" 용어 "" 서열 동일 성 백분율 ( %)"" 은 본원 에서 폴리뉴클레오티드 또는 폴리펩티드 간 비교 를 지칭 하 기 위해 사용 되 며 ", 비교 창 에서 2 개 의 최적 으로 정렬 된 서열 을 비교 함 으로써 결정 되 고 , 비교 창 에서 폴리뉴클레오티드 또는 폴리펩티드 서열 부분 은 2 개 의 서열 의 최적 정렬 을 위한 참고 서열 과 비교 하 여 부 가 또는 결실 ( 즉 , 갭 ) 을 포함 할 수 있 다 . 백분율 은 동일 한 핵산 염기 또는 아미노산 잔기 가 두 서열 에서 발생 하 는 위치 의 수 를 결정 하 여 대응 하 는 위치 의 수 를 산출 하 고 , 대응 하 는 위치 의 수 를 비교 창 의 위치 의 총수 로 나누 고 , 서열 동일 성 의 백분율 을 산출 하 기 위해 결과 값 에 100 을 곱 함 으로써 계산 될 수 있 다 . 대안 적 으로 , 백분율 은 동일 한 핵산 염기 또는 아미노산 잔기 가 두 서열 에서 발생 하 거나 또는 핵산 염기 또는 아미노산 잔기 가 갭 과 정렬 되 는 위치 의 수 를 결정 하 여 대응 하 는 위치 의 수 를 산출 하 고 , 대응 하 는 위치 의 수 를 비교 창 의 위치 의 총수 로 나누 고 , 서열 동일 성 의 백분율 을 산출 하 기 위해 결과 값 에 100 을 곱 함 으로써 계산 될 수 있 다 . 관련 기술 분야 의 통상 의 기술자 는 2 개 의 서열 을 정렬 하 는 데 이용 할 수 있 는 많 은 확립 된 알고리즘 이 존재 함 을 이해 한다 . 비교 를 위한 서열 의 최적 정렬 은 비 제한 적 으로 스미스 ( Smith ) 및 워터맨 ( Waterman ) 의 국소 상동성 알고리즘 ( Smith and Waterman , Adv . Appl . Math . , 2 : 482 [ 1981 ] ) , 니 들 맨 ( Needleman ) 및 분쉬 ( Wunsch ) 의 상동성 정렬 알고리즘 ( Needleman and Wunsch , J . Mol . Biol . , 48 : 443 [ 1970 ] ) , 피어슨 ( Pearson ) 및 립맨 ( Lipman ) ( Pearson and Lipman , Proc . Natl . Acad . Sci . USA 85 : 2444 [ 1988 ] ) 의 유사 성 검색 방법 , 이 들 알고리즘 의 컴퓨터 에 의한 실행 ( 예 를 들 어 , GCG 위스콘신 소프트웨어 패키지 의 GAP , BESTFIT , FASTA 및 TFASTA ) , 또는 관련 기술 분야 에 공지 된 육안 검사 를 포함 하 는 임의 의 적당 한 방법 에 의해 수행 될 수 있 다 . 서열 동일 성 및 서열 유사 성 백분율 을 결정 하 는 데 적당 한 알고리즘 의 예 는 비 제한 적 으로 BLAST 및 BLAST 2 . 0 알고리즘 을 포함 하 고 , 이 는 알 츌 ( Altschul ) 등 에 의해 설명 된 바 있 다 ( 각각 Altschul et al . , J . Mol . Biol . , 215 : 403 - 410 [ 1990 ] ; 및 Altschul et al . , Nucl . Acids Res . , 3389 - 3402 [ 1977 ] 참조 ) . BLAST 분석 을 수행 하 기 위한 소프트웨어 는 미국 국립 생물 정보 센터 웹 사이트 를 통해 공개 적 으로 입수 할 수 있 다 . 이러 한 알고리즘 은 데 이타 베이스 서열 에서 동일 길이 의 단어 와 정렬 할 때 , 일부 양수 값 의 한계 점수 T 와 대응 하 거나 이 를 충족 하 는 , 문 의 서열 중 길 이 W 의 짧 은 단어 를 확인 하 여 높 은 점수 의 서열 쌍 ( HSP ) 을 확인 하 는 것 을 포함 한다 . T 는 이웃 단어 점수 한계 치 ( Altschul et al . , 상기 문헌 참조 ) 로서 언급 된다 . 이 들 초기 이웃 단어 히트 는 그 들 을 함유 하 는 보다 긴 HSP 를 찾 기 위해 검색 을 개시 하 기 위한 씨드 ( seed ) 로서 작용 한다 . 이어서 , 단어 히트 는 누적 정렬 점수 가 증가 될 수 있 는 한 각 서열 을 따라 양 방향 으로 확장 된다 . 누적 점수 는 뉴클레오티드 서열 의 경우 , 파라미터 M ( 대응 하 는 잔기 쌍 에 대한 보상 점수 ; 항상 > 0 ) 및 N ( 미대 응 잔기 에 대한 페널티 점수 ; 항상 < 0 ) 을 사용 하 여 계산 된다 . 아미노산 서열 의 경우 , 평가 매트릭스 를 사용 해서 누적 점수 를 계산 한다 . 각 방향 으로 의 단어 히트 의 확장 은 누적 정렬 점수 가 그 의 최대 획득 값 으로부터 X 의 양 만큼 감소 할 때 ; 누적 점수 가 1 이상 의 음성 평가 잔기 정렬 의 누적 에 기인 하 여 0 이하 가 될 때 ; 또는 어느 한 서열 의 말단 에 도달 할 때 중지 한다 . BLAST 알고리즘 파라미터 W , T 및 X 는 정렬 속도 및 민 감도 를 결정 한다 . BLASTN 프로그램 ( 뉴클레오티드 서열 의 경우 ) 은 디폴트 로서 11 의 단어 길이 ( W ) , 10 의 기대치 ( E ) , M = 5 , N =- 4 및 두 가닥 의 비교 를 사용 한다 . 아미노산 서열 의 경우 , BLASTP 프로그램 은 디폴트 로서 3 의 단어 길이 ( W ) , 10 의 기대치 ( E ) , 및 BLOSUM 62 평가 매트릭스 를 사용 한다 ( 예 를 들 면 , Henikoff and Henikoff , Proc . Natl . Acad . Sci . USA 89 : 10915 [ 1989 ] 참조 ) . 서열 정렬 및 서열 동일 성 % 의 예시 적 인 결정 은 제공 된 디폴트 파라미터 를 사용 하 는 , GCG 위스콘신 소프트웨어 패키지 ( Accelrys , 미국 위스콘신주 매디슨 소재 ) 의 BESTFIT 또는 GAP 프로그램 을 채택 할 수 있 다 .