호 를 위한 추가 의 0 . 10 페널티 ( 또는 갭 개방 패널 티 10 , 갭 연장 패널 티 0 . 5 ) ; 및 ( 3 ) 말단 갭 을 위한 무 페널티를 포함 할 수 있 다 . 따라서 , 본 출원 에서 사용 된 것 으로서 , " 용어 "" 상동성 "" 또는 "" 동일 성 "" 은 서열 들 간 의 관련 성 ( relevance ) 를 나타낸다 . "